Химические редакторы / Маркин В.И. Практическое руководство по использованию ChemWindow 6.0

Рис. 71. Окно «Periodic Table»

Рис. 72. Диалог «Element Properties»

Внимание! Имейте в виду, что неправильно введенные данные могут привести к нежелательным результатам при проведении расче-

тов с помощью команд Calculate Mass, Formula Calculator, MS Fragmentation, MS Documentation и некоторых других. Поэтому про-

водите изменения, только если Вы точно уверены в них.

81

С помощью окна Periodic Table Вы можете изменять элементы в структурах. Для этого атом (или группа атомов) должны быть выделе-

ны с помощью инструмента «Лассо» . При выборе элемента в окне Periodic Table выделенный атом (атомы) в редактируемой структуре будет заменен на этот элемент и автоматически свободные валентности этого элемента дополнены атомами водорода (рис. 73).

На рисунке 73а представлено окно программы ChemWindow с активированным окном Periodic Table. В нарисованной структуре один

из атомов выделен с помощью инструмента «Лассо» . В окне Periodic Table был выбран элемент N и сразу же после этого выделенный атом в исходной структуре был заменен на группу NH2 (рис. 73б).

а

б

Рис. 73. Использование «Periodic Table» при создании структур: а – исходная структура с выделенным атомом; б – та же структура, но после выбора в окне Periodic Table элемента N

82

Меню Other

Вменю Other (другое) сосредоточены команды, которые не вошли

вдругие меню и выполняют разнообразные дополнительные (не основные) операции (рис. 74).

Вход в меню осуществляется путем наведения указателя мыши на слово Other в строке меню или нажатием комбинации клавиш ALT+O на клавиатуре.

Рис. 74. Меню «Other»

Сheck Chemistry

Действие. Проверяет правильность созданной структуры с точки зрения химии.

Описание. При выполнении команды Сheck Chemistry (проверка химии) осуществляется проверка созданной структуры с точки зрения

83

правильности химизма ее написания. Для того чтобы проверить конкретную структуру, необходимо ее предварительно выделить стандартными средствами (в противном случае будет проверен весь доступный документ) и применить команду Сheck Chemistry. В случае отсутствия ошибок будет показано информационное сообщение «Finished checking the document» (рис. 75), извещающее о том, что про-

верка документа закончена.

Рис. 75. Информационное окно команды «Check Chemistry»

В случае наличия химических ошибок в проверяемой структуре при выполнении команды Check Chemistry появляется дополнительная панель, а в месте предполагаемой ошибки будет мигать курсор (рис. 76). Рядом с кнопками на появившейся дополнительной панели будет указана краткая характеристика ошибки. В примере, приведенном на рисунке 76, – это «The valence is not correct» – неправильная валентность.

Вы можете исправить эту ошибку (удалив цифру 2), тогда кнопка

«Ignore» (игнорировать) превратится в кнопку «Continue» (продол-

жить) и, нажав на эту кнопку, Вы сможете перейти к следующей ошибке или закончить проверку, если ошибок больше нет. В последнем случае появится информационное окно (рис. 75). Если не нужно исправлять эту ошибку, то можно перейти к следующей, нажав кнопку «Ignore». Для того чтобы пропустить все ошибки, следует нажать кнопку «Ignore All» (игнорировать все), при этом появится информационное окно (рис. 75). Если Вы попытаетесь вновь проверить эту же структуру, то проигнорированные ошибки не будут показаны. Можно нажать кнопку «Learn» (обучить), тогда то, что программа посчитала ошибкой, впоследствии будет считаться правильным. Поэтому использовать эту функцию следует весьма осторожно, только тогда когда Вы уверены в правильности своих действий! Вы можете выйти из режима проверки, нажав кнопку «Exit».

84

Мигающий

курсор

Рис. 76. Пример выполнения команды «Сheck Chemistry»

Обратите внимание, что все символы, обозначающие атомы,

должны быть набраны с помощью инструмента Label (), иначе они не будут восприниматься как обозначения атомов и при выполнении команды Check Chemistry появится сообщение об ошибке.

Make Stick Structure

Действие. Преобразует сокращенные структурные формулы или сокращения в структурах в развернутую структурную формулу.

Описание. При выполнении команды Make Stick Structure (сде-

лать структуру в виде ломаных) происходит преобразование структуры, которая является сокращенной структурной формулой или содержит сокращения функциональных групп в развернутую структурную формулу (в виде ломаных), в которой атомы углерода и водорода не обозначаются, а указываются только гетероатомы и атомы водорода в функциональных группах (например, гидроксильная группа –OH).

85

Для того чтобы осуществить преобразование, необходимо выделить эту структуру стандартными средствами и выполнить команду Make Stick Structure. Например, на рисунке 76 приведены несколько примеров использования команды Make Stick Structure.

Данная команда выполняется не всегда корректно. И полученная структура не всегда удовлетворяет пользователя. Поэтому не забывайте, что всегда имеется возможность, используя команду Edit – Undo (Ctrl–Z), вернуть первоначальную структуру.

CH3CH2CH2CH2CH2CH2CH3 Make Stick Structure

O OH

COOH Make Stick Structure

Рис. 77. Примеры выполнения команды «Make Stick Structure»

Make Labeled Structure

Действие. Преобразует развернутые структурные формулы в сокращенные.

Описание. Команда Make Labeled Structure (сделать структуру в сокращенном виде) является по своему действию противоположной по действию команде Make Stick Structure. При ее выполнении происходит преобразование структуры, которая является развернутой структурной формулой в структурную формулу, в которой функциональные группы будут приведены в виде принятых сокращений. Для того чтобы осуществить преобразование, необходимо выделить эту

86

структуру стандартными средствами и выполнить команду Make Labeled Structure. Например, на рисунке 78 приведены несколько примеров использования команды Make Labeled Structure.

Команда Make Labeled Structure, как и ранее рассмотренная команда Make Stick Structure, выполняется не всегда корректно. Поэтому не забывайте, что всегда имеетсявозможность, используякомандуEdit – Undo (Ctrl–Z), вернутьпервоначальную структуру.

O O

COOCH2CH3

Make Labeled Structure

O O

Make Labeled Structure

Рис. 78. Примеры выполнения команды «Make Labeled Structure»

Add User Chemistry …

Действие. Добавляет нестандартные сокращения групп атомов.

Описание. Команда Add User Chemistry (добавить пользова-

тельскую структуру) позволяет нестандартные (пользовательские) сокращения групп атомов. Например, известны сокращения групп: –CH3 – Me; CH3COO– – Ac; C6H5– – Phe и т.д. Вы можете самостоя-

тельно создать такую структуру и использовать сокращение в дальнейшей работе, например, для остатка хлоруксусной кислоты

87

который часто используется в работе и необходимо ввести сокращение, которое будет его обозначать. Для этого в рабочем окне программы ChemWindow нарисуйте эту структуру, так, чтобы свободная валентность была связана с радикалом R:

O

Cl CH2 C O R

Затем выделите структуру стандартными средствами и выберите команду Add User Chemistry. После ее выполнения появится окно Add User Chemistry Label (рис. 79), в котором необходимо ввести то сокращение, которое будет обозначать данную группу, например CA, и нажмите OK. После этого введенное сокращение будет понятно для команд Calculate Mass, Check Chemistry, Make Stick Structure. Они также будут понятны для других химических программ, в которые структуры могут быть скопированы через буфер обмена (Clipboard).

Рассмотрим пример использования такого сокращения. На рисунке 80а приведена структура фенилхлорацетата, в котором использовано сокращение CA. На рисунке 80б приведен пример использования команды Make Stick Structure, а на рисунке 80в – пример использования команды

Calculate Mass.

Как следует из приведенных примеров, пользовательские сокращения являются весьма эффективным инструментом создания химических структур.

Рис. 79. Окно «Add User Chemistry Label»

88

Рис. 81. Окно «Edit User Chemistry»

Edit Hot Keys …

Действие. Редактирование «горячих» клавиш.

Описание. При помощи команды Edit Hot Keys (редактировать

«горячие клавиши») Вы можете создать новые комбинации «горячих» клавиш или удалить уже существующие. На рисунке 82 представлен диалог Edit Hot Keys. Вы можете выбрать в списке одну или несколько комбинаций «горячих» клавиш и, нажав клавишу Delete, удалить эти комбинации.

Рис. 82. Диалог «Edit Hot Keys»

Для того чтобы создать новую пользовательскую комбинацию «горячих» клавиш необходимо нажать на кнопку New. В результате этого появится диалог New Hot Keys (рис. 83). В поле Hot Key нужно ввести ту клавишу или комбинацию клавиш, с помощью которых будет вызываться та или иная функциональная группа. В поле Label Connected

90