Федеральное агентство по рыболовству осуществляет следующие полномочия в установленной сфере деятельности:

- проводит в установленном порядке конкурсы и заключает государственные контракты на размещение заказов на поставку товаров, выполнение работ, оказание услуг, на проведение научно-исследовательских, опытно-конструкторских и технологических работ для государственных нужд в установленной сфере деятельности, в том числе для обеспечения нужд Росрыболовства;

- осуществляет в порядке и пределах, определенных федеральными законами, актами Президента РФ и Правительства РФ, полномочия собственника в отношении федерального имущества, необходимого для обеспечения исполнения функций федеральных органов государственной власти в установленной сфере деятельности, в том числе имущества, переданного федеральным государственным унитарным предприятиям, федеральным государственным учреждениям и казенным предприятиям, подведомственным Росрыболовству;

- организует комплексное изучение водных биологических ресурсов в целях оценки состояния запасов и определения общих допустимых уловов водных биологических ресурсов;

- организует проведение фундаментальных и прикладных научных исследований по направлениям, связанным с обеспечением деятельности рыбохозяйственного комплекса;

- организует государственный учет и государственный мониторинг состояния водных биологических ресурсов, включая обеспечение функционирования отраслевой системы мониторинга водных биологических ресурсов и наблюдения за деятельностью рыбопромысловых судов;

- организует строительство рыбопромысловых судов для федеральных государственных нужд и обеспечения производственной деятельности в морских рыбных портах, находящихся в ведении Агентства;

- организует искусственное воспроизводство и акклиматизацию водных биологических ресурсов;

- организует мероприятия по восстановлению водных биологических ресурсов и среды их обитания, нарушенных в результате стихийных бедствий и по иным причинам;

- организует проведение аукционов по продаже долей в общем объеме квот на вылов (добычу) водных биологических ресурсов, вновь разрешаемых для использования в промышленных целях, а также на вылов (добычу) водных биологических ресурсов во вновь осваиваемых районах промысла;

- организует обучение и повышение квалификации специалистов для рыбного хозяйства в соответствии с международными и российскими требованиями;

- осуществляет ведение единого реестра пользователей водных биологических ресурсов;

- осуществляет ведение государственного кадастра водных биологических ресурсов;

- осуществляет распределение ежегодно квот на вылов (добычу) водных биологических ресурсов для иностранных государств в соответствии с международными договорами Российской Федерации в области рыболовства, а также в отношении научно-исследовательских, рыбоводных, учебных и иных специализированных организаций;

- осуществляет распределение ежегодно в установленном порядке между заявителями квот на вылов (добычу) водных биологических ресурсов, выделяемых Российской Федерации в исключительных экономических зонах иностранных государств и в районах действия международных договоров Российской Федерации по рыболовству (там, где невозможно применение долевого принципа распределения);

- осуществляет утверждение ежегодно распределенных между заявителями в установленном порядке органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, территории которых прилегают к морскому побережью, квот на вылов (добычу) водных биологических ресурсов для обеспечения собственных потребностей (личного потребления) коренных малочисленных народов и этнических общностей Севера, Сибири и Дальнего Востока, а также квот на вылов (добычу) водных биологических ресурсов для организации любительского и спортивного рыболовства;

- осуществляет определение ежегодно для российских пользователей промышленных квот на вылов (добычу) водных биологических ресурсов в соответствии с закрепленными за ними в установленном порядке долями в общем объеме квот;

- осуществляет разработку и представление на государственную экологическую экспертизу предложений об общих допустимых уловах водных биологических ресурсов;

- осуществляет заключение с заявителями договоров о закреплении за ними долей в общем объеме квот и договоров о закреплении рыбопромысловых участков;

- осуществляет обеспечение реализации решений, принимаемых на заседаниях (сессиях) международных смешанных комиссий и международных организаций в области рыболовства;

- осуществляет выдачу заключений по вопросам привлечения и использования иностранных работников в составе экипажей судов рыбопромыслового флота, плавающих под Государственным флагом Российской Федерации;

- осуществляет обеспечение выполнения международных договоров Российской Федерации в области рыболовства, рыбного хозяйства и торгового мореплавания (в части промысла водных биологических ресурсов), а также обязательств, вытекающих из членства Российской Федерации в международных организациях и участия в международных договорах в области рыболовства и использования водных биологических ресурсов;

- осуществляет организационно-методическое сопровождение системы дипломирования и оценки компетентности персонала судов рыбопромыслового флота;

- осуществляет обеспечение поступления в доход федерального бюджета средств за пользование водными биологическими ресурсами по межправительственным соглашениям;

- осуществляет обеспечение подготовки средств и объектов рыбопромыслового флота для передачи в состав Вооруженных Сил РФ или совместного с ними использования согласно мобилизационным заданиям, утверждаемым Правительством РФ;

- осуществляет экономический анализ деятельности подведомственных государственных унитарных предприятий и утверждает экономические показатели их деятельности, проводит в подведомственных организациях проверки финансово-хозяйственной деятельности и использования имущественного комплекса;

- осуществляет функции государственного заказчика федеральных целевых, научно-технических и инновационных программ и проектов в сфере деятельности Росрыболовства;

- взаимодействует в установленном порядке с органами государственной власти иностранных государств и международными организациями в установленной сфере деятельности;

- осуществляет прием граждан, обеспечивает своевременное и полное рассмотрение устных и письменных обращений граждан, принятие по ним решений и направление заявителям ответов в установленный законодательством Российской Федерации срок;

- обеспечивает в пределах своей компетенции защиту сведений, составляющих государственную тайну;

- обеспечивает мобилизационную подготовку Росрыболовства, а также контроль и координацию деятельности находящихся в его ведении организаций по мобилизационной подготовке;

- осуществляет профессиональную подготовку работников Росрыболовства, их переподготовку, повышение квалификации и стажировку;

- осуществляет в соответствии с законодательством Российской Федерации работу по комплектованию, хранению, учету и использованию архивных документов, образовавшихся в процессе деятельности Росрыболовства;

- осуществляет функции главного распорядителя и получателя средств федерального бюджета, предусмотренных на содержание Росрыболовства и реализацию возложенных на Росрыболовство функций;

- организует конгрессы, конференции, семинары, выставки и другие мероприятия в сфере деятельности Росрыболовства;

- осуществляет иные функции по управлению государственным имуществом и оказанию государственных услуг в установленной сфере деятельности, если такие функции предусмотрены федеральными законами, нормативными правовыми актами Президента РФ и Правительства РФ.