Добавил:

Nemo_Nemorino Опубликованный материал нарушает ваши авторские права? Сообщите нам.

Вуз:

Днепропетровский национальный университет им. Олеся Гончара

Предмет:

Биоинформатика

Файл:

Химические редакторы / Маркин В.И. Практическое руководство по использованию ChemWindow 6.0

..pdf

Скачиваний:

158

Добавлен:

16.09.2020

Размер:

2.2 Mб

Скачать

☆

1 / 171 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 > Следующая >>>

В. И. Маркин

Практическоеруководство поиспользованию

ChemWindow

(версия 6.0)

ИЗДАТЕЛЬСТВО АЛТАЙСКОГО

ГОСУДАРСТВЕННОГО УНИВЕРСИТЕТА БАРНАУЛ • 2005

УДК (084):681.142

Рецензенты:

А.В. Максимов, кандидат физ.-мат. наук, доцент И.Б. Катраков, кандидат хим. наук, доцент М.К. Котванова, кандидат хим. наук, доцент

Маркин В.И. Практическое руководство по использованию

ChemWindow (версия 6.0): Учебное пособие. – Барнаул:

Изд-во Алт. ун-та, 2005. – 170 с. ISBN 5-7904-0415-2

Книга посвящена популярному среди химиков программному продукту ChemWindow и содержит полное описание команд меню, инструментария, некоторые подходы к работе и особенности использования в повседневной работе. Все функции по возможности иллюстрированы наглядными примерами.

Учебное пособие предназначено для студентов химических факультетов университетов, изучающих курс «Новые информационные технологии в химии». Книга будет полезна химикам, биологам, пользователям персональных компьютеров работающих с компьютерной химической графикой.

Рассмотрено и рекомендовано к изданию методической комиссией химического факультета АлтГУ. Протокол №4 от 24 февраля 2005 г.

ISNB 5-7904-0415-2	В.И. Маркин, 2005
	Алтайский государственный универ-
	ситет, 2005

СОДЕРЖАНИЕ

ВВЕДЕНИЕ................................................................................................	7
ОСНОВЫ ИНТЕРФЕЙСА......................................................................	9
ОСНОВНЫЕ СПОСОБЫ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ ИНСТРУМЕНТАРИЯ И ПРИНЯТЫЕ
СОКРАЩЕНИЯ............................................................................................	9
Использование мыши....................................................................	9
Курсор..........................................................................................	10
Объекты......................................................................................	10
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ МЕНЮ.........................................................................	12
Строка меню...............................................................................	12
Команды меню.............................................................................	13
Использование панелей инструментов.....................................	14
Использование диалогов .............................................................	14
Перемещение по диалогу с помощью мыши.............................	15
Перемещение по диалогу с помощью клавиатуры...................	15
Элементы управления диалога...................................................	17
Изменение положения диалогов на экране...............................	19
РАБОТА С ОКНАМИ .................................................................................	20
Открытие окна...........................................................................	20
Закрытие окна.............................................................................	21
Циклический просмотр...............................................................	21
Развертывание окна...................................................................	21
Свертывание окна.......................................................................	22
Перемещение окна.......................................................................	22
Восстановление размера............................................................	22
Прокрутка окна...........................................................................	23
Изменение размеров....................................................................	23
Окно предупреждения................................................................	23
ОКНО CHEMWINDOW .............................................................................	25
МЕНЮ FILE .............................................................................................	26
New Document ..............................................................................	26
New Library ..................................................................................	27

Open..............................................................................................	28
Close .............................................................................................	30
Save...............................................................................................	31
Save As ..........................................................................................	31
Page Setup ....................................................................................	32
Print ..............................................................................................	33
Print Preview ................................................................................	34
Document Size...............................................................................	35
Preferences ...................................................................................	36
Последний открытый файл.......................................................	38
Exit ................................................................................................	38
МЕНЮ EDIT.............................................................................................	39
Undo..............................................................................................	39
Redo ..............................................................................................	40
Cut.................................................................................................	40
Copy ..............................................................................................	41
Paste..............................................................................................	41
Clear .............................................................................................	41
Find in Library..............................................................................	41
Find Next in Library .....................................................................	42
Select All .......................................................................................	43
Join................................................................................................	43
Override Style ...............................................................................	43
Insert New Object … .....................................................................	49
Links … .........................................................................................	51
Объект.........................................................................................	51
МЕНЮ VIEW ...........................................................................................	52
Standard Tools ..............................................................................	53
Custom Palette ..............................................................................	55
Commands.....................................................................................	55
Bond Tools ....................................................................................	57
Graphic Tools ...............................................................................	58
Orbital Tools.................................................................................	59
Other Tools ...................................................................................	60
Reaction Tools...............................................................................	61
Symbol Tools.................................................................................	62
Template Tools..............................................................................	62
Style Bar........................................................................................	63
Graphics Style Bar ........................................................................	64
	4

Zoom Bar ......................................................................................	65
Rulers ............................................................................................	66
Status Bar......................................................................................	66
МЕНЮ ARRANGE ....................................................................................	67
Bring to Front ...............................................................................	68
Send to Back..................................................................................	68
Group ............................................................................................	69
Ungroup ........................................................................................	69
Rotate …........................................................................................ 70
Scale … .........................................................................................	70
Size …............................................................................................ 72
Free Rotate....................................................................................	73
Flip Horizontal..............................................................................	73
Flip Vertical ..................................................................................	74
Space Objects … ...........................................................................	74
Align Оbjects … ............................................................................	76
Center On Page.............................................................................	76
Crosshair.......................................................................................	77
МЕНЮ ANALYTICAL ...............................................................................	78
Calculate Mass … .........................................................................	78
Formula Calculator ….................................................................. 79
Periodic Table … ..........................................................................	80
МЕНЮ OTHER .........................................................................................	83
Сheck Chemistry ...........................................................................	83
Make Stick Structure .....................................................................	85
Make Labeled Structure ................................................................	86
Add User Chemistry ….................................................................. 87
Edit User Chemistry … .................................................................	89
Edit Hot Keys …............................................................................ 90
Clean Up .......................................................................................	94
Check Spelling…........................................................................... 94
Edit User Dictionary … ................................................................	95
ChromKeeper................................................................................	95
IRKeeper .......................................................................................	95
SymApps........................................................................................	95
МЕНЮ WINDOW......................................................................................	96
New Window .................................................................................	96
Cascade.........................................................................................	96
Tile ................................................................................................	98
	5

Arrange Icons................................................................................	98
1 «Имя файла».............................................................................	99
МЕНЮ HELP..........................................................................................	100
Help Topics …............................................................................. 100
Bio-Rad Laboratories on the Web...............................................	100
About ChemWindow … ...............................................................	101
ОСНОВНЫЕ ПРИЕМЫ РАБОТЫ В ПРОГРАММЕ
CHEMWINDOW ...................................................................................	103
ОСНОВЫ СОЗДАНИЯ И РЕДАКТИРОВАНИЯ ХИМИЧЕСКИХ СТРУКТУР....	103
ВЫДЕЛЕНИЕ ОБЪЕКТОВ ........................................................................	105
Инструмент «Selection» (выделение)......................................	105
Инструмент «Lasso» (лассо) ...................................................	106
СВЯЗИ МЕЖДУ АТОМАМИ.....................................................................	110
СТРЕЛКИ НАПРАВЛЕНИЯ ХИМИЧЕСКИХ РЕАКЦИЙ ...............................	117
ОКРУЖНОСТИ, ЭЛЛИПСЫ, ДУГИ, КРУГОВЫЕ СТРЕЛКИ, ПРОИЗВОЛЬНЫЕ
ЛИНИИ...................................................................................................	120
ЦИКЛЫ..................................................................................................	124
ТЕКСТОВЫЕ ВОЗМОЖНОСТИ.................................................................	127
Инструмент Label ....................................................................	127
Инструмент Caption ................................................................	135
ИНСТРУМЕНТ ERASER ..........................................................................	137
ДРУГИЕ ГРАФИЧЕСКИЕ ВОЗМОЖНОСТИ................................................	139
Создание таблиц.......................................................................	139
Меню Table.................................................................................	140
Проекционные формулы Ньюмана..........................................	145
Инструмент Bracket.................................................................	145
Символы.....................................................................................	146
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ШАБЛОНОВ ..............................................................	148
Template Tools............................................................................	148
Инструмент Hierarchical Template.........................................	150
Использование библиотек........................................................	156
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ СТИЛЕЙ ....................................................................	159
ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ CHEMWINDOW С ДРУГИМИ ПРОГРАММАМИ..........	160
Перенос информации из ChemWindow в Microsoft Word и
обратно...........................................................................................	161
Перенос информации из ChemWindow в другие приложения 165
ДРУГИЕ ПРОГРАММЫ ХИМИЧЕСКОЙ ГРАФИКИ.....................................	166
6

ВВЕДЕНИЕ

Кто не понимает ничего, кроме химии, тот и ее понимает недостаточно.

Георг Лихтенберг

Создание и совершенствование компьютерной техники, появление новых технологий передачи, обработки, накопления и представления информации облегчило и ускорило вычислительную работу во многих областях науки и, в частности, химии. Квантовая химия, молекулярная механика, планирование химического синтеза, получение и обработка экспериментальных данных с помощью новых информационных технологий и компьютерной техники – это лишь некоторые типичные примеры. Увеличение вклада информационных технологий в развитие химии связано в первую очередь с появлением персональных компьютеров с высокими эксплуатационными характеристиками и новых технологий передачи информации. Благодаря их относительно низкой цене и доступности для широкого круга пользователей такое оборудование стало обычным в большинстве химических лабораторий и учебных заведениях мира.

Одной из сфер использования компьютеров среди химиков является подготовка текстов, содержащих химические структуры. Популярные текстовые редакторы, такие как Microsoft Word, WordPerfect или WordPro и др., несмотря на свои широкие возможности, не имеют удобных инструментов для создания химических структур высокого качества. Для решения задач создания химических структур, схем реакций в полиграфических целях, использования их при создании баз данных, поиска в информационных системах, программах квантовой химии и других областях создано достаточно много различных программных средств. Одним из них – ChemWindow.

Программа ChemWindow (версия 6.0) создана для воспроизведения химических структур. Владельцем прав на эту программу является известная фирма Bio-Rad Laboratories, которая приобрела их в свое время у фирмыSoftShell, являвшейся разработчиком первых версий программы.

Настоящая книга – это попытка дать исчерпывающее описание команд меню и доступного инструментария ChemWindow. Пособие состоит из двух частей. В первой приведено подробное описание основных особенностей использования программы, команд меню, инструментов; во второй – основные подходы к использованию и методы работы с ChemWindow. Несмотря на то, что 6 версия программы ChemWindow, не последняя выпущенная версия, тем не менее, именно эта версия является самой популярной и распространенной среди пользователей-химиков. И действительно, низкие требования к системным параметрам компьютера, устойчивая работа под всеми версиями операционной системы Windows, и, самое главное, – необходимый и достаточный набор инструментов и функций, который устраивает большинство химиков.

Пособие предназначено для студентов химических специальностей университетов, а также будет полезно преподавателям, научным сотрудникам, аспирантам и всем использующим химическую компьютерную графику в своей работе.

Автор выражает благодарность И.Б. Катракову, А.В. Максимову, М.К. Котвановой, за внимательное прочтение, ценные замечания и советы по совершенствованию данной книги.

Надеемся, что данная книга найдет своего читателя и будет полезна. Все замечания, направленные на улучшение данного учебного пособия, будут приняты с благодарностью по e-mail: markin@chem.asu.ru.

ОСНОВЫИНТЕРФЕЙСА

Основные способы использования инструментария и принятые сокращения

Прежде чем приступить к подробному рассмотрению команд и возможностей программы ChemWindow, необходимо договориться об используемой терминологии и принятых сокращениях. Кроме того, в силу того, что программа ChemWindow предназначена для специалистов в области химии, она соединяет в себе две области знания: компьютерную графику и химию.

Интерфейс ChemWindow состоит из меню, окон, диалогов и других средств общения с ChemWindow.

ChemWindow предполагает наличие мыши, но многие действия можно выполнить и с помощью клавиатуры. При использовании клавиатуры для выбора объектов и элементов управления, принадлежащих интерфейсу, используются клавиши со стрелками и комбинации клавиш.

Приведем некоторые термины, которые в дальнейшем будут нами использованы.

Использование мыши

При работе с программой ChemWindow, необходимо обязательное наличие манипулятора мышь, так как некоторые операции практически невозможно осуществить без ее использования. Двигая мышь по горизонтальной поверхности, Вы перемещаете ее указатель (курсор) по экрану компьютера. Форма курсора зависит от выполняемой в настоящее время операции. (О возможных типах курсоров см. ниже).

Для активации и выполнения различных операций используются две кнопки (или в некоторых модификациях манипулятора мышь может быть больше). Необходимо выделить две основных операции с манипулятором мышь: нажатие мыши (щелчок, click) – краткое нажатие на

кнопку мыши, и двойное нажатие мыши (двойной щелчок, double click)

– два быстрых нажатия на левую кнопку мыши (если мышь настроена для левшей, то вместо левой обычно используют правую кнопку мыши).

Курсор

Курсор в программе ChemWindow бывает двух типов: текстовый или графический.

Текстовый курсор возникает при работе с текстом и имеет вид мигающей вертикальной черты в месте ввода текста.

Графический курсор может быть нескольких видов: для работы с текстом ( ); для инструмента «Lasso» (Лассо) – (); при изменении размеров окна курсор приобретает форму двунаправленной стрелки ( ); для инструмента «Eraser» (Ластик) курсор имеет форму квадратика – ; для других графических инструментов форма курсора приобретает вид – . При выполнении продолжительных операций курсор имеет форму песочных часов ( ).

Объекты

Программа ChemWindow – это программа объектной графики, т.е. при своей работе она оперирует с таким понятием, как объект. Под объектом здесь понимается любой графический (или текстовый) элемент, который имеет собственные границы. Границы выделенного инструментом Selection () графического объекта маркируются чер-

ными квадратиками ( ), как показано ниже:

Здесь в качестве примера показаны бензольное кольцо, связь, стрелки, подпись. Это – элементарные графические объекты, с помо-

1 / 171 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 > Следующая >>>

Соседние файлы в папке Химические редакторы