Лекция_5_БИ_М_2014
.pdf
Построение дерева. Character-based методы. Maximum parsimony
Пример - четыре OTU: AAG AAA GGA AGA
Как они могли образоваться от общего предка AAA?
AAA 1 |
AAA |
AAA |
|||
1 AAA |
1 AGA |
1 AAA 1 |
AAA 2 |
1 AAA 2 |
AAA1 |
AAG AAA |
GGA AGA |
AAG AGA |
AAA GGA |
AAG GGA |
AAA AGA |
Построение дерева. Character-based методы. Maximum parsimony
Пример - четыре OTU: AAG AAA GGA AGA
Как они могли образоваться от общего предка AAA?
AAA 1 |
AAA |
AAA |
|
||
1 AAA |
1 AGA |
1 AAA 1 |
AAA 2 |
1 AAA 2 |
AAA1 |
AAG AAA |
GGA AGA |
AAG AGA |
AAA GGA |
AAG GGA AAA AGA |
|
Число замен = 3 |
Число замен = 4 |
Число замен = 4 |
|||
В методе максимальной экономии (maximum parsimony), |
? |
||||
выбираем дерево с меньшим предполагаемым количеством Замен (кратчайшие ветви).
Построение дерева. Character-based методы. Maximum parsimony. MEGA.
Опции включают
эвристические
подходы и бутстрэппинг
Построение дерева. Character-based методы. Maximum parsimony. MEGA.
В методе максимальной экономии (maximum parsimony), часто строится более одного дерева с минимальной суммарной длиной ветвей. Вы можете рассчитать консенсус лучших деревьев.
Построение дерева. Character-based методы. Maximum parsimony. Варианты вида дерева.
Филограмма |
Прямоугольная Филограмма |
ветви пропорциональны значениям
Page 387
Построение дерева. Character-based методы. Maximum parsimony. Варианты вида дерева.
!!
Кладограмма |
Прямоугольная кладограмма |
ветви НЕ пропорциональны значениям
Fig. 11.22
Page 387
Построение дерева:
–distance-based методы
–character-based методы: maximum parsimony
–characterand model-based методы: maximum likelihood
–characterand model-based методы: Bayesian
Построение дерева. Метод максимального правдоподобия (maximum likelihood).
Функция правдоподобия: БРОСАНИЕ МОНЕТКИ
