Лекция_5_БИ_М_2014
.pdf
Построение дерева. Пример: 13 ортологов RBR
common carp
zebrafish
rainbow trout
teleost
African clawed frog
|
chicken |
human |
mouse |
horse |
rat |
pig cow |
rabbit |
10 changes
Ортологи:
Члены генного
или белкового семейства
в разных организмах
RBP ортологи.
Page 43
Построение дерева. Пример: 13 ортологов RBR
common carp
zebrafish
rainbow trout
teleost
Рыбы
«высшие» позвоночные
African
clawed 
frog
|
chicken |
human |
mouse |
horse |
rat |
pig cow |
rabbit |
10 changes |
Page 43 |
Построение дерева. Пример:
13 ортологов RBR
Page 376
Построение дерева. Пример:
13 ортологов RBR
Distance-based методы
анализируют парные выравнивания;
Если две последовательности схожи
– они рядом на дереве,
Page 376
Построение дерева. Пример:
13 ортологов RBR
Character-based методы Идентифицируют позиции, которые лучше всего описывают как имеющиеся символы (аминокислоты) наследуются от общих
предков
Page 376
Шаг 4: построение филогенетического дерева
|
Spinach |
Rice |
Mosquito |
Monkey |
Human |
Spinach |
0.0 |
9 |
106 |
91 |
86 |
|
|
|
|
|
|
Rice |
|
0.0 |
118 |
122 |
122 |
|
|
|
|
|
|
Mosquito |
|
|
0.0 |
55 |
51 |
|
|
|
|
|
|
Monkey |
|
|
|
0.0 |
3 |
|
|
|
|
|
|
Human |
|
|
|
|
0.0 |
|
|
|
|
|
|
Дистанция между человеком и обезьяной минимальна. Эти группы объединяются в Monkey-Human, а все остальные дистанции пересчитываются
Dist[Spinach, MonHum] = (Dist[Spinach, Monkey] |
+ |
Dist[Spinach, Human])/2 = (91 + 86)/2 = 88.5 |
|
Mon-Hum
Mosquito |
Spinach |
Rice |
Human |
Monkey |
Редуцированная матрица дистанций
|
Spinach |
Rice |
Mosquito |
Mon-Hum |
Spinach |
0.0 |
9 |
106 |
88.5 |
|
|
|
|
|
Rice |
|
0.0 |
118 |
122 |
|
|
|
|
|
Mosquito |
|
|
0.0 |
53 |
|
|
|
|
|
Mon-Hum |
|
|
|
0.0 |
|
|
|
|
|
Spi-Ric |
Mon-Hum |
Mosquito |
Spinach |
Rice |
Human |
Monkey |