- •1 Введение
- •Подготовка рабочего места
- •2 Базы данных для биоинформатика: инструмент и результат
- •2.1 GenBank — база данных биологических последовательностей
- •2.2 Protein Data Bank - банк данных трехмерных структур белков и нуклеиновых кислот
- •2.3 PubMed — база публикаций по медицине и биологии
- •2.4 Контрольные вопросы
- •3 Программы и форматы
- •3.1 UCSF Chimera и формат PDB
- •3.2 Редактор JalView и FASTA - формат
- •3.3 Контрольные вопросы
- •4.2 Выравнивание последовательностей в MAFFT
- •4.4 Облачные вычисления — дорога в будущее
- •4.5 Контрольные вопросы
- •5 Учебная работа по моделированию пространственной структуры биологического объекта
- •5.1 Задание
- •5.1.1 Извлечение знаний (Data mining)
- •5.2 Анализ вирусного белка NS3
- •5.2.1 Скрининг по гомологии
- •5.2.2 Скрининг с кластеризацией
- •5.2.3 Построение филогенетического древа
- •5.2.4 Конструирование трехмерной структуры вирусного белка NS3
- •5.2.5 Система поиска научных статей в базе данных Медлайн
- •5.2.6 Исследование функциональных доменов вирусного белка NS3
- •5.3 Необходимое послесловие к моделированию
- •6 Список рекомендованной литературы
6Список рекомендованной литературы
1.А. Леск Введение в биоинформатику, Москва, Бином, 2009
2.А. С. Иванов, А. В. Веселовский, А. В. Дубанов, В. С. Скворцов, А. И. Арчаков Интегральная платформа «От генома до прототипа лекарства» in silico и in vitro, курс лекций
3. Р. Дурбин, Ш. Эдди, А Крог, Г. |
Митчинсон |
Анализ |
|
биологических последовательностей, |
вероятностные |
модели |
|
белков и нуклеиновых кислот, НИЦ |
Москва-Ижевск, |
||
«Регулярная и хаотическая динамика», 2006 |
|
|
|
4.Молекулярная эволюция и филогенетический анализ : учебное пособие Лукашов В. В. учебное пособие БИНОМ.
Лаборатория знаний 2009 |
|
5. Х.Д. Хёлтье, В. Зиппль, |
Д. Роньян, Г. Фолькерс |
Молекулярное модерирование |
- теория и практика, Москва, |
Бином, 2010 |
|
6.И. Сердюк, Н. Заккаи, Дж. Заккаи Методы в молекулярной биофизике. Структура, функция, динамика (комплект из 2 книu) КДУ, 2009 г.
7.Ж. Сетубал, Ж. Мейданис Введение в вычислительную молекулярную биологию Introduction to Computational Molecular Biology, НИЦ "Регулярная и хаотическая динамика", Институт компьютерных исследований, 2007 г.
8.С. Игнасимуту Основы биоинформатики, НИЦ "Регулярная и хаотическая динамика", Институт компьютерных исследований, 2007 г.
9.Жимулев И. Ф. Общая и молекулярная генетика Сибирское университетское издательство 1998
10.Бородовский М., Екишева С. Задачи и решения по анализу биологических последовательностей, Регулярная и хаотическая динамика, 2008 г.
11.Edited by Jonathan M. Keith Bioinformatics Volume II. Structure, Function and Applications, Humana Press, 2008
12.J. Bedell, I.Korf, M Yandell - BLAST 2003, O’Reilly
13.R. Pevsner “Bioinformatics and Functional Genomics” (2nd ed.), J. Wiley & Sons, NJ, 2009
48
14. Гмурман, В. Е. Теория вероятностей и математическая статистика - 12-е изд., перераб. - Москва : Высшее образование, 2008.
15.М. Джаксон Молекулярная и клеточная биофизика Molecular and Cellular Biophysics, Бином, 2009 г.
16.Иванов В.А., Рабинович А.Л., Хохлов А.Р. Методы компьютерного моделирования для исследования полимеров и биополимеров, Книжный дом "ЛИБРОКОМ", 2009
17.Гасфилд Д. Строки, деревья и последовательности в алгоритмах: Информатика и вычислительная биология, БХВПетербург, 2003
18.Барковский Е.В., Бутвиловский А.В., Бутвиловский В.Э., Давыдов В.В., Хрусталев В.В., Казюлевич С.Р. Методы молекулярной эволюции и филогенетики: учеб.-метод. пособие, БГМУ, 2005
19.Bernhard Haubold, Thomas Wiehe - Introduction to Computational
Biology: An Evolutionary Approach, Birkhauser Verlag, 2006
20. N. Gautham Bioinformatics: |
databases and algorithms, |
Alpha Science International Ltd, |
2005 |
49