«Рибозная застежка» (ribose zipper) между удаленными участками полирибонуклеотидной цепи
|
|
|
|
A |
G |
3 |
|
N 3 |
5 |
|
||||
|
|
|
2 |
O H |
2 O H
O п р и С 2 |
2 O H |
A |
С |
|
|
|
|
|
2 O H |
|
|
3
5
J.H. Cate, A.R. Gooding, E. Podell, K. Zhou, B.L. Golden, C.E. Kundrot, T.R. Cech and J.A.
Doudna (1996) Science 273, 1678-1685.
«А-минорное» взаимодействие:
Аденозин укладывается в мелкий желобок двойной спирали
с образованием четырех водородных связей
P. Nissen, , J.A. Ippolito, N. Ban, P.B. Moore and T.A. Steitz (2001)
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98: 4899-4903.
Тройственные взаимодействия оснований:
пуриновое основание входит в глубокий желобок двойной спирали,
взаимодействуя с пуриновым основанием Уотсон-
|
Криковской пары |
|
С´1 |
С´1 |
|
H |
|
||
(Хугстиновское взаимодействие) |
||||
С´1 |
С8 |
N9 |
|
РИБОЗЫ |
С2
A9 |
N1 |
|
|
|
С6 |
|
N |
N3
С4
С5
N7 |
РИБОЗЫ
С´1
N9 |
С8 |
G46 |
N7 |
С4 |
|
|
С5 |
|
N3 |
|
|
|
С6 |
N1 |
С2 |
|
|
O |
N |
H |
|
|
|
|
||
|
|
|
|
|
|
|
H |
H |
|
|
|
|
|
H
С8
A23 С´1 N9
С´1
РИБОЗЫ
N7 |
С5
С4
N3
H |
|
O |
|
|
|
|
|
|
N |
H |
|
H |
|
|
|
H |
|
|
|
С4 |
С5 |
|
|
|
G22 |
С8 |
С6 |
|
|
|
|
N9 |
|||
N1 |
|
|
|
|
|
U12 |
|
|
H |
N3 |
|
С6 |
H |
|
С´1 |
||
|
|
|
|
|
||||
С2 |
|
С2 |
N1 |
´ |
|
|
|
С´1 |
H |
|
O |
|
|
|
|
РИБОЗЫ |
|
|
|
|
С´1 |
С1 |
|
|
|
|
|
|
|
РИБОЗЫ |
|
|
|
|
|
N7 |
С5
С4
N3
H
O 
H
N H
С6 |
С4 |
С5 |
N1 H N3 |
С6 H C13 |
С2 |
С2 |
N1 |
N H |
O |
С´1 |
С´1 |
H |
|
||
|
|
РИБОЗЫ |
|
Тройственные взаимодействия оснований:
Пуриновое основание входит в глубокий желобок двойной спирали,
взаимодействуя с пуриновым основанием Уотсон- Криковской пары
(Хугстиновское взаимодействие)
ТРЕТИЧНАЯ СТРУКТУРА РНК: дальние взаимодействия,
обеспечивающие компактное сворачивание РНК
(1)Комплементарное спаривание отдаленных участков цепи. Образование черешков и доменов.
(2)Спаривание торцевых петель с дальними однотяжевывми участками («дальние псевдоузлы»).
(3)Коаксиальный стэкинг двойных спиралей. Образование «составных спиралей».
(4)Mg-ионные мостики между фосфатами.
(5)«Рибозные застежки».
(6)Взаимодействия аденозинов с мелким желобком спиралей («А-минорные взаимодействия»).
(7)Внедрения пуриновых нуклеозидов в глубокий желобок спиралей («тройственные взаимодействия оснований», формирование элементов тройных спиралей).
Межсубъединичные контакты на контактирующих сторонах
рибосомных субъединиц Escherichia coli A: 30S B: 50S
S13/S19 |
L5 |
|
|
|
H68 |
|
h23 |
h44 
h14 |
h24/2 H67 |
|
7 |
S15 H34 |
|
h44 |
|
H62 |
L14 |
|
H69
H71
L14/L1
9
Межсубъединичные контакты на контактирующих сторонах
рибосомных субъединиц Escherichia coli A: 30S B: 50S
S13/S19 |
L5 |
|
|
|
H68 |
|
h23 |
h44 
h14 |
h24/2 H67 |
|
|
7 |
|
|
S15 H34 |
|
|
h44 |
|
|
H62 |
L14 |
|
|
H69
H71
L14/L1
9
Рибосомные белки
