Лекция_5_БИ_М_2014
.pdf
Номенклатура филогенетических деревьев.
Основные информативные свойства деревьев:
1.Топология
2.Длина ветвей
3.Наличие и положение корня (если есть)
Форма, ориентация, скругление или наличие углов – для наглядности
таксоны
|
|
2 |
A |
|
2 |
A |
|
F |
|
|
|||
|
|
|
1 |
|
|
|
|
1 |
1 |
|
|
1 |
|
|
2 G |
|
B |
2 |
|
B |
I |
|
|
C |
|||
H |
2 |
C |
2 |
|
2 |
|
|
|
|||||
|
|
|
|
|
||
|
|
1 |
D |
1 |
|
D |
|
6 |
|
|
|
||
|
|
6 |
|
|
||
|
|
|
|
|
E |
one unit |
|
|
|
E |
time |
Page 366 |
Номенклатура филогенетических деревьев.
ветви
|
F |
2 |
A |
|
|
|
|
||
|
1 |
1 |
|
|
I |
2 G |
|
B |
|
H |
2 |
C |
||
|
6 |
1 |
D |
|
||
|
|
|
|
|
E |
time |
|
|
узлы |
A |
2 |
|
1 |
1 |
|
|
2 |
B |
C |
|
2 |
2 |
1 |
D |
6 |
|
one unit
E
«…великое Дерево Жизни заполняет земную кору своими мертвыми и сломанными ветвями и покрывает поверхность вечно ветвящимися и прекрасными побегами»
Ч. Дарвин
A-E Операционные таксономические единицы operational taxonomic unit (OTU)
Филогенетическое древо, реконструированное на основе OTU не может отражать эволюционную историю тех таксонов, которые не оставили потомков.
Какие бывают деревья?
Бинарное (разрешённое) |
Небинарное (неразрешённое) |
(в один момент времени может |
(может ли в один момент времени |
произойти только одно событие ) |
произойти два события? ) |
Время
Какие бывают деревья?
Укорененное дерево (rooted tree) |
Неукорененное (бескорневое) дерево |
|
(unrooted tree) показывает |
||
отражает направление эволюции |
||
только связи между узлами |
||
|
||
Время |
|
Если число листьев равно n, существует (2n-3)!! |
Существует (2n-5)!! разных бескорневых |
|
разных бинарных укоренных деревьев. |
деревьев с n листьями |
|
По определению, (2n-3)!! = 1·3 ·... ·(2n-3) |
||
|
Номенклатура филогенетических деревьев.
Двуветвистый
узел
|
F |
2 |
A |
|
|
|
|
||
|
1 |
1 |
|
|
I |
2 G |
|
B |
|
H |
2 |
C |
||
|
6 |
1 |
D |
|
||
|
|
|
|
|
E |
time |
|
|
Мультиветвистый
узел
2 A
|
1 |
2 |
B |
C |
2 2
1 D
6
one unit
E
Номенклатура филогенетических деревьев.
|
F |
2 |
A |
|
|
|
|
||
|
1 |
1 |
|
|
I |
2 G |
|
B |
|
H |
2 |
C |
||
|
6 |
1 |
D |
|
||
|
|
|
|
|
E |
time |
|
|
Ветви не масштабированы
2 A
1 
1
2 |
B |
C |
2 2
1 D
6
one unit
E
Ветви масштабированы (длина отражает число замен)
Кладограмма |
Филограмма |
|
(если время - Хронограмма) |
||
|
Номенклатура филогенетических деревьев.
Пример мультиветвистых узлов:
проблемы с определением порядка ветвления у metazoans and protostomes
Rokas A. et al., Animal Evolution and
the Molecular Signature of Radiations Compressed in Time, Science 310:1933 (2005), Fig. 1.
Номенклатура филогенетических деревьев.
Клада ABF (монофилетическая группа)
|
F |
2 |
A |
|
|
|
|
||
|
1 |
1 |
B |
|
I |
2 G |
|
||
H |
2 |
C |
||
|
||||
|
6 |
1 |
D |
|
|
|
|||
|
|
|
E
time
«…великое Дерево Жизни заполняет земную кору своими мертвыми и сломанными ветвями и покрывает поверхность вечно ветвящимися и прекрасными побегами»
Ч. Дарвин
Номенклатура филогенетических деревьев.
Примеры клад.
Lindblad-Toh et al., Nature 438: 803 (2005), fig. 10