
- •Введение
- •Структурная биоинформатика
- •Математика и физика в структурной биоинформатике
- •Уровни представления молекулярных систем
- •Уровень классической механики
- •Уровень статистической физики
- •Уровень квантовой механики
- •Квантовые расчеты: модели и методы
- •Полноатомное представление молекулярных систем: модели и методы
- •Силовое поле
- •Парциальные заряды
- •Силы Ван-дер-Ваальса
- •Учет влияния растворителя
- •Гидрофобные взаимодействия
- •Молекулярная динамика
- •Анализ нормальных мод
- •Моделирование Монте-Карло
- •Структура и сворачивание белка
- •Баланс энергии при сворачивании белка
- •Методы предсказания структуры белков
- •Восстановление путей сворачивания белка
- •Модели взаимодействия биомолекул
- •Системная биоинформатика
- •Исторический очерк математических методов в биологии
- •Иерархия объектов в системной биоинформатике
- •Основные понятия молекулярной биологии клетки
- •Молекулярные методы исследования клетки
- •Цели и направления при исследовании клетки
- •Анализ протеома клетки
- •Обработка экспериментов по секвенированию при изучении процессов в клетке
- •Дифференциальная экспрессия генов
- •Ошибки и погрешности при изучении экспрессии генов
- •Исследование систем регуляции в клетке
- •Аннотация и анализ публикаций
- •Подходы к автоматическому анализу текстов
- •Ошибки в аннотации, причины и механизмы их накопления
- •Обработка данных в медицине
- •Медицинские измерения и их интерпретация
- •Подходы к получению доказательств в медицине
- •Некоторые из терминов, относящихся к экономическим отношениям в фармацевтике
- •Некоторые из гипотез, рассматриваемые в современной медицине
- •Традиции медицины и их эволюция
- •Математические модели в биологии
- •Понятия из теории дифференциальных уравнений
- •Обзор и частные случаи прикладных моделей
- •Нейробиология и модели сетей нейронов
- •Модель сети нейронов с двумя типами возбуждения
- •Элементы теории фракталов
- •Биоразнообразие и модели распределения численности в экологии
- •Молекулярная филогенетика и метагеномика
- •Анализ микробных сообществ
- •Филогенетические деревья
- •Эволюция патогенов
- •Болезнь байкальской губки
- •Эволюция человека
- •Вместо заключения
- •Библиография
- •Структурная биоинформатика
- •Системная биоинформатика

103
темах подобных перечисленным выше, дают основание соотнести современные традиции с традициями древней медицины у разных рас и народов. Обобщения, которые можно вывести при таком сравнении, приведены в следующем разделе и в заключительной части книги.
Традиции медицины и их эволюция
Лекарственные растения всегда использовались для лечения заболеваний. Многие из химических соединений, которые применяют в современной медицине, были подобраны при исследовании состава лекарственных растений. Также, для многих из современных лекарственных средств, сырьем служат продукты переработки растений. И потому исследования лекарственных растений продолжают развиваться, и в базе научных публикаций возможно провести автоматический анализ текстов, с целью обобщить представленные в публикациях результаты по многим из прикладных задач.
В результате проведенной обработки публикаций, используя подход описанный в 3.6, были отобраны записи, содержащие родовое название растения, название химического соединения, и термин относящийся к хроническим заболеваниям. Полученную базу записей возможно представить в виде матрицы соответствий между названиями растений и заболеваниями. Для построенной матрицы был проведен анализ главных компонент, так что в итоге по парам главных компонент возможно построить диаграмму отношений между лекарственными растениями и сопряженную диаграмму отношений между группами заболеваний, как это показано на рис. 3.28.
Рис. 3.28: Отношения между лекарственными растениями и между группами хрониче-
ских заболеваний
влевой части, размер кругов обозначает относительное количество публикаций с упоминанием лекарственного растения, а цветом обозначена группа, которой отнесено растение по его ботаническому описанию.
вправой части, размер кругов обозначает относительное количество публикаций, относящихся к заболеванию.

104
Часто в публикациях при описании лекарственного растения упоминают, в какой из традиций медицины принято было его использовать для лечения. И потому, в проведенной обработке текстов выделялись также географических термины, относящиеся к традициям медицины. Результаты, показанные на рис. 3.29, основаны на разложении матрицы, составленной из связей между лекарственными растениями и традициями медицины. При обработке также были использованы термины "modern" и "o cial", чтобы охарактеризовать мето современной медицины среди традиций, выработанных при развитии цивилизации.
Рис. 3.29: Отношения между традициями медицины
размер кругов обозначает относительное количество публикаций, относящихся к традиции медицины.
В показанном способе расчета, традиционные "школы" медицины, с долей условности, разделены на культуры Востока, культуры Европы, и культуры народов Африки, Австралии и Америки. Подходы современной медицины, в этом представлении, подобны, в большей степени, культурам Востока. Но, говоря прямо, "переоцененные" научные идеи и термины, приводящие к накоплению систематических ошибок в современной науке, как это обсуждалось в разделах 3.5, 3.6, 3.7, следует сравнить с языческими богами, подобными языческим богам древних культур Востока. И потому обнаруженное сходство современной медицины с традициями Востока не следует считать неожиданным.
Другой подход к автоматической обработке текстов, описанный в 3.6, где названию растения сопоставлялись названия генов, также был использован для оценки отношений между заболеваниями, по предполагаемому эффекту лекарственных растений. Для анализа были также использованы серии экспериментов RNA-Seq, где исследовалось различие в экспрессии генов в тканях,