Химические редакторы / Маркин В.И. Практическое руководство по использованию ChemWindow 6.0

Home Page осуществляется переход на главную страницу Web-сервера компании Bio-Rad Laborartories (http://www.bio-rad.com). В случае выбора раздела Product News Вы должны попасть на Интернетстраницу сайта компании Bio-Rad Laborartories, посвященную новым продуктам, а при выборе раздела Technical Support – на страницу технической поддержки.

Рис. 91. Окно «ChemWindow Help»

About ChemWindow …

Действие. Вызывается окно краткой информации о программе

ChemWindow.

Описание. При выборе команды About ChemWindow происходит открытие нового окна, в котором размещена краткая информация о программе ChemWindow (производитель, его адрес, авторские права и др.) (рис. 92).

101

Рис. 92. Окно About ChemWindow

102

ОСНОВНЫЕПРИЕМЫРАБОТЫ ВПРОГРАММЕCHEMWINDOW

Основы создания и редактирования химических структур

Для создания различных по сложности химических структур в программе ChemWindow предусмотрен большой и разнообразный инструментарий. Все основные, нужные химику кольца, стрелки, связи и т.д. уже готовы. Пользователю остается собрать из них нужные структуры.

Прежде чем перейти к детальному рассмотрению основных приемов создания и редактирования химических структур, необходимо остановиться на одной из ранее не описанных возможностей использования инструментария. Вместо того чтобы выводить на экран панели с разнообразными инструментами, как это рассмотрено при описании меню View (с. 52), загромождая рабочее поле большим количеством инструментов, достаточно в свободном месте рабочего поля нажать правую кнопку мыши. При этом в месте расположения указателя мыши появляется контекстное меню (рис. 93). Это меню будет находиться на экране до тех пор, пока Вы не отпустите правую кнопку мыши.

Рис. 93. Меню, которое активируется нажатием правой кнопки мыши

103

Как видно из рисунка, практически все инструменты, которые были рассредоточены по разным панелям, рассмотренным ранее (раздел View, с. 52), здесь сконцентрированы в одном месте.

Для того чтобы выбрать тот или иной инструмент, нужно нажать правую кнопку и, не отпуская ее, передвигать указатель мыши так, чтобы он остановился на нужном инструменте и только после этого отпустить кнопку мыши. Нужный инструмент будет выбран.

Кроме этого меню, вызываемого правой кнопкой мыши, Вы имеете возможность воспользоваться другим меню, которое вызывается также правой кнопкой мыши, но только в том случае, когда указатель мыши находится на выделенном объекте (рис. 94).

Рис. 94. Меню, которое активируется нажатием правой кнопки мыши на выделенном объекте

Как видно из рисунка 94, это меню содержит команды редактирования, группировки, выравнивания и отображения.

Использование инструментария, вызываемого правой кнопкой мыши, сильно облегчает и ускоряет работу по созданию химических структур. Хотя, конечно, каждый пользователь волен использовать тот способ доступа к инструментам, который ему удобен.

104

Выделение объектов

Инструмент «Selection» (выделение)

В ChemWindow предусмотрено несколько способов выделения объектов. Основным инструментом, который используется для выделения одного или нескольких объектов, является инструмент Selection (выде-

ление) . Он размещен на панели инструментов Standard Tools (см. с. 53). При выборе этого инструмента курсор на экране имеет также вид стрелки. Для выделения объекта или нескольких объектов имеется несколько способов.

Во-первых, нажав левую кнопку мыши и не отпуская ее, нужно обвести объект или группу объектов на экране. При этом будет видна тонкая пунктирная линия, которая будет показывать границы прямоугольника, который Вы выделяете. После того, как Вы отпустите клавишу мыши, выделение будет закончено. Обратите внимание, что выделены только те объекты, которые хотя бы частично попали в область выделения, но не сама область. Этот способ выделения объектов можно условно назвать «выделением рамкой». На рисунке 95 приведен пример использования этого способа. Такой способ выделения удобен, когда необходимо выделить несколько объектов одновременно.

