Рабочий (элонгационный) цикл бесфакторной трансляции:
transpeptidation 
destabilization of energy landscape
intersubunit
intersubunit unlocking
|
|
|
|
|
|
ТРАНСПЕПТИДАЦИЯ |
|
|
|
|
|
|
|
|||||
|
|
P site |
|
|
A site |
|
|
P site |
|
|
A site |
|
|
|
||||
|
|
tRNA'cc |
|
|
|
|
tRNA''cc |
|
|
tRNA'cc |
|
|
|
tRNA''cc |
|
|
|
|
|
|
O |
|
|
|
|
O |
|
|
|
O |
|
|
|
O |
|
|
|
|
|
CH2 |
O |
|
A |
CH2 |
O |
A transpeptidation |
CH2 |
O |
|
A |
CH2 |
O |
A |
|||
|
|
|
|
|
|
|
+ |
|
|
|
|
|
|
|
+ |
|
|
|
|
|
|
O |
|
OH |
|
|
O |
|
OH |
OH |
OH |
|
|
O |
|
OH |
|
|
|
O |
C |
|
|
|
|
C |
O |
|
|
|
|
|
|
C |
O |
|
|
|
R' |
CH |
|
|
R'' |
CH |
a |
|
|
|
|
R'' |
CH |
|
|||
|
|
|
NH |
p |
|
|
NH2 |
|
|
p |
|
|
NH |
a |
||||
|
|
|
C |
O |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
C |
O |
|||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||
|
|
R |
CH |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
R' |
CH |
|
||
|
|
|
NH |
n |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
NH |
|
||
|
|
|
C |
O |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
C |
O |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||
CH3 |
S |
(CH2)2 |
CH |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
R |
CH |
|
||
|
|
|
NH |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
NH |
n |
||
|
|
H |
C |
O |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
C |
O |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
CH3 |
S |
(CH2)2 |
CH |
|
|||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
NH |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
H |
C |
O |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||
ТРАНСПЕПТИДАЦИЯ
АТАКА
A site tRNA
C |
'i + 1 |
|
C |
|
|
|
|
|
|
i + 1 |
|
N |
i |
• • |
N |
i + |
1 |
|
|
|
|||
C |
i |
C 'i |
|
|
P site tRNA
ТРАНСПЕПТИДАЦИЯ
АТАКА |
ТЕТРАЭДРИЧЕСКИЙ |
|
ИНТЕРМЕДИАТ |
||
|
A site tRNA
C |
'i + 1 |
|
C |
|
|
|
|
|
|
i + 1 |
|
N |
i |
• • |
N |
i + |
1 |
|
|
|
|||
C |
i |
C 'i |
|
|
P site tRNA
ТРАНСПЕПТИДАЦИЯ
АТАКА |
|
|
|
ТЕТРАЭДРИЧЕСКИЙ |
РАСПАД |
|
|
|
ИНТЕРМЕДИАТ |
ИНТЕРМЕДИАТА |
|
|
|
|
|
||
A site |
A site |
||||
tRNA |
tRNA |
||||
C 'i + 1 |
|
C |
|
|
|
|
|
|
i + 1 |
|
|
N i |
• • |
N |
i + |
1 |
|
C i |
|
|
|||
|
C 'i |
|
|
||
|
|
|
|
||
P site |
P site |
|
tRNA |
||
tRNA |
||
|
Транспептидация –
переход в неустойчивое «A/a, P/p» состояние
Транспептидация и миграция между двумя неустойчивыми состояниями
устойчивое |
неустойчивое |
неустойчивое |
состояние |
состояние |
«гибридное» |
|
|
состояние |
Транслокация в терминах механизма «храповика с собачкой»
A P E A P E A P E
ap e |
Spontaneous |
ap e |
Translocation, |
ap e |
|
||||
|
|
|||
|
tRNA CCA-ends |
|
intersubunit locking |
|
|
migration |
|
|
|
A/a, P/p state |
|
A/p, P/e state |
|
P/p, E/e state |
Рабочий (элонгационный) цикл бесфакторной трансляции: translocation of tRNAs 
shift of mRNA
Locking
Destabilization! Unocking
Locking!
Destabilization!
Транслокация с перемещением мРНК через размыкание субъединиц и поворот (~ 10 ) малой субъединицы относительно большой
mRNA is shifting by anticodons that are moving together with the rotating 30S subunit
During the reversal rotation of the 30S subunit A to P and P to E transitions of the anticodons occur, this resulting in P/p, E/e stabilization
Destabilized!
unlockin g
Unstable!
locking