
- •Понятие «системная биология», различные его трактовки и содержание. Основные направления применения.
- •История развития системной биологии.
- •Основные источники информации, используемой в системной биологии.
- •Моделирование систем – основной подход системной биологии.
- •Определение системы, классификация систем: линейные-нелинейные, живые-неживые.
- •Системный подход в биологии.
- •Биологические системы, их особенности, корпускулярные и жесткие системы, уровни организации живого.
- •Особенности экспериментальных данных в биологии.
- •!!!!!Примеры анализа биологической информации и применения компьютерной техники в биологии. Blast как биоинформатический метод.
- •!!!!!Примеры анализа биологической информации и применения компьютерной техники в биологии. 3d-печать, молекулярное моделирование и CellDesigner.
- •Статистическая, генеральная и выборочные совокупности: их характеристика и основные особенности.
- •Распределения, их виды и характеристики.»!»!»!»!
- •Основные параметры совокупности – средняя арифметическая, ошибка средней, достоверность.Хочу кушац
- •Мера варьирования величин – среднеквадратичное отклонение, коэффициент вариации. Оценка репрезентативности выборки.
- •!!!!!!!!!!!!!!!Виды анализа: дисперсионный, корреляционный, регрессионный, кластерный анализ.
- •Понятие модели, ее возможности и виды. Исторически первые модели в биологии.
- •Модель роста численности популяции – ограниченный рост. Основные предположения, исходные уравнения, конечный результат решения.
- •Критические уровни численности популяции. Колебания численности популяций.
- •Модели взаимодействия двух популяций.
- •Кинетика ферментативных реакций. Основные положения модели.
- •! !!!!!!!!!!!!!!!!Уравнение Михаэлиса-Ментен для наиболее простой реакции. Математическое представление модели.
- •Варианты линеаризации модели Михаэлиса-Ментен. Использование модели для анализа реакции.
- •Ингибирование ферментов.
- •Модель Моно.
- •Устойчивые и неустойчивые состояния системы. Анализ уравнения системы на устойчивость методом Ляпунова.
- •Электрические явления в мембране. Электрические характеристики мембран.
- •Понятие о диффузии.
- •Уравнение электродиффузии Нернста-Планка.
- •Потенциал покоя. Уравнение Гольдмана -Ходжкина -Каца.
- •Модель мембраны как электрической цепи. Основное уравнение для электрофизиологических моделей.
- •Потенциал действия. Механизм генерации и основные фазы.
- •!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!Электрическая схема мембраны в модели Ходжкина-Хаксли.
- •Зависимость проводимости мембраны для натрия и калия от потенциала и времени.!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
- •Условия перехода системы Ходжкина-Хаксли в автоколебательный режим
- •Основные компоненты системы транспорта ионов через мембрану растительной клетки.
Уравнение электродиффузии Нернста-Планка.
Вклад электрического поля в диффузию описывает уравнение электродиффузии Нернста-Планка, которое характеризует процесс пассивного транспорта ионов в поле электрохимического потенциала. Поток J заряженных ионов пропорционален градиенту электрохимического потенциала в направлении оси x и зависит от подвижности и концентрации ионов:
,
где
F - число Фарадея,
z - валентность иона,
T - абсолютная температура,
R - газовая постоянная,
φ - электрический потенциал на мембране.
х задает положение точки в толще мембраны х = 0 внутренняя сторона мембраны (i), х = L — наружная сторона мембраны (o), т.е. L – толщина мембраны.
Из условия J = 0 получим уравнение Нернста
.
Разделив на D и c, после интегрирования , или в стандартном виде:
,
где
Vs –
разность потенциалов
на
мембране
Потенциал покоя. Уравнение Гольдмана -Ходжкина -Каца.
Основные предположения:
- внутримембранное поле постоянно:
- примембранные концентрации ионов равны их концентрациям в глубине раствора;
- не учитываются локальные отличия в плотности заряда в мембране в результате движения зарядов.
Тогда уравнение Нернста-Планка приобретает следующий вид:
где
V –разность потенциалов,
L – толщина мембраны.
Из этого уравнения получаем следующее уравнение:
Решение которого для с после преобразований даст уравнение:
где
УРАВНЕНИЕ ГОЛЬДМАНА
J – поток иона, моль/см2 * сек, которое описывает пассивный поток иона через мембрану, P – коэффициент проницаемости (D/L) мембраны для иона.
Уравнение Гольдмана предсказывает нелинейную зависимость трансмембранного потока ионов от разности потенциалов на мембране.
|
ТО САМОЕ УРАВНЕНИЕ ЗАПЛУПОЦКОГО И ХУЕБЛЯТСКОГО ТАМ ЕЩЕ ЧЕ ТО
Соотношение проницаемостей для ионов Na+, K+ и Cl- составляет Рк :PNa:РCl = 1:0.04:0.05
Уравнение Гольдмана-Ходжкина-Каца позволяет рассчитывать разность потенциалов` в состоянии покоя и в состоянии возбуждения. ЭДС в состоянии покоя называют потенциалом покоя (ПП), в состоянии возбуждения - потенциалом действия (ПД). Численное значение потенциала покоя (ПП) можно рассчитывать по формуле:
.
Разница между проницаемостями К+ и Na+ определяет только направление катионного потока, который создает ПП на БМ.
Модель мембраны как электрической цепи. Основное уравнение для электрофизиологических моделей.
Мембрана разделяет заряды, то есть является конденсатором, обладающим электроемкостью, что можно выразить через следующую формулу:
где
Сm – электроемкость мембраны; S — площадь обкладки конденсатора (площадь поверхности клетки); d — расстояние между обкладками (толщина мембраны); ε — относительная диэлектрическая проницаемость; Q — заряд на обкладке; V = Vi - Vo — разность потенциалов внутри и снаружи клетки.
Мембрана может быть представлена в виде электрической цепи.
Поскольку нет накопления заряда на каждой из сторон мембраны сумма ионного и емкостного тока должна быть равна нулю.
Отсюда можем получить уравнение для электрофизиологических моделей, отражающего зависимость динамики мембранного потенциала от ионного тока через мембрану: