- •1.Предмет биохимии. Биохимия в системе естественных наук. Роль биохимии в развитии медицины.
- •2.Аминокислоты. Структура. Явление стереоизомерии. Классификации аминокислот.
- •Ионные формы аминокислот
- •Классификация По радикалу
- •По функциональным группам
- •По классам аминоацил-тРнк-синтетаз
- •По путям биосинтеза
- •По способности организма синтезировать из предшественников
- •По характеру катаболизма у животных
- •3.Аминокислоты. Свойства аминокислот, их поведение в растворе. Методы определения аминокислот.
- •4.Биосинтез аминокислот. Заменимые и незаменимые аминокислоты.
- •5.Непротеиногенные аминокислоты. Производные аминокислот.
- •Соли аминокислот
- •Эфиры аминокислот
- •Азометины
- •6.Катаболизм аминокислот.
- •1. Механизм реакции
- •2. Органоспецифичные аминотрансферазы ант и act
- •3. Биологическое значение трансаминирования
- •4. Диагностическое значение определения аминотрансфераз в клинической практике
- •1. Окислительное дезаминирование
- •2. Непрямое дезаминирование (трансдезаминирование)
- •3. Неокислительное дезамитровате
- •7.Структура и биологические функции пептидов и белков. Классификации белков.
- •8.Первичная структура белков.
- •9.Вторичная структура белков. Структурирующие факторы (силы). Явления денатурации и ренатурации белков.
- •10.Третичная и четвертичная структура белков. Структурирующие факторы (силы). Глобулярные и фибриллярные белки.
- •11.Расщепление белков в желудочно-кишечном тракте. Протеазы. Проферменты, их биологическая роль.
- •12.Катаболизм белков. Убиквитин-зависимая и убиквитин-независимая деградация белков. Цикл мочевины. Мочевая кислота.
- •13.Ферменты. Принципы классификации и номенклатуры. Структура и биологическая роль.
- •14.Активные центры ферментов. Основные представления о механизме ферментативных реакций. Обратимость ферментативных реакций.
- •15. Регуляция активности ферментов. Аллостерические ферменты. Активаторы и ингибиторы ферментов. Принцип обратной связи. Регуляция активности ферментов
- •16.Кинетика ферментативных реакций. Зависимость Михаэлиса-Ментен. График обратных величин Лайнуивера-Берка и его практическое применение.
- •20.Структура моносахаридов. Альдозы и кетозы. Стереоизомеры. Эпимеры. Номенклатура. Моносахариды или простые сахара
- •Стереоизомерия моносахаридов
- •21.Циклические формы моносахаридов. Пиранозы и фуранозы. Стереоизомеры циклических форм моносахаридов. Конформация циклических форм. Пиранозные и фуранозные кольцевые структуры моносахаридов
- •Аномерия
- •22.Структура и свойства олигосахаридов. Их биологическая роль. Олигосахариды
- •23.Структура и свойства полисахаридов. Их биологическая роль. Полисахариды
- •Гомополисахариды
- •24.Гликопротеины, гликозаминогликаны, протеогликаны. Структура и биологическая роль. Гликопротеины и протеогликаны
- •Гликопротеины
- •Общий обзор
- •Локализация
- •Результат
- •29.Окисление пировиноградной кислоты. Функционирование пируватдегидрогеназного комплекса. Роль коферментов. Регуляция процесса.
- •31. Цикл лимонной кислоты. Биологическая роль. Ферментное обеспечение. Энергетический выход. Образование nadh, fadh2 и gtp в цикле лимонной кислоты. Регуляция цикла
- •Глиоксилатный путь катаболизма углеводов. Ферментное обеспечение. Биологическая роль.
- •Окисление внемитохондриального nadh. Челночные системы митохондрий.
- •Пентозомонофосфатный путь катаболизма углеводов. Ферментное обеспечение. Биологическая роль.
- •Глюконеогенез. Биосинтез гликогена из пировиноградной кислоты. Ключевые стадии. Ферментное обеспечение. Регуляция глюконеогенеза.
- •Биосинтез гликогена. Ферментное обеспечение процесса. Реципрокная регуляция гликоген-синтазы и гликоген-фосфорилазы.
- •Регуляция расщепления и синтеза гликогена также взаимосвязана
- •Общие свойства, классификация и номенклатура липидов. Жирные кислоты. Строение и свойства нейтральных жиров. Воска.
- •Строение и свойства фосфоглицеридов.
- •Сфинголипиды. Строение и биологическая роль.
- •41) Строение и св-ва стероидов. Холестерол и его эфиры. Соединения липидов с друг. Биомолекулами. Липопротеины.
- •42) Образование мицелл, монослоёв, бислоёв и липосом фосфолипидами. Их роль. Структура, св-ва и функционирование биологических мембран.
- •47) Биосинтез насыщенных жк. Стр-ра синтазной с-мы для жк. Биосинтез пальмитиновой к-ты.
- •48) Биосинтез ненасыщенных жк. Незаменимые жк. Регуляция биосинтеза жк.
- •49) Биосинтез моно-, ди-, триацилглицеролов.
- •50) Метаболизм глицерофосфолипидов.
- •53. Строение нуклеиновых кислот. Пуриновые и пиримидиновые основания. Углеводные компоненты нуклеиновых кислот.
- •54. Нуклеотиды и их биологическая роль. Структура и функции атф.
- •55. Биосинтез пуриновых нуклеотидов
- •Образование дифосфатов и трифосфатов пуриновых нуклеозидов
- •Синтез пуриновых дезоксирибонуклеотидов
- •56. Пути регенерации и деградации пуринов. Пути регенерации пуриновых нуклеотидов
- •57. Биосинтез пиримидиновых нуклеотидов. Регуляция
- •Далее следуют реакции образования нуклеозидди- и трифосфатов, дезоксирибо-нуклеотидов, а также других типов нуклеотидов – цитидиновых и тимидиновых.
- •Регуляция биосинтеза пиримидинов
- •58. Пути регенерации и деградации пиримидиновых нуклеотидов. Регенерация пиримидиновых нуклеотидов
- •Деградация пиримидиновых нуклеотидов
- •59. Классификация нуклеиновых кислот. Первичная и вторичная структура днк. Значение двуспирального строения днк. Принцип комплиментарности.
- •61.Экспрессия генов
- •62. Оперон
- •63. Регуляция экспрессии генома у эукариот осуществляется на нескольких уровнях:
- •66. Новосинтезированным белкам надо "созреть"
- •70. Жирорастворимые витамины, их биологическая роль.
- •71. Водорастворимые витамины, их биологическая роль.
- •72.Биологическая роль микроэлементов: железа, меди, цинка, кобальта, марганца, йода. Биологическая роль макроэлементов: натрия, калия, кальция, магния, фосфора, серы, хлора.
- •Биогенные элементы
- •67. Фотосинтетический аппарат. Хлорофиллы, каратиноиды и другие пигменты. Световая стадия фотосинтеза. Фотофосфорилирование.
- •68. Темновая стадия фотосинтеза. Цикл Кальвина. Общее уравнение фотосинтеза. Затраты атр и nadph.
- •69.Механизм реализации фотосинтетического пути Хэтча-Слэка (с4). Его биологическая роль. Фотодыхание.
- •73.Биохимические основы адаптации.
- •74.Биотрансформация вредных (токсических) веществ в экосистемах.
- •75.Пути метаболизма ксенобиотиков в организме
- •76. Функционирование микросомальной системы окисления
- •1. Основные ферменты микросомальных
- •2. Функционирование цитохрома р450
- •3. Свойства системы микросомального
- •Широкая субстратная специфичность. Изоформы р450
- •77.Реакции конъюгации в печени.
- •78.Биохимические основы защиты клеток от повреждающих воздействий
- •79. Антиоксидантная система.
31. Цикл лимонной кислоты. Биологическая роль. Ферментное обеспечение. Энергетический выход. Образование nadh, fadh2 и gtp в цикле лимонной кислоты. Регуляция цикла
На начальной стадии цикла лимонной кислоты ацетил-КоА взаимодействует с щавелево-уксусной кислотой, образуя лимонную кислоту. Коэнзим А отделяется от ацетил-КоА и может использоваться вновь для образования новых молекул ацетил-КоА из пировиноградной кислоты.