а

б

Рис. 95. Пример использования способа «выделение рамкой»:

а – объекты, которые выделяют «рамкой»; б – объекты после выделения

105

Во-вторых, достаточно просто навести курсор мыши на объект, нажать левую кнопку мыши и он будет выделен. Если Вы хотите выделить нетекстовый объект, то нужно совместить указатель мыши с узловой точкой и нажать левую кнопку мыши (рис. 96). Объект будет выделен. Если при использовании этого способа Вам необходимо выделить несколько объектов, то при выделении каждого дополнительного объекта нужно удерживать клавишу Shift.

Рис. 96. Пример использования способа «выделения через узловые точки»: а – объект с узловой точкой; б – объект после выделения

После того как объект выделен, с ним можно проводить различные операции редактирования (см. раздел «Меню Edit», с. 39), выравнивания и взаимного расположения объектов (см. раздел «Меню Arrange», с. 67). С помощью мыши (нажав левую кнопку мыши и не отпуская ее) можно отбуксировать («перетащить») выделенный объект (или объекты) в новое место. Если при этом нажата клавиша Ctrl, то вместо перемещения объекта происходит создание его копии. Можно изменить масштаб выделенных объектов, нажав левую кнопку мыши на соответствующих маркерах, ограничивающих выделенный объект, и, не отпуская ее, переместить в нужное место. Если указатель мыши переместить на угловой маркер, то масштаб изображения изменится пропорционально, а если на промежуточные маркеры, то – не пропорционально (См. раздел «Scale», с. 70; рис. 58, с. 72).

Инструмент «Lasso» (лассо)

Инструмент «Lasso» (лассо) предназначен для выделения про-

извольной области или составных частей объектов. Он размещен на панели инструментов Standard Tools (см. с. 53). При однократном нажатии на левую кнопку мыши при использовании инструмента «Lasso», можно произвольно выделить участки молекулы или отдель-

106

ные графические элементы. Примеры его использования показаны на рисунке 97. Фактически, используя инструмент Lasso, Вы, как карандашом, очерчиваете область, которую следует выделить. Все элементы объектов, попавшие в эту область, становятся выделенными. Можно выделить несколько графических элементов в произвольном порядке. Для этого следует использовать инструмент Lasso с одновременным нажатием клавиши Shift.

Рис. 97. Примеры выделения отдельных элементов графических объектов с помощью инструмента «Lasso»

Инструмент Lasso с одновременно нажатой клавишей Ctrl, то так же, как и инструмент Selection, выделяет прямоугольную область.

После того как инструментом Lasso произвели нужное выделение, можно провести различные манипуляции с выбранными графическими элементами. Так же, как и в случае выделения инструментом Selection, это все операции редактирования и выравнивания и взаимного расположения графических элементов. Но при этом все эти действия происходят только с помеченными элементами. На рисунке 98 показан пример использования инструмента Lasso для изменения структуры. На рисунке 98а показана исходная структура бициклического соединения с одним маркированным атомом, а на рисунке 98б – модифицированная структура, в которой этот маркированный атом перемещен, а вместе с ним и его связи. При этом все остальные элементы исходной структуры остаются неизменными. Это перемещение можно проводить с помощью мыши, но для более точного позиционирования лучше всего использовать клавиши перемещения курсора («стрелки»). Модифицированная структура получилась несколько неправильной, так как передняя связь находится на заднем плане. Чтобы исправить эту ошибку, эту связь (рис. 98в) нужно маркировать с по-

107

мощью инструмента Lasso, а затем применить к ней команду Bring to Front (см. с. 68) (рис. 98г).

Инструмент Lasso часто используют для обозначения химических элементов или функциональных групп в углеродном скелете, а также так называемые Hot Keys («горячие» клавиши). Общий список встроенных «горячих» клавиш приведен в разделе Edit Hot Keys (с. 90). Рассмотрим, как это делается.

Например, нам надо создать структуру пиридина (рис. 99). Для этого с помощью инструмента Benzene рисуем бензольное кольцо, а затем, используя инструмент Lasso, помечаем нужный атом (рис. 99а). После этого на клавиатуре нажимаем клавишу N, и у нас получается пиридин (рис. 99б).

