Работа с системой очередей
Для удобного совместного использования вычислительного кластера на него установлено система очередей Slurm https://slurm.schedmd.com, которая обладает широкими возможностями. Ниже приведены основные необходимые команды.
Посмотреть состояние очереди задач можно с помощь команды squeue, которая выдает таблицу с информацией о текущей загруженности кластера.
JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON) 422 all sleep kutsov_m PD 0:00 1 (Priority) 423 all sleep kutsov_m PD 0:00 1 (Priority) 416 all sleep kutsov_m R 0:14 1 node7 417 all sleep kutsov_m R 0:14 1 node8
JOBID - уникальный номер задачи.
NAME - имя задачи.
USER - пользователь, который запустил задачу.
ST - состояние задачи. Возможные варианты:
PD- Pending - задача находится в очереди и ждет освобождения ресурсов
R - Running - задача запущена
TIME - время, которое программа уже затратила.
Удалить одну задачу из очереди:
scancel <номенр задачи> например, scancel 964
Удалить все свои задачи:
scancel -u <ваш логин> например, scancel –u ivanov_ii
Более подробную информацию можно получить:
http://www.ceci-hpc.be/slurm_tutorial.html
https://slurm.schedmd.com/quickstart.html
Использование Gaussian 09
Для вычислений с помощью программы Gaussian необходимо создать файл с заданием аналогичным образом, как и для Windows версии программы. В этом файле необходимо указать ресурсы (количество памяти и количество процессоров), которые должен использовать Gaussian . Это делается с помощью строк:
%mem=60Gb
%nprocshared=12
Пример начала файла с заданием:
%mem=60Gb
%nprocshared=12
#P opt freq ub3lyp/gen geom=connectivity Integral=(Grid=UltraFine)
Title Card Required
0 3
C -2.60522861 0.15953245 2.15274262
C -2.76197768 -1.19521605 1.63182111
C -3.21735024 -1.39227334 0.33279885
C -3.53867716 -0.24440605 -0.51006765
C -3.38937188 1.04600737 -0.01388396 ..................
На нашем кластере реализована упрощенная схема запуска программы гауссиан. Для этого нужно просто скопировать файл задания в домашнюю директорию на кластере и в командной строке набрать команду:
gaussian <имя_файла_задания_с_расширением>
Пример: gaussian water.gif
Задача будет поставлена в очередь с максимальным временем для расчета - 4 суток.
Важно! Не используйте пробелы в именах файлов и папок. Символы '+', '-', '=', '.' , ',' использовать можно.
Использование Python
На кластере установлен python 2.7 без дополнительных пакетов. Однако пользователь может самостоятельно установить необходимые ему пакеты, с помощью команды pip install --user <имя пакета>
например
pip install --user numpy
Пакеты будут установлены в домашнюю директорию пользователя
<home>/.local/lib/python2.7/site-packages
и будут доступны только ему.