
- •Молекулярная биология
- •ТРАНСМЕМБРАННАЯ ТРАНСЛОКАЦИЯ РАСТУЩЕГО ПОЛИПЕПТИДА
- •СИГНАЛЬНЫЙ ПЕПТИД
- •СИГНАЛЬНЫЙ ПЕПТИД
- •ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ СОБЫТИЙ В ПРОЦЕССЕ КОТРАНСЛЯЦИОННОГО ПРИКРЕПЛЕНИЯ РАСТУЩЕГО ПОЛИПЕПТИДА К МЕМБРАНЕ ЭНДОПЛАЗМАТИЧЕСКОГО РЕТИКУЛУМА
- •Узнавание
- •Структура бактериальной SRP частицы в комплексе с рецептором (SR)
- •ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ СОБЫТИЙ ИНИЦИАЦИИ ТРАНСМЕМБРАННОЙ ТРАНСЛОКАЦИИ
- •Белок Sec61p/SecY – трансмембранный пептид-проводящий канал (РСС) (или транслокон, или ТС)
- •Трансмембранный пептид-проводящий канал (вид с торца, со стороны цитоплазмы)
- •Схема расположения трансмембранных спиралей пептид-проводящего канала (белка Sec61 ) –
- •Схема расположения трансмембранных спиралей пептид-проводящего канала (белка Sec61 ) –
- •Трансмембранный пептид-проводящий канал (вид с торца, со стороны цитоплазмы) –
- •«Пробка» трансмембранного пептид-проводящего канала (a) и ее открывание при прохождении растущего пептида (b)
- •Стадии котрансляционной трансмембранной транслокации секреторного белка
- •Котрансляционная и посттрансляционная трансмембранная транслокация новосинтезированного белка у грам-отрицательных бактерий
- •ГИПОТЕЗА НЕСТРОГОГО СООТВЕТСТВИЯ
- •РАБОЧИЙ (ЭЛОНГАЦИОННЫЙ) ЦИКЛ РИБОСОМЫ
- •Антипараллельное кодон-антикодоновое взаимодействие
- •ЧТО ВЫЯВИЛОСЬ В ЭКСПЕРИМЕНТАХ К 1966 ГОДУ?
- •Антипараллельное кодон-антикодоновое спаривание
- •Спаривание
- •ЧТО ВЫЯВИЛОСЬ В ЭКСПЕРИМЕНТАХ К 1966 ГОДУ?
- •Спаривание
- •Спаривание 1-го основания антикодона с 3-им основанием кодона
- •Гипотеза Крика о “шатании” положений азотистых оснований при спаривании положения 1 антикодона с
- •Спаривание 1-го основания антикодона с 3-им основанием кодона
- •WOBBLE RULES
- •WOBBLE RULES
- •Модифицированные нуклеозиды, типичные для первого положения антикодона:
- •ИНГИБИТОРЫ ТРАНСЛЯЦИИ
- •Антибиотики – ингибиторы корректного связывания аминоацил-тРНК
- •АНТИБИОТИКИ – ИНГИБИТОРЫ АМИНОАЦИЛ-тРНК-СВЯЗЫВАЮЩЕГО УЧАСТКА (А-УЧАСТКА) НА МАЛОЙ (30S) РИБОСОМНОЙ СУБЪЕДИНИЦЕ
- •Место связывания тетрациклинов в непосредственной близости от А участка связывания
- •ЭЛОНГАЦИОННЫЙ ЦИКЛ:
- •АНТИБИОТИКИ – ИНГИБИТОРЫ АМИНОАЦИЛ-тРНК-СВЯЗЫВАЮЩЕГО УЧАСТКА (А-УЧАСТКА) НА МАЛОЙ (30S) РИБОСОМНОЙ СУБЪЕДИНИЦЕ
- •Рибосомная 30S субъединица, контактирующая сторона: район связывания аминогликозидов и аминоциклитолов
- •Связывание паромомицина с основанием спирали 44 16S рибосомной РНК
- •Рибосомная 30S субъединица, контактирующая сторона: расположение антикодоновых шпилек тРНК в А и Р
- •Ингибиторы транспептидации и около …
- •АНТИБИОТИКИ – ИНГИБИТОРЫ ТРАНСПЕПТИДАЦИИ
- •ЭЛОНГАЦИОННЫЙ ЦИКЛ: ИНГИБИТОРЫ ТРАНСПЕПТИДАЦИИ
- •МАКРОЛИДЫ – ИНГИБИТОРЫ ПРОДВИЖЕНИЯ РАСТУЩЕГО ПОЛИПЕПТИДА?
- •Ингибиторы транслокации
- •АНТИБИОТИКИ – ИНГИБИТОРЫ ТРАНСЛОКАЦИИ
- •ЭЛОНГАЦИОННЫЙ ЦИКЛ: ИНГИБИТОРЫ ТРАНСЛОКАЦИИ
- •АМИНОГЛИКОЗИДЫ И АМИНОЦИКЛИТОЛЫ КАК ИНГИБИТОРЫ ТРАНСЛОКАЦИИ?
- •АНТИБИОТИКИ – ИНГИБИТОРЫ ТРАНСЛОКАЦИИ НА ЭУКАРИОТИЧЕСКИХ РИБОСОМАХ
- •АНТИБИОТИКИ – ИНГИБИТОРЫ ТРАНСЛОКАЦИИ НА ЭУКАРИОТИЧЕСКИХ РИБОСОМАХ
- •Ингибиторы факторов элонгации
- •Гуанозинтрифосфат и его негидролизуемые и медленно гидролизуемые аналоги
- •АНТИБИОТИК – ИНГИБИТОР ОСВОБОЖДЕНИЯ ФАКТОРА ЭЛОНГАЦИИ EF-Tu ИЗ РИБОСОМЫ
- •ЭЛОНГАЦИОННЫЙ ЦИКЛ:
- •АНТИБИОТИКИ – ИНГИБИТОРЫ ОСВОБОЖДЕНИЯ БЕЛКОВЫХ ФАКТОРОВ ЭЛОНГАЦИИ
- •АНТИБИОТИКИ – ИНГИБИТОРЫ СВЯЗЫВАНИЯ БЕЛКОВЫХ ФАКТОРОВ ЭЛОНГАЦИИ
- •ЭЛОНГАЦИОННЫЙ ЦИКЛ: ИНГИБИТОРЫ ФАКТОРОВ ЭЛОНГАЦИИ
- •Схема доменной структуры фактора элонгации EF-G
- •«Молекулярная мимикрия»:
- •ПУРОМИЦИН – АНАЛОГ АМИНОАЦИЛ-тРНК, ИНГИБИТОР ТРАНСЛЯЦИИ
- •Ошибки связывания аминоацил-тРНК: «ложное кодирование»
- •Трансляция poly(U) в бесклеточной системе:
- •Трансляция poly(U) в бесклеточной системе:
- •Ложное кодирование на poly(U)
- •Ложное кодирование: проскок терминирующих кодонов
- •ЛОЖНОЕ КОДИРОВАНИЕ:
- •КИНЕТИЧЕСКАЯ ОСНОВА ЛОЖНОГО КОДИРОВАНИЯ
- •КИНЕТИЧЕСКАЯ ОСНОВА ЛОЖНОГО КОДИРОВАНИЯ
- •КИНЕТИЧЕСКАЯ КОРРЕКЦИЯ («РЕДАКТИРОВАНИЕ») КОДИРОВАНИЯ
- •КОНЕЦ.

ПУРОМИЦИН – АНАЛОГ АМИНОАЦИЛ-тРНК, ИНГИБИТОР ТРАНСЛЯЦИИ
OH
H2C
|
HN |
|
H |
|
C |
H3C O |
CH2 |
H3C N CH3
|
N |
N |
H |
|
|
|
|
ONN
H
OH
CO
NH2
H H
N
OHN
N
H2C O NN
H
OOH
HCO
C
RNH2
Ошибки связывания аминоацил-тРНК: «ложное кодирование»
Трансляция poly(U) в бесклеточной системе:
включение фенилаланина (Phe) в полипептидную цепь = синтез полифенилаланина на кодонах UUU!
