Можно перейти по ссылке, указанной в предыдущей главе, а можно просто набрать в поисковой строке google «NCBI», первой ссылкой будет искомая. Выберем на этом ресурсе BLAST (Basic Local Alignment Search Tool, средство для поиска локального выравнивания). Т. к. наша последовательность аминокислотная, а не нуклеотидная— выбираем поиск по белковой базе, protein blast и копируем в его поле ввода нашу последовательность, а потом нажимаем на кнопку BLAST. После нескольких секунд поиска, база данных выдаст нам результат — наша последовательность больше всего похожа на последовательность 2FOM Chain A, Dengue Virus Ns2bNS3 PROTEASE.
Щелкнув по ссылке, мы можем просмотреть более подробную информацию.
Вопрос: Что в приведенной информации является идентификатором записи базы данных?
2.2Protein Data Bank - банк данных трехмерных структур белков и нуклеиновых кислот
Protein Data Bank был основан еще в 1971 году Уолтером Гамильтоном в национальной лаборатории Брукхавена он наполняется данными о пространственной структуре белков и нуклеиновых кислот, полученными с помощью рентгеновской кристаллографии или ЯМР — спектроскопии, его также легко найти в google по названию.
Откроем сайт www.pdb.org и попробуем отыскать там информацию о нашей последовательности, ведь если она есть — значит для этой последовательности есть трехмерная структура! Введем идентификатор в строке поиска и получим полную информацию.
Наша последовательность принадлежит протеазе NS2b/NS3 вируса Денге, модель которой опубликованна в 2006 году. В базе указана даже ссылка на статью в PubMed с описанием получения этой модели. Существует также возможность покрутить трехмерную структуру модели прямо в браузере (щелкните View in JMOL), подобрать модели, похожие по аминокислотной последовательности или по структуре и многое, многое другое.
10
Рисунок 3: Protein Data Bank - суммарная информация о найденной модели
Но если бы мы не знали бы идентификатор нашей модели, но знали её сущность? Эта задача тоже легко решается.
Задание: Пользуясь результатом, выданным нам в поиске по GenBank найдите в Protein Data Bank информацию о других трехмерных моделях нашей протеазы.
2.3PubMed — база публикаций по медицине и биологии
Пришла пора познакомиться с PubMed — библиографической базе данных, которая предоставляет доступ к публикациям по медицине и биологии. Наиболее интересна нам будет одна из ее частей — MedLine, содержащая научные статьи. PubMed принадлежит уже упоминавшемуся здесь NCBI и интегрирована с другими его базами, например с GenBank. Открыть начальную страницу портала PubMed можно по адресу http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
Загрузив в PubMed наш любимый запрос
11