Лекция_5_БИ_М_2014
.pdf
Номенклатура филогенетических деревьев.
1
Корень филогенетического дерева |
2 G |
I |
Отмечает положение общего предка |
6 |
|
Неукоренённые деревья |
time |
|
|
не несут информацию о положении общего предка. |
|
2 A
F
1
B
H 2 C
1D E
Дерево может быть укоренено при помощи аутгруппы.
Аутгруппа (outgroup)– таксон, для которого известно дальнее родство с таксонами дерева (OTU)
Номенклатура филогенетических деревьев.
past
|
|
9 |
|
7 |
8 |
|
|
6 |
present |
2 |
3 4 |
|
1 |
5 |
Укоренённое дерево
отражает «эволюционный путь»
1
5
7 8
2 |
|
6 |
|
|
|
|
3 |
4 |
|
|
неукоренённое дерево
Номенклатура филогенетических деревьев.
Укоренение дерева с использованием аутгруппы
past
|
|
9 |
|
7 |
8 |
|
|
6 |
present |
2 |
3 4 |
|
1 |
5 |
Укоренённое дерево
корень
|
10 |
|
|
7 |
8 |
9 |
|
|
|
|
|
2 |
3 |
4 |
|
1 |
|
5 |
6 |
Аутгруппа
(используется для «укоренения»)
3 OTUs Þ 1 неукорененное дерево
3 укорененных деревьев
B
A
C
A C B A B C B C A
4 OTUs Þ 3 неукорененных филогенетических деревьев
A C A B A B
B D C 
D D 
C
4 OTUs Þ
15 укорененных деревьев
Число филогенетических деревьев.
Число |
Число |
Число |
OTU |
укоренённых |
неукоренённых |
|
деревьев |
деревьев |
2 |
1 |
1 |
3 |
3 |
1 |
4 |
15 |
3 |
5 |
105 |
15 |
10 |
34,459,425 |
105 |
20 |
8 x 1021 |
2 x 1020 |
ДНК, РНК или Белок?
Для некоторых филогенетических исследований, может быть предпочтительнее использовать последовательности ДНК, для некоторых - ДНК.
Белок:
В попарном выравнивании и в BLAST поиске,
белки часто более информативны, чем ДНК. имеют 20 «букв»- аминокислот, а не четыре, как ДНК, так что имеют более
сильное проявление «филогенетического сигнала».
ДНК:
Для филогении ДНК более информативна, т.к. в белок-кодирующей части
гена есть синонимичные и
несинонимичные замены.
т.о. некоторые изменения в ДНК не влияют на последовательность белка.
Кроме того – регуляторные районы, интроны и т.п.
ДНК или Белок?
синонимичные и несинонимичные замены
Page 373
ДНК или Белок?
Если число синонимичных замен (dS) выше, чем несинонимичных (dN), последовательность находится под влиянием негативного (очищающего отбора),
который ограничивает изменения последовательности
Если dS < dN, говорят о положительном (движущем) отборе.
Например, после дупликации гена одна из копий может эволюционировать быстрее и приобретать новые функции.