Рис. 98. Пример использования инструмента «Lasso»

Рис. 99. Пример создания структуры пиридина с использованием инструмента «Lasso»

Другой пример. Для создания структуры диэтилового эфира мы используем инструмент Chain . С его помощью мы создадим цепь из

пяти углеродных атомов, центральный атом пометим с помощью инструмента Lasso (рис. 100а). Нажав клавишу O, получим структуру диэтилового эфира (рис. 100б).

И последний пример создания структуры анилина. Сначала мы должны нарисовать бензольное кольцо, используя инструмент Benzene

, а затем с помощью инструмента Standard Bond присоединяем к нужному атому связь. Используя инструмент Lasso, помечаем атом в боковой цепи (рис. 101а), затем нажимая клавишу N, получаем структуру анилина (рис. 101б).

108

Рис. 100. Пример создания структуры диэтилового эфира с использованием инструмента «Lasso»

Рис. 101. Пример создания структуры анилина с использованием инструмента «Lasso»

Обратите внимание, что атом азота устанавливается вместе с атомами водорода, в соответствии с валентностью атома азота.

Справедливости ради, следует заметить, что того же результата по созданию структуры анилина можно достичь быстрее. После того, как с помощью инструмента Standard Bond присоединили связь, нужно сразу же нажать клавишу N, и Вы получите структуру анилина. Рассмотренный выше пример является искусственным и иллюстрирует применение инструмента Lasso.

С помощью инструмента Lasso можно изменить положение атома, связанного со структурой. Связанные атомы создаются инструментом

Label или с использованием «горячих» клавиш (см. выше раздел

Edit Hot Keys, с. 90). Для перемещения связанного атома, без перемещения связей и узловых точек, необходимо использовать инструмент Lasso с одновременно нажатой клавишей Alt. В этом случае произойдет перемещение только отдельно выделенной надписи. Несколько выделенных записей перемещать нельзя!

На рисунке 102 приведен пример такого перемещения связанных атомов. В структуре анилина инструментом Lasso маркируют группу NH2 (рис. 101б), а затем, нажав клавишу ALT, с помощью мыши или стрелками на клавиатуре переместить выделенную группу в нужном направлении (рис. 102б). При таком перемещении, несмотря на то, что группа NH2 кажется далеко стоящей от связи и не связанной химиче-

109

ской связью. На самом деле эта группа является связанной. На рисунке 102а показано точно такое же перемещение, но без клавиши ALT.

Рис. 102. Примеры перемещения связанных атомов: а – без использования клавиши ALT; б – с использование клавиши ALT

Конечно, такое перемещение атомов, как показано на рисунке 102б, используется редко. В основном эта функция применяется в случаях, когда необходимо немного подкорректировать изображение, которое содержит ошибки выполнения программы ChemWindow.

Связи между атомами

В программе ChemWindow предусмотрен разнообразный инструментарий для создания различных типов химических связей. Обзор типов химических связей приведен в разделе, в котором описана панель инструментов Bond Tools (с. 57).

Для того чтобы нанести связь необходимо выбрать на панели инструментов Bond Tools (с. 57) или из контекстного меню, вызываемого правой кнопкой мыши (с. 103), нужный тип связи. Например, чтобы

установить одинарную связь, нужно выбрать Standard Bond . Что-

бы установить связь в нужном месте, нажмите левую кнопку мыши и держите ее нажатой. Вы можете повернуть эту связь в любом направлении так, как Вам удобно. Как только отпустите кнопку мыши, связь будет окончательно установлена, и чтобы изменить ее местоположение и угол наклона, следует воспользоваться инструментами Selection (с. 105)

и Lasso (с. 106).

Вы можете изменить тип данной связи, если возникла такая необходимость. Для этого нужно навести указатель мыши на связь так, чтобы она была помечена центральным маркером (рис. 103). Однократное нажатие на левую кнопку мыши приведет к тому, что связь

110