Все лк ген инжа
.pdf
Преимущества и недостатки метода вычитающей гибридизации
По сравнению с методом дифференциального дисплея прямое сравнение
+возможностьпоискадифференциальноэкспрессирующихся
геноввнезависимостиотуровняихтранскрипции
+поискприотсутствииданныхобпервичнойструктуре
+поискразличийвгеномныхДНК
PDF EditorтребовалисьбольшиеколичестваочищенноймРНКтехническиеманипуляциибыличрезвычайнотрудоёмки
деградацияРНКсоздавалапроблемынавсехстадияхработы
чтобы убрать водяной знак.
Этот документ был отредактирован с Активируйте
PDF Editor
чтобы убрать водяной знак. Динамика цитирования принципа вычитающей гибридизации в научной литературе
Этот документ был отредактирован с Активируйте
Метод RDA
RDA - representational difference analysis
Применение метода репрезентативного дифференциального анализа (RDA) для идентификации дифференциальных последовательностей геномной ДНК.
PDF Editor
чтобы убрать водяной знак.
Упрощение исходной смеси геномной ДНК происходит за счёт 50100 циклов ПЦР амплификации на стадии 3.
Этот документ был отредактирован с Активируйте
PDF Editor
чтобы убрать водяной знак.
Этот документ был отредактирован с Активируйте
Преимущества и недостатки метода
RDA
+устранены предыдущие недостатки метода вычитающей гибридизации
+обход кинетических ограничений благодаря случайному упрощению сравниваемых геномных смесей, благодаря использованию НЕ частощепящих эндонуклеаз рестрикции, либо благодаря эффекту “ПЦР селекции”.
PDF Editor-90-98% генома не анализируется
-большое количество ложноположительных сигналов при сравнении библиотек кДНК (когда дуплексы трейсер-трейсер ≈
гибриды трейсер-драйвер)
чтобы убрать водяной знак.
Этот документ был отредактирован с Активируйте
Methylation-sensitive RDA
PDF Editor
чтобы убрать водяной знак.
Этот документ был отредактирован с Активируйте
Принцип эффекта ПЦР супрессии
PDF Editor
чтобы убрать водяной знак.
GC-богатые инвертированные повторы (супрессионные адапторы) спариваются внутримолекулярно, тем самым мешая отжигу более коротких праймеров, специфичных последовательности адаптора.
При этом значительно понижается фоновая амплификация при использовании адапторспецифических праймеров.
Этот документ был отредактирован с Активируйте
Метод SSH
SSH - suppression subtractive hybridization
PDF Editor
Сравниваемые ДНК (как трейсер, так и драйвер) расщепляются эндонуклезами чтобы убратьрестрикцииводяной знак. , затем ДНК трейсера разделяется на две порции (Трейсер А и Трейсер Б),
и к порциям лигируются разные супрессионные адапторы. К ДНК драйвера при этом ничего не лигируется. Обе фракции трейсера смешиваются с избытком драйвера,
Этот документ былденатурируютсяотредактирован с и гибридизуются Активируйте
Затем происходит ПЦР амплификация с праймерами, комплементарными обоим использованным супрессионным адапторам
PDF Editor
чтобы убрать водяной знак. Экспоненциально амплифицируются только дуплексы Трейсер А/Трейсер Б, обогащённые по последовательностям, специфичным
для трейсера
Этот документ был отредактирован с Активируйте
Метод SAGE
SAGE - Serial analysis of gene expression
PDF Editor
чтобы убрать водяной знак.
Этот документ был отредактирован с Активируйте