Ацетильная часть может использоваться, становясь составной частью молекулы лимонной кислоты. На протяжении последующих стадий цикла лимонной кислоты в реакцию вступают молекулы воды, как показано в левой части рисунка. В итоге образуются углекислый газ и атомы водорода.
Суммарный итог реакций цикла лимонной кислоты. В итоге метаболических процессов из каждой исходной молекулы глюкозы получаются 2 молекулы ацетил-КоА, вступающие в реакции цикла лимонной кислоты наряду с 6 молекулами воды. В результате образуются 4 молекулы углекислого газа, 16 атомов водорода и 2 молекулы коэнзима А. Кроме того, образуются 2 молекулы АТФ.
В цикле лимонной кислоты только одна химическая реакция (во время преобразования а-кетоглутаровой кислоты в сукциниловую кислоту) сопровождается образованием молекулы АТФ. Таким образом, образующиеся из каждой молекулы глюкозы 2 молекулы ацетил-КоА проходят через цикл Кребса, суммарно при этом образуются 2 молекулы АТФ. Влияние дегидрогеназ и никотинамидадениндинуклеотида на выделение атомов водорода в цикле лимонной кислоты.
Итак, в цикле лимонной кислоты в итоге различных химических реакций выделяются атомы водорода: 4 — во время гликолиза, 4 — при образованием ацетил-КоА из пировиноградной кислоты и 16 — в цикле лимонной кислоты. В итоге общее количество образующихся из каждой молекулы глюкозы атомов водорода равняется 24. Они высвобождаются попарно в момент образования, их высвобождение катализируется специфическими ферментами, называемыми дегидрогеназами.
Выделяющиеся при этом атомы водорода не теряются во внутриклеточном пространстве: 20 из 24 атомов водорода сразу связываются с никотинамидадениндинуклеотидом (НАД+) — производным витамина ниацина.
Эта реакция невозможна без участия специфических дегидрогеназ, равно как при отсутствии НАД+, действующих в качестве переносчиков атомов водорода. Как свободные атомы водорода, так и связанные с НАД+ последовательно вступают в реакции окисления, что сопровождается образованием огромного количества АТФ.
Главная функция цикла лимонной кислоты - окисление ацетогруппы, включающейся в этот цикл в форме молекул ацетил-СоА. Процесс этот носит циклический характер, поскольку ацетогруппа окисляется не сразу, а лишь после того, как она ковалентно присоединится к более крупной молекуле - оксалоаиетату, которая регенерируется после каждого оборота цикла. Как показано на рис. 2-23, цикл начинается с реакции ацетил-СоА с оксалоацетатом, приводящей к образованию молекулы трикарбоновой кислоты, называемой лимонной кислотой (или цитратом). Затем следует серия реакций, в которых два из шести атомов углерода цитрата окисляются до СО2, образуя молекулу оксалоацетата - исходного продукта для нового цикла. (Поскольку два новых атома углерода, присоединяемых в каждом цикле, входят не в ту часть молекулы цитрата, которая окисляется в данном цикле до СО2, должно пройти несколько циклов, прежде чем подойдет их очередь окислиться.) Молекулы СО2, образующиеся в подобных реакциях, затем диффундируют из митохондрий (или из бактерий) и покидают клетку. Энергия, высвобождающаяся при окислении связей С—Н и С—С цитрата, потребляется несколькими различными способами в цикле лимонной кислоты. В одной из реакций цикла (сукцинил-СоА > сукцинат) высокоэнергетическая фосфатная связь образуется под действием механизма, сходного с тем, который мы уже рассмотрели в случае гликолиза. (Хотя в реакции цикла образуется не АТР, a GTP, все нуклеозидтрифосфаты равноценны в энергетическом отношении благодаря реакциям обмена типа ADP + GTR АТР + GDP.) Оставшаяся часть энергии, полученной при окислении, расходуется на перевод молекул-переносчиков водорода (или гидрид-ионов) в восстановленную форму; в каждом обороте цикла три молекулы NAD+ превращаются в NADH, а одна молекула флавинадениндинуклеотида (FAD) - в FADