3.5 Краткая характеристика основных структур и свойств классифицированных семейств рнк-вирусов

Структура РНК. У РНК-содержащих вирусов, не считая се­мейств рео- и бирнавирусов, геномные РНК одноцепочечные структуры. При этом вирусные РНК, как и рибосомальные, ин­формационные и транспортные, в разных клетках являются ли­нейными цельными (несегментированными) структурами. Ис­ключение составляют фрагментированные на 8 сегментов РНК у ортомиксовирусов и на 2 сегмента у ареновирусов. У пикорна-, калици-, тога-, арено-, флави- и ретравирусов цельно-линейная геномная РНК наделена функцией иРНК. У всех остальных се­мейств линейные РНК независимо от того, сегментированы они или нет, такой функцией не обладают; выполняют ее компле­ментарные им иРНК, транскрипция которых осуществляется в клетке на геномных с помощью вирусоспецифических транскриптаз. Особую структуру РНК имеют бунья- и реовирусы. У первых она кольцевая и фрагментированная на 3 сегмента, у вторых- двухцепочечная, сегментированная на 10-12 участков.

Наличие внешней оболочки, форма и размеры вирионов.

9 семейств РНК-содержащих вирусов имеют внешнюю оболоч­ку, у трех- пикорна-, калици- и реовирусов - она отсутствует. Из 9 сложных вирионов у 8 - форма округлая с поверхностными шипами вокруг вирионов (у коронавирусов - с булавовидными выступами), у одного (рабдовирусы) - пулевидная или бациллярная. Три простые вириона, у которых внешней оболочки нет, - икосаэдры.

Размеры самых больших вирионов парамиксо- и рабдовируcoв варьируют в пределах 150-300 нм, 130-38050-90 нм со­ответственно, самых маленьких - тога- и флави-, калици- и осо­бенно пикорнавирусов - 40-60; 35-39; 22-30 нм. Диаметры ви­русных частиц у рео-, ортомиксо-, ретро- и буньявирусов колеб­лются - 60-80; 80-90 и 100-120 нм. Более вариабельны размерыкорона - (75-160 нм) и ареновирусов (50-300 нм).

Репликация, сборка и освобождение вирионов из клеток. Репликация РНК-вирусов происходит в цитоплазме клеток. Ядерный цикл репликации характерен лишь для ортомиксовирусов, но и он заканчивается в цитоплазме. В ней же идет сборка вирионов с последующим отпочковыванием от плазматической мембраны, реже от внутрицитоплазматических мембран (короновирусы и вирус бешенства) и от мембран аппарата Гольджи (буньявирусы). Не почкуются пикорна- и калицивирусы. Поч­кующиеся РНК-вирусы клеток не разрушают, непочкующиеся, (постепенно накапливаясь, лизируют их.

3.6 Порядки

Порядки принципиально новые таксоны высшего в царст­ве Vira иерархического ранга, установленные в последнее время

МКТВ и объединяющие близкие семейства вирусов Их предста­вители обладают гомологичными полимеразными белками, об­щими последовательностями в генах нуклеокапсидных белков, одинаковым расположением генов, аналогичными генными продуктами. Выделены два порядка:

• Mononegavirales, включающее семейства Piloviridae, Paramyxoviridae, Rhabdoviridae, Bomaviridae;

• Nidovirales, включающее семейства Arteriviridae и Coronauiridae.

МКТВ разработаны правила номенклатуры, описания и на­именования вирусов. Эти правила включают следующие поло­жения:

• система бактериальной номенклатуры не применима к вирусам;

• номенклатура должна быть международной; номенклатура должна быть универсально применимой ко всем вирусам;

• существующие названия должны быть сохранены всякий раз, где это возможно;

• закон приоритета не должен соблюдаться; сокращения могут быть приняты в качестве групповых названий вирусов, если они имеют смысл для работаю­щих в этой области и рекомендованы международной группой изучения;

• персональные имена не используются;

• имена должны иметь интернациональное значение;

• правила орфографии имен существительных и прилага­тельных должны соответствовать установленным в спе­циальном протоколе совещания МКТВ;

• вид вирусам - это понятие, которое обычно представлено группой штаммов из различных источников, или популяций штаммов из одного источника, которые в целом об­ладают набором коррелирующих стабильных свойсти, от­деляющих группу от других групп штаммов;

• название вируса вместе с обозначением штамма должно однозначно идентифицировать его без необходимости включать родовое или групповое имя;

• название вируса должно нести смысловую нагрузку и со­стоять из любого числа слов;

• можно использовать числа, буквы и их комбинации в ка­честве официальных обозначений там, где эти буквы и цифры уже широко используются для отдельного вируса;

• вновь «сконструированные» серийные номера, буквы, комбинации не принимаются сами по себе для обозначе­ния вида;

• искусственно полученные лабораторные гибриды различ­ных вирусов таксономией не рассматриваются;

• одобрение МКТВ вновь предложенных названий видов происходит в две стадии. Сначала дается предваритель­ное одобрение. Предварительно одобренные предложения публикуются в отчете МКТВ. Затем, после трехлетнего периода, предложение может быть окончательно одобре­но МКТВ;

• род - это группа видов с определенными близкими ха­рактеристиками;

• название рода должно быть единственным смысловым словом, оканчивающимся на «...virus»;

• семейство - это группа родов с общими характеристика­ми с окончанием названия на «...viridae»;

• одобрение нового семейства должно быть связано с одоб­рением типового рода, одобрение нового рода должно быть связано с одобрением типового вида.

Описание и наименование видов также осуществляется в со­ответствии с определенными требованиями МКТВ.

• Критерии описания видов могут изменяться в различных семействах вирусов.

• Везде, где можно, следует избегать повторения уже одоб­ренных названий.

• Если необходимо заменить типовой вид, в МКТВ подает­ся таксономическая заявка.

• В будущей номенклатуре следует избегать подстрочных, надстрочных обозначений, дефисов, косых полос, грече­ских букв.

• При утверждении новых названий вируса должны учи­тываться национальные особенности языков. Если на­звание универсально используется вирусологами (публи­кующимися в журналах), название и его производные не­обходимо использовать безотносительно к национальному источнику. Если различные названия используются виру­сологами различных национальностей, необходимо оце­нить относительное международное использование, кото­рое будет принято большинством и которое не будет ос­корбительным в каком-либо языке.

МКТВ не касается классификации и наименования штам­мов, вариантов и серотипов. За это отвечают референсные центры, лаборатории, специалисты.

В настоящее время известно более 4000 вирусов, отнесен­ных к 164 родам и объединенных в 71 семейство.