Химические редакторы / Маркин В.И. Практическое руководство по использованию ChemWindow 6.0

Рис. 117. Пример использования инструмента Circle, Arc, Oval для создания стрелок

Если Вы хотите изменить размер стрелки, то должны навести указатель мыши на начало или конец стрелки, так, чтобы он был помечен маркером, нажать левую кнопку мыши и, не отпуская ее, переместить указатель мыши в нужном направлении. Например, на рисунке 117б показано исходное изображение, а на рисунке 118а – конечное.

Вы можете также изменить тип стрелки или место этой стрелки. Например, если Вы наведете указатель мыши на начало стрелки так, чтобы он был помечен маркером, и щелкните левой кнопкой мыши, то получите на этом месте новую стрелку (рис. 118б). Если щелкнуть еще раз, то стрелка будет только с одной стороны (рис. 118в), щелкнуть еще раз – с другой (рис. 118г), еще раз – исчезнет совсем (рис. 118д).

Рис. 118. Пример использования инструмента Circle, Arc, Oval для изменения начертания стрелок

Таким образом, чтобы создать дугу без стрелок, нужно несколько раз нажать на конец стрелки пока, она не исчезнет.

С помощью описанных выше инструментов можно создавать лишь круговые или овальные стрелки. Однако в ChemWindow предусмотре-

ны два инструмента Mechanistic Arrow Electron Arrow , ко-

торые позволяют нарисовать кривую практически любой формы. Часто их называют кривыми Безье. Такая кривая имеет четыре узловые точки, буксируя которые, Вы можете создать кривую практически любого вида. Эти точки находятся в начале, в конце и две в середине

121

стрелки (рис. 119а). Нажимая на эти ключевые точки и буксируя в нужном направлении, можно построить самые разнообразные кривые, как показано в примерах на рисунке 119 (б–г). Так же, как и в случае предыдущих инструментов, можно изменить начертание стрелок или вообще их убрать (рис. 119д).

Инструменты Mechanistic Arrow Electron Arrow отлича-

ются только формой стрелок. Во всем остальном они полностью идентичны.

Рис. 119. Пример создания кривых Безье

На рисунке 120 приведен пример использования инструмента Mechanistic Arrow для рисования стрелок, обозначающих электронные эффекты в молекуле фенола.

OH

Рис. 120. Пример создания кривых Безье

Для того чтобы нарисовать произвольную линию, полезно использовать инструмент Shape Tool (см. с. 59). С помощью этого инструмента можно нарисовать практически любую кривую. Для этого необходимо выбрать инструмент в меню, переместить указатель мыши в нужное место экрана, нажать левую кнопку мыши и переместить указатель мыши в нужном направлении. На экране появится кривая с несколькими ключевыми точками (рис. 121а).

122

аб

Рис. 121. Пример использования инструмента Shape Tool

Если Вы переместите указатель мыши в новое место и нажмете левую кнопку мыши, появится новый элемент с еще одним набором ключевых точек (рис. 121б). Если выберете новый инструмент, наборы ключевых точек исчезнут и останется одна кривая (рис. 122а).

Рис. 122. Пример использования инструмента Shape Tool

Если необходимо провести редактирование данной кривой, то нуж-

но выбрать инструмент Shape Editing Tool и с его помощью выделить кривую. При этом появятся ключевые точки, как на рисунке 121б. Перемещая эти точки, Вы можете изменить форму кривой. Например, на рисунке 122б показана измененная кривая (рис. 122а) с по-

мощью инструмента .

123

Циклы

В программе ChemWindow предусмотрена возможность создания самых разных циклов. Возможные циклические структуры приведены в разделах, в которых описаны панели инструментов Standard Tools

(с. 53), Other Tools (с. 60) и Template Tools (с. 62). Это алицикличе-

ские структуры от трехчленного до восьмичленного цикла (, ,

, , , , , , , , , ). Причем ряд структур имеют несколько вариантов начертания. Например, пятичленные и шестичленные циклы – по 4 варианта. Ароматические циклы пред-

ставлены двумя вариантами бензольного кольца: – , . Изображения циклов создаются обычным образом. Выбираем нуж-

ный инструмент, перемещаем указатель мыши в нужное место на рабочем поле и нажимаем левую кнопку мыши. Пока удерживается кнопка мыши, можно, перемещая мышь, вращать кольцо в нужном направлении. Это вращение осуществляется на угол кратный 15°. Если одновременно нажать клавишу CTRL, то Вы можете провести плавное вращение на любой угол. При нажатой клавише SHIFT можно изменить размер цикла. Если при создании циклов использовать клавишу ALT, то возможно создание альтернативных структур с другими вариантами изображения связей. Варианты создания таких структур с использованием клавиши ALT приведены в таблице 5.

В любой цикл можно вставить кольцо (такое, как в ароматической формуле бензола) . Для этого нужно выбрать инструмент Cir-

cle Benzene и переместить указатель мыши в центр предварительно нарисованного цикла. Щелкнуть левой кнопкой мыши, и кольцо будет в цикле (рис. 123).

При создании структур, содержащих несколько циклов, возможны несколько вариантов. В случае если нужно создать структуру, содержащую циклы, имеющих два и более общих атомов, необходимо нарисовать нужный цикл, затем выбрать нужную связь (рис. 124а) и щелкнуть левой кнопкой мыши. Появится структура с двумя циклами, содержащими два общих атома (рис. 124б).

124

Таблица 5. Варианты начертания некоторых циклических структур с использованием и без использования клавиши ALT

Рис. 123. Пример использования создания кольца внутри цикла

125

Рис. 124. Пример создания структур, содержащих два общих атома

Аналогично происходит создание и более сложных структур. Например, на рисунке 125 приведен пример структуры пирена, которая состоит из четырех сочлененных бензольных колец. Обратите внимание, что двойные связи в бензольном кольце будут поставлены автоматически, согласно четырехвалентности атома углерода.

Рис. 125. Пример создания структуры пирена

При создании структуры, в которой кольца имеют один общий атом (например, спироалканы), необходимо выбрать нужный инстру-

мент (в нашем случае ), навести курсор мыши на атом в предвари-

тельно нарисованном кольце так, чтобы он был помечен маркером (рис. 126а). Нажать левую кнопку мыши и, не отпуская ее, повернуть кольцо так, чтобы новое кольцо заняло нужную позицию. Только после этого следует отпустить левую кнопку мыши (рис. 126б).

А если на один из атомов бензольного кольца навести курсор мыши так, чтобы он был помечен маркером (рис. 127а), и щелкнуть левой кнопкой мыши, то новое бензольное кольцо будет связано простой связью (рис. 127б) и получится структура бифенила.

Рис. 126. Пример создания структуры спиро[2,4]гептана

126

Рис. 127. Пример создания структуры бифенила

Текстовые возможности

В программе ChemWindow пользователю предлагаются достаточно широкие возможности при работе с текстом. Однако следует различать текст, который имеет «химический смысл» (функциональные группы, брутто-формулы, текст в структурных формулах и т.д.), и текст подписей к структурам, заголовки к рисункам и т.д. Дело в том, что правильность текста, который имеет «химический смысл», проверяется Check Chemistry (проверка химии) (с. 83), а обычный текст – Check Spelling (проверка правописания) (с. 94). Для набора этих видов текста в программе ChemWindow предусмотрены два инструмента: Label

(этикетка) и Caption (заголовок). Инструмент Label нахо-

дится на панели инструментов Standard Tools (см. с. 53), а инструмент

Caption – Graphic Tools (см. с. 58).

Инструмент Label

Инструмент Label (этикетка) предназначен для набора хими-

ческих структур, формул, функциональных групп. Некоторые возможности использования этого инструмента были описаны ранее при изучении инструмента Lasso(см. С. 106). Рассмотрим основные приемы работы с данным инструментом.

Как уже отмечалось ранее, каждый символ, набранный с использованием инструмента Label, имеет химический смысл и обладает всеми свойствами узловой точки с возможностью ее использования для присоединении связей. Тип связей между атомами можно изменять. Ис-

127

пользовать инструмент Label можно как сам по себе, так и с помощью него редактировать созданные ранее структуры.

Разберем несколько примеров.

1. Создание структуры 3-метилпиридина

Для того чтобы нарисовать структуру 3-метилпиридина, сначала, используя инструмент Benzene , нужно нарисовать бензольное кольцо. Затем выбрать инструмент Label и навести его на тот

атом бензольного кольца, где необходимо поставить атом азота. При этом данный атом должен быть помечен черным маркером (рис. 128а). После этого нужно однократно нажать левую кнопку мыши, чтобы редактировать выбранный атом. В месте редактирования будет мигать курсор (рис. 128б). Следует нажать клавишу N, и у Вас получится пиридин (рис. 128в). Далее нужно поместить указатель мыши на третий углеродный атом пиридина так, чтобы он тоже был помечен черным маркером. После этого нажать левую кнопку мыши и, не отпуская ее, перевести манипулятор «мышь» в сторону, пока образовавшаяся связь не займет нужное положение. Только после этого можно отпустить левую кнопку мыши. На конце связи будет мигать курсор (рис. 128г). На клавиатуре нужно набрать CH3. Обратите внимание, что цифра «3», автоматически будет превращена в нижний индекс, так как включен

режим набора формул (утоплена клавиша на панели Style Bar). В

результате получится 3-метилпиридин (рис. 128д).

Для инструмента Label режим набора формул установлен по умолчанию. Его можно отключить, и тогда цифра «3» будет обычного начертания. Все установки (шрифт, его начертание, размер и т.д.) определяются параметрами выбранного стили, которые легко изменяются,

командой Override Style (см. с. 43).

Рис. 128. Пример создания структуры N-метилпиридина (в рамках показано использование клавиш или манипулятора «мышь»)

128

В ChemWindow можно изменить расстояние между символами (кернинг символов). Для чего следует, используя инструмент Label, войти в режим редактирования. Чтобы уменьшить расстояние между символами, нужно нажать клавиши CTRL+стрелка влево, а увеличить расстояние между символами можно нажатием клавиши CTRL+стрелка вправо. Это воздействие распространяется на буквы, между которыми находится курсор. Если выделить текст, то использование этих комбинаций клавиш будет распространяться на весь выделенный текст. Например, на рисунке 129 приведены примеры использования этой возможности программы ChemWindow.

Обратите внимание! Выделение текста необходимо проводить только находясь в режиме редактирования, активированном инструментом Label, но не при использовании инструмента Selection.

Рис. 129. Примеры использования клавиш CTRL+стрелка влево и CTRL+стрелка вправо для изменения кернинга символов

2. Создание структуры валериановой (пентановой) кислоты

Создание структуры валериановой кислоты можно осуществить несколькими способами, в зависимости от того, как Вы хотите видеть данную структуру.

Способ 1. Удобным для Вас методом активируйте инструмент Chain (см. раздел Other Tools, с. 60). На свободном рабочем поле нажмите

левую кнопку мыши и, не отпуская ее, переместите указатель мыши в сторону, пока цифра, указывающая количество атомов в цепи, не будет равна шести. После этого отпустите кнопку мыши. Будет создана углеводородная цепь из шести атомов углерода (рис. 130а). Активируете

инструмент Standard Bond . Подведите указатель мыши ко второму

129

атому углерода так, чтобы он стал помечен черным маркером. Нажмите левую кнопку мыши и, не отпуская ее, переместите указатель мыши в нужном направлении, пока связь не займет нужное положение (рис. 130б). Можно поступить по-другому. После того, как Вы подвели указатель мыши к нужному атому, щелкните левой кнопкой мыши, и связь сама займет нужное положение (согласно строению sp3-углеродного атома). Результат будет тот же (рис. 130б). Нажмите клавишу с буквой «O». На конце связи появится группа «OH». Если нажать клавишу с буквой «O» еще раз, то появится группа «O» (рис. 130в). Наведите указатель мыши на связь C–O так, чтобы она была помечена черным маркером, и щелкните левой кнопкой мыши. Связь станет двойной. Выберите инструмент Label, подведите указатель мыши к атому, где должна быть гидроксильная группа, так, чтобы он стал помечен черным маркером, и нажмите левую кнопку мыши. На конце связи будет мигать курсор. Наберите на клавиатуре «OH». В результате у Вас получится валериановая кислота (рис. 130г).

Если Вас не устаивает вышеприведенная структура валериановой кислоты (скелетная модель), то ее легко можно перевести в рацио-

нальную формулу. Для этого, используя инструмент Selection , выделите полученную структуру (рис. 130г) и примените команду Make Labeled Structure из меню Other. В результате получится рациональная формула, приведенная на рисунке 131.

Рис. 130. Пример создания структуры валериановой кислоты

130