
- •Введение
- •1 Экология микроорганизмов
- •1.1 Среды обитания микроорганизмов
- •1.1.1 Биогенная среда обитания
- •1.1. 2 Абиогенные субстраты
- •1.1.2.1 Почва как среда обитания микробов
- •1.2 Взаимоотношения организмов
- •1.2.1 Антагонизм
- •1.2.1. 1 Хищничество
- •1.2.1.2 Паразитизм
- •1.2.2 Комменсализм
- •1.2.3 Нейтрализм
- •1.2.4 Мутуализм (симбиоз)
- •2 Экология микроорганизмов почвы
- •2.1 Сукцессия
- •3 Свойства почвы, как среды обитания
- •3.1 Гипергенез
- •3.1.1 Минералогический, механический и химический состав почвообразующих пород
- •3.1.1.1 Характеристика первичных и вторичных минералов
- •3.1.1.2 Механический состав почвообразующих пород и почв
- •3.1.1.3 Химический состав отдельных фракций почв
- •3.2 Почвообразовательный процесс
- •3.2.1 Роль микроорганизмов в образовании почвы
- •3.3 Состав и свойства почвы
- •3.4 Основные типы почв и их распространение
- •3.5 Плодородие почвы
- •4 Растения
- •4.1 Вегетативные органы растений
- •4.1.1 Лист
- •4.1.1.1 Морфология, анатомия листа и его происхождение
- •4.1.1.2 Физиология листа
- •4.1.2 Стебель
- •4.1.3 Корень растения
- •4.1.3.1 Корневые волоски
- •4.1.3.2 Микориза
- •5 Минеральное питание растений
- •5.1 Роль азота в питании растений
- •5.1.1 Превращения азота в почве
- •5.1.2 Круговорот азота
- •5.2 Роль фосфора в питании растений
- •5.2.1 Содержание и формы соединений фосфора в почвах
- •5.2.2 Круговорот фосфора
- •5.3 Роль калия в питании растений
- •5.3.1 Состояние калия в почве
- •5.4 Роль микроэлементов в питании растений
- •6 Удобрения в сельскохозяйственном производстве
- •6.1 Азотные удобрения
- •5.4 Фосфорные удобрения
- •6.3 Калийные удобрения
- •7 Взаимодействие микроорганизмов и растений
- •7.1 Азотфиксация микроорганизмами
- •7.1.1 Открытие азотфиксирующих бактерий
- •7.1.2 Клубеньковые бактерии бобовых
- •7.1.2.1 Морфология и физиология клубеньковых бактерий
- •7.1.2.2 Специфичность и активность клубеньковых бактерий
- •7.1.2.3 Инфицирование бобового растения клубеньковыми бактериями
- •7.1.2.4 Этапы развития симбиоза ризобий с бобовыми
- •7.1.2.5 Систематика ризобий
- •7.1.2.6 Морфолого-анатомическая характеристика клубеньков в их онтогенезе
- •7.1.2.7 Организация клубеньков и биохимия азотфиксации
- •7.1.2.8 Диазотрофы
- •7.1.3 Факторы, определяющие симбиотические взаимоотношения клубеньковых бактерий с бобовыми растениями
- •7.1.4 Распространение клубеньковых бактерий в природе
- •7.2 Клубеньки у растений, не относящихся к бобовым
- •7.3 Внекорневые азотфиксирующие симбионты
- •7.4 Везикулярно-арбускулярная микориза
- •7.5 Ризосферная микрофлора
- •7.6 Свободноживущие азотфиксирующие микроорганизмы
- •7.7 Ассоциативные азотфиксаторы
- •8 Механизм биологической фиксации молекулярного азота
- •8.1 Преинфекционные (сигнальные) взаимодействия
- •8.2 Структурная основа симбиоза
- •8.3 Механизм взаимодействия растения и азотфиксатора
- •8.4 Энергетическое обеспечение азотфиксации
- •8.5 Ассимиляция фиксированного углерода
- •9 Иммобилизация фосфора микроорганизмами
- •9.1 Действие фосфатмобилизующих микроорганизмов на минеральные частички
- •10 Применение микроорганизмов в качестве «живых удобрений»
- •10.1 Применение азотфиксаторов на практике
- •10.1.1 Азотфиксирующие препараты
- •10.1.2 Фосфатмобилизирующие препараты
- •10.1.3 Кремнебактерин
- •10.1.4 Комплексные микробиологические удобрения
- •Литература
- •Приложение а (информационное) Глоссарий
- •Приложение в (информационное) Представители азотфиксаторов
- •Приложение г (обязательное) Некоторые методики изучения активности микроорганизмов
- •Методика уменьшения лизогенности штаммов Bacillus sp.
- •Содержание
8.1 Преинфекционные (сигнальные) взаимодействия
Развитие бобово-ризобиального симбиоза - сложный многостадийный процесс, который включает четыре группы процессов:
- ранние (преинфекционные) взаимодействия;
- морфогенез клубеньков;
- регуляция развития эндосимбионтов;
- функционирование клубеньков, как органов азотфиксации.
Все эти процессы находятся под контролем взаимодействующих организмов – растения-хозяина и микроорганизмов. Обмен партнеров молекулярными сигналами происходит при любых симбиотических взаимодействиях. На ранних этапах симбиоза это обеспечивает переход организмов из свободноживущего в симбиотическое состояние, на более поздних – метаболические и морфогенетические процессы, обеспечивающие функционирование симбиоза. Сигналы часто действуют на уровне транскрипции и трансляции генов-мишеней.
Образование симбиоза клубеньковых бактерий начинается с реакции ризобий на растительные флавоноиды, которые активируют бактериальные гены вирулентности nod (от англ. nodulation – клубенькообразование). На рисунке 47 показана структура nod- факторов ризобий, показаны наиболее важные заместители – ацильная группа на нередуцирующем конце (С18:1 или С18:4) и варианты заместителей в позиции R5 на редуцирующем конце.
Рисунок 47 - Структура nod-факторов ризобий (по В.С. Шевелуха с соавт.)
Под контролем этих генов ризобии синтезируют липо-хито-олигосахаридные nod-факторы, которые инициируют ранние стадии развития клубеньков. К настоящему времени известно более 50 генов вирулентности у ризобий. Некоторые из этих генов одинаковы, как структурно, так и функционально, для разных ризобий, другие специфичны для каждого вида или даже штамма.
Мутации в одинаковых nod-генах (nodА, nodВ, nodС) приводят к нарушению самой ранней стадии развития симбиоза – скручивания корневых волосков. При мутациях генов хозяйской специфичности (nodH, nodP, nodQ, nodZ, nodX) обычно нарушаются более поздние стадии взаимодействия, связанные с формированием инфекционных нитей и клубеньковых меристем. Важные различия между этими группами генов вирулентности выявляются и при переносе их между разными видами ризобий.
Перенос генов хозяйской специфичности обычно приводит к тому, что штамм-реципиент приобретает способность формировать клубеньки у растений–хозяев штамма-донора. При переносе одинаковых, неспецифичных nod-генов такого эффекта не наблюдается, однако, если реципиентом является вирулентный мутант с нарушением собственных nod-генов, одинаковых для разных видов, то у него наблюдается восстановление способности формировать клубеньки на исходных растениях-хозяевах.
Гены обеих групп являются индуцибельными: их активность первоначально удавалось зарегистрировать только после попадания ризобий в ризосферу растения. При этом флавоноиды, выделяемые в почву семенами или корнями бобовых, взаимодействуют с бактериальным белком NodD, который в результате приобретает способность активировать транскрипцию остальных nod-генов (nodD – единственный конститутивно работающий ген вирулентности ризобий).
Белок NodD связан с внутренней мембраной ризобиальной клетки, через которую проникают флавоноиды. Взаимодействуя с ним, белок NodD изменяет свою конформацию, в результате чего становится возможным его связывание с консервативной последовательностью «nod-box», расположенной в промоторах индуцибельных генов вирулентности. В результате повышается сродство этих промоторов к РНК-полимеразе и индуцируется их транскрипция. Схема обмена сигнальными молекулами между горохом и бактерией Rhizobium leguminosarum приведена на рисунке 48.
Рисунок 48 - Схема обмена сигнальными молекулами между горохом и бактерией Rhizobium leguminosarum (по В.С. Шевелуха с соавт)
Как показано на рисунке, корни растений выделяют специфические флавоноиды, которые в комплексе с бактериальным белком NodD активизируют синтез бактериальных сигнальных молекул - Nod-факторов. Их биосинтез кодируется nod-генами, расположенными на Sym-плазмиде.
Конечным продуктом действия генов вирулентности являются Nod-факторы, способность к синтезу которых – уникальное свойство ризобий. Эти факторы представляют собой модифицированные синтезируют липо-хито-олигосахариды, которые состоят из 3-6 остатков N-ацетилглюкозамина и радикала ненасыщенной жирной кислоты, содержащего 16-20 атомов углерода – рисунок 47.
Биосинтез этих факторов включает процессы:
- полимеризация N-ацетилглюкозамина (синтезируемых из фукозы под контролем белка NodМ) с образованием 1—4-β-гликозидных связей. Эта реакция, катализируемая белком NodС, приводит к образованию олигомеров хитина;
- деацетилирование «нередуцирующего» концевого остатка глюкозамина в положении R1 (катализируется белком NodВ) и последующее присоединение к атому азота жирнокислотного остатка (катализируется белком NodА);
- модификация образовавшегося липо-хито-олигосахарида (коровая часть Nod-фактора): атомы водорода на «редуцирующем» и «нередуцирующем» концах замещаются на различные радикалы (фукозил, сульфат, метил, ацетил и др.) – рисунок 49.
GlcNac - N-ацетилглюкозамин; GDP-Fucose - гуанозиндифосфо- фукоза; Acetyl Coa - ацетил-кофермент; PAPC 31-фосфоаденозин-51-фосфосульфат; SAM – S-аденозил-метионин.
Рисунок 49 - Биосинтез Nod-факторов (по В.С. Шевелуха с соавт.)
Приведенные стадии биосинтеза Nod-факторов контролируются разными группами nod-генов: синтез коровой части происходит под контролем «общих» nod-генов, а его модификация – под контролем генов хозяйственной специфичности. Очищенные Nod-факторы в концентрации всего 10-8- 10-12 М инициируют ранние стадии формирования симбиоза, скручивание корневых волосков, закладку клубеньковых меристем, а у некоторых бобовых, даже начальные стадии гистогенеза клубеньков. Отмечено, что Nod-факторы – это те сигналы, которые в значительной степени определяют специфичность всего процесса симбиотического взаимодействия. Наибольшую роль в этом играют модификации Nod-факторов, осуществляемые под под контролем генов хозяйственной специфичности.
Синтез и фенотипические эффекты Nod-факторов достаточно изучены, так как выделяются бактериями в среду, и их действие может быть легко промоделировано в системах in vitro. В меньшей степени изучены процессы рецепции бактериального сигнала и его последующей передачи в растении. В настоящее время показано, что перенос генов, контролирующих синтез некоторых фракций корневых лектинов, между разными бобовыми может сопровождаться расширением симбиотической специфичности. Выявлены фракции корневых лектинов бобовых, которые специфически связываются с Nod-факторами in vitro и при этом важны для образования симбиоза (обработка корней антителами, полученными на данные лектины, блокируют образование клубеньков). По-видимому, растительные лектины являются по меньшей мере одним из компонентов системы рецепции Nod-факторов.