
- •Молекулярная биология
- •Регуляция трансляции у эукариот:
- •Регуляция доступности лимитирующего фактора инициации eIF4E/4F путем фосфорилирования/дефосфорилирования eIF4E-связывающего белка (4E-ВР)
- •Регуляция трансляции у эукариот:
- •Поли(А)-хвост как усилитель инициации трансляции
- •Связывание фактора инициации eIF4F
- •Модель нековалентной циркуляризации эукариотческой мРНК путем образования белковых мостиков “poly(A)-PABP-eIF4G-eIF4E-cap” и “…PABP-eIF4G-eIF3-40S”
- •Модель ре-инициации трансляции в циркуляризованной полирибосоме
- •Взаимодействия AU-модулей (ARE) 3' нетранслируемой области:
- •Тотальная регуляция трансляции eIF4E-связывающим белком (eIF4E-BP)
- •мРНК-специфическая регуляция трансляции eIF4E-связывающими белками, локализованными на 3'-НТО
- •Регуляция трансляции у эукариот:
- •МАСКИРОВАННАЯ мРНК
- •Spisula solidissima
- •Открытие «маскирующего элемента» в 3'-НТО и первичного «маскирующего белка» в мРНК рибонуклеотид-редуктазы ооцитов
- •J. Ahringer and J. Kimble (1991) Nature 349, 346-348.
- •A. Ostareck-Lederer, D.H. Ostareck, N. Standart and B.J. Thiele (1994) Translation of 15-lipoxygenase
- •Схема индукции маскирования-демаскирования мРНК первичным маскирующим белков
- •Схема маскирования-демаскирования материнских мРНК
- •Первичные события в процессе маскирования материнских мРНК в оогенезе Xenopus laevis
- •Схема маскирования-демаскирования мРНК (oskar-mRNA, nanos-mRNA) в процессах раннего эмбриогенеза дрозофилы
- •Схема маскирования мРНК (oskar-mRNA) в клетках-кормилицах яичников дрозофилы
- •Заключительная стадия маскирования мРНК: конденсация мРНП,
- •Регуляция трансляции у эукариот:
- •Открытие микроРНК и их регуляторного действия на трансляцию
- •Общие сведения о микроРНК
- •Биогенез микроРНК
- •Общая схема механизмов регуляции трансляции
- •Эволюция механизмов регуляции трансляции
- •Терминация трансляции
- •ТЕРМИНАЦИЯ ТРАНСЛЯЦИИ: ТРИ ЭТАПА
- •БЕЛКОВЫЕ ФАКТОРЫ ТЕРМИНАЦИИ И ИХ «КОДОНЫ»
- •Схема третичной и доменной структуры бактериального фактора терминации первого класса (RF1/RF2)
- •Схема третичной структуры фактора терминации 1-го класса (eRF1)
- •Функциональные участки рибосомы (вид со стороны головок субъединиц)
- •Структура рибосомного комплекса, содержащего UAG-связанный фактор терминации RF1
- •Mutations of the universally conserved nucleotides in the ribosomal peptidyl transferase center
- •Mutations of the universally conserved nucleotides in the ribosomal peptidyl transferase center
- •Elongation
- •Механизм реакции терминации трансляции в рибосоме
- •Схема третичной структуры фактора терминации 2-го класса
- •Связывание тройственного комплекса Aa-tRNA • EF-Tu• GTP с рибосомой: А/Т позиция Аа-тРНК:
- •Схема последовательности событий в процессе терминации трансляции
- •Схема вторичной и третичной структуры «фактора повторного использования рибосом» (RRF, ribosome recycling factor)
- •Расположение «фактора повторного использования рибосом» (RRF)
- •Схема последовательности событий в процессе терминации трансляции
- •Схема последовательности событий в процессе
- •Кодирование селеноцистеина:
- •Кодон UGA / Антикодон UCA
- •Схема процесса кодон-зависимого связывание Sec-тРНК с рибосомой
- •Стабильная шпилька,
- •Схема процесса кодон-зависимого связывание Sec-тРНК с рибосомой
- •Трансляционные паузы
- •НЕРАВНОМЕРНОСТЬ ЭЛОНГАЦИИ – ТРАНСЛЯЦИОННЫЕ ПАУЗЫ
- •РЕДКИЕ («МИНОРНЫЕ») тРНК И РЕДКО ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ («МОДУЛИРУЮЩИЕ») КОДОНЫ
- •РАБОЧИЙ (ЭЛОНГАЦИОННЫЙ) ЦИКЛ РИБОСОМЫ
- •РАБОЧИЙ (ЭЛОНГАЦИОННЫЙ) ЦИКЛ РИБОСОМЫ
- •РАБОЧИЙ (ЭЛОНГАЦИОННЫЙ) ЦИКЛ РИБОСОМЫ
- •Сдвиг рамки считывания при транслокации: трансляция RF2-мРНК в отсутствие RF2
- •Пути растущего пептида
- •ТРИ ПУТИ РАСТУЩЕГО ПОЛИПЕПТИДА:
- •Котрансляционное сворачивание глобина и связывание гема
- •ШАПЕРОНЫ И ШАПЕРОНИНЫ
- •Связывание растущего пептида с шаперонами
- •Место выхода N-конца растущего полипептида из рибосомы
- •Конец лекции

Схема маскирования-демаскирования мРНК (oskar-mRNA, nanos-mRNA) в процессах раннего эмбриогенеза дрозофилы
|
|
|
|
к о д |
и р у ю щ а я |
|
|
|
|
|
|
|
п о с л е д о в а т е л ь н о с т ь |
|
|
||
|
A U G |
|
|
|
|
|
|
|
5 |
' |
б л о к |
а д а |
|
|
|
|
|
eIF4E |
и н и ц и |
а ц |
и и |
|
|
|
|
|
|
б л о к а д а |
|
|
|
|
U |
A A |
|
|
|
|
|
|
|
|
||
|
д е г |
р а д а ц и и |
|
|
|
|
|
|
3 |
' |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Cup (4Е-ВР) |
|
|
|
|
|
|
Bruno, Smaug, etc. |
|
|
||
Bruno responsive element |
|
|
|
BRE |
|
с е г м е н т |
м а с к и р о в а н и я |
|
|
|
|
|
TCE |
|
|
|
|
|
|
|
м а с к и р о в а н и е |
|
д е м а с к и р о в а н и е |
|
||
|
Bruno, Smaug, etc. |
|
|
|
|
|||
|
= первичный м а с к и р у ю |
щ и й б е л о к |
|
|

Схема маскирования мРНК (oskar-mRNA) в клетках-кормилицах яичников дрозофилы
Блокада инициации трансляции:
(1)связывание первичного маскирующего белка Bruno с маскирующим элементом BRE в 3’-НТО,
(2)связывание белка Cup с белком Bruno,
(3)связывание 3’-НТО-связанного Cup с кэп- связанным eIF4E.
Сход рибосом в результате блокады инициации, массированное связывание белка YB-1.
Индукция образования мРНП-частиц 3’-НТО-связанным белком Bruno,
их олигомеризация в крупные (50S-80S) частицы, несущие маскированную мРНК (информосомы).

Заключительная стадия маскирования мРНК: конденсация мРНП,
формирование информосом как запасной формы мРНК в яйцеклетках

Регуляция трансляции у эукариот:
Микро-РНК
Открытие микроРНК и их регуляторного действия на трансляцию
эукариотических мРНК
A. Fire, S. Xu, M.K. Montgomery, S.A. Kostas, S.E. Driver, and C.C. Mello (1998) Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans. Nature 391: 806-811.
S. Xu, M.K. Montgomery, and A. Fire (1998) RNA as a target of double-stranded RNA-mediated genetic interference in Caenorhabditis elegans. Proc. Natl. Acad. Sci.USA 95: 15502-15507.
A.A. Aravin, N.M. Naumova, A.V. Tulin, V.V. Vagin, Y.M. Rozovsky and V.A. Gvozdev (2001) Double- stranded RNA-mediated silencing of genomic tandem repeats and transposable elements in the D. melanogaster germline. Curr. Biol. 11: 1017-1027.
M. Lagos-Quintana, R. Rauhut, W. Lendeckel and T. Tuschl (2001) Identification of a novel genes coding for small expressed RNAs. Science 294: 853-858.
N.C. Lau, L.P. Lim, E.G. Weinstein and D.P. Bartel (2001) An abundant class of tiny RNAs with probable regulatory roles in Caenorhabditis elegans. Science 294: 858-862.
R.C. Lee and V. Ambros (2001). An extensive class of small RNAs in Caenorhabditis elegans. Science 294: 862-864.
G. Ruvkun (2001) Glimpses of a tiny RNA world. Science 294: 797-799. D. Baulcombe (2002) An RNA microcosm. Science 297: 2002-2003.
D.P. Bartel (2004) MicroRNAs: Genomics, biogenesis, mechanism, and function. Cell 116: 281-297.
Общие сведения о микроРНК
(1)МикроРНК – открытый на рубеже тысячелетий вид некодирующих коротких (21-25 нуклеотидных остатков) полирибонуклеотидов, контролирующих трансляцию мРНК в клетках эукариот.
(2)Белок-синтезирующий аппарат в клетках высших эукариот функционирует в море микроРНК, и большая доля клеточных мРНК находится под их контролем. У человека насчитываются сотни различных микроРНК, и экспрессия по крайней мере трети его генов, кодирующих белки, контролируется этими микроРНК.
(3)Под контролем каждого вида микроРНК обычно находится целая группа (семейство) мРНК, так или иначе вместе участвующих в определенных процессах эмбрионального развития, клеточной дифференцировки, органогенеза, и т.п.
(4)Контроль осуществляется через комплементарное (полное или частичное) связывание молекул микроРНК с клеточными мРНК – как правило, с их
3'-нетранслируемыми областями, что индуцирует избирательное выключение
трансляции с последующей деградацией соответствующих мРНК, или с их маскированием.
(5)Накапливающиеся экспериментальные данные все больше наводят на мысль, что основной механизм действия микроРНК и его белкового партнера (Argonaute) должен заключаться в прямом воздействии на транслирующие полирибосомы. Однако, молекулярный механизм (или механизмы) действия микроРНК на полирибосомы остается пока полной загадкой.
Биогенез микроРНК
(1)МикроРНК в клетках образуются из специальных некодирующих транскриптов, формирующих длинные двуспиральные шпильки с многочисленными боковыми петлями. В ядре происходит выщепление укороченной шпильки из более длинного транскрипта.
(2)После транспорта в цитоплазму шпилька связывается со специальной мультидоменной эндонуклеазой под названием «Dicer», которая вырезает двуспиральный участок длиной около 22-24 нуклеотидных пар.
(3)Этот дуплекс расплетается хеликазой, и одна из цепей, представляющая собой зрелую микроРНК, передается от Dicer на белковый комплекс, обозначаемый как «RISC» (RNA-Induced Silencing Complex), а комплементарная цепь освобождается и разрушается.
(4)Основой комплекса RISC является крупный (около 100 кДа) белок, обозначаемый как «Argonaute»; именно с ним оказывается связанной цепь микроРНК.
(5)МикроРНК в комплексе с RISC (белком Argonaute) специфически взаимодействует с полностью или частично комплементарными участками в 3 -НТО молекул мРНК, что приводит к инактивации этих мРНК.


Общая схема механизмов регуляции трансляции

Эволюция механизмов регуляции трансляции
Взаимодействия |
МИР РНК |
смысловых-антисмысловых копий РНК |
Взаимодействия комплементарных транскриптов
разных генов («риборегуляция»)
Белки: Argonaute, RISK complexes, etc.
3’-контроль: регуляция через короткие
комплементарные РНК (miRNA, siRNA, piRNA)
Аптамерные модули |
ПРОКАРИОТЫ |
(«рибопереключатели») |
|
РНК- |
|
Белковые факторы |
|
|
связывающие |
инициации (IFs) |
||
|
белки |
|
|
|
|
|
|
|
|
Белковые репрессоры: |
|
|
||
5’-концевая репрессия |
|
|
||
|
|
|
|
ЭУКАРИОТЫ |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
eIFs: сложные |
|
|
|
|
белковые |
|
|
|
|
комплексы |
|
|
|
|
|
|
3’-Контроль: |
|
Регуляторные модификации |
|
|
маскирование |
|
|
факторов инициации |
|
(информосомы, |
|
|
(фосфорилирование, |
|
SGs, PBs, etc.) |
|
|
взаимодействия с ВРs) |
|
|
|
|
|