Трансляция poly(U) в бесклеточной системе:
включение фенилаланина (Phe) в полипептидную цепь = синтез полифенилаланина на кодонах UUU!
но сопровождающееся включением небольших количеств Leu,
Ile,
Ser,
Tyr,
Val.
«Ложное кодирование» – ошибки трансляции.
Ложное кодирование на poly(U)
|
5 |
' G |
• U |
3 |
' |
|
5 |
' G |
• |
U |
3 |
' |
||
t R N A P h e |
A |
|
U |
|
|
t R N A I l e |
A |
|
|
U |
|
|
||
|
|
|
|
|
|
|
||||||||
|
3 |
' A |
|
U |
5 |
' |
|
3 |
' U |
|
U |
5 |
' |
|
|
|
|
|
|||||||||||
|
5 |
' U † • U |
3 |
' |
|
5 |
' G |
• |
U |
3 |
' |
|||
t R N A |
L e u |
A |
|
U |
|
|
t R N A |
L e u |
A |
|
|
U |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||
|
2 |
' G |
|
U |
|
|
|
3 |
' G |
|
U |
|
|
|
|
3 |
|
5 |
' |
|
3 |
|
5 |
' |
|||||
|
5 |
' C |
|
U |
3 |
' |
|
5 |
' U * |
|
U |
3 |
' |
|
t R N A |
L e u |
A |
|
U |
|
|
t R N A |
L e u |
A |
|
|
U |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||
|
4 |
' A |
|
U |
|
|
|
5 |
' A |
|
|
U |
|
|
|
3 |
|
5 |
' |
|
3 |
|
|
5 |
' |
||||
|
|
|
|
|
||||||||||
|
5 |
' U V • U |
3 |
' |
|
5 |
' G Q • U |
3 |
' |
|||||
t R N A |
S e r |
G |
|
U |
|
|
t R N A T y r |
U |
|
U |
|
|
||
|
1 |
' A |
|
U |
|
|
|
|
' A |
|
|
U |
|
|
|
3 |
|
5 |
' |
|
3 |
|
|
5 |
' |
||||
|
|
|
|
|
||||||||||
|
5 |
' U V • U |
3 |
' |
|
5 |
' G |
• |
U |
3 |
' |
|||
t R N A |
V a l |
A |
|
U |
|
|
t R N A |
V a l |
A |
|
|
U |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||
|
1 |
' C |
|
U |
|
|
|
2 |
' C |
|
U |
|
|
|
|
3 |
|
5 |
' |
|
3 |
|
5 |
' |

Ложное кодирование: проскок терминирующих кодонов
(“readthrough”)
ЛОЖНОЕ КОДИРОВАНИЕ:
ПРИНЦИП «ДВА ИЗ ТРЕХ»

КИНЕТИЧЕСКАЯ ОСНОВА ЛОЖНОГО КОДИРОВАНИЯ
При комплементарном и частично комплементарном спаривании триплетов разница в константах сродства определяется в основном разницей времен жизни комплексов (т.е. скоростями диссоциации),
тогда как скорости формирования комплексов не сильно различаются.
J. Ninio, 1974.

КИНЕТИЧЕСКАЯ ОСНОВА ЛОЖНОГО КОДИРОВАНИЯ
При комплементарном и частично комплементарном спаривании триплетов разница в константах сродства определяется в основном разницей времен жизни комплексов (т.е. скоростями диссоциации),
тогда как скорости формирования комплексов не сильно различаются.
Отсюда следует, что точность выбора антикодона тРНК будет уменьшаться при увеличении скорости последующей стадии элонгационного цикла
ивозрастать при задержке последующей стадии (транспептидации).
J.Ninio, 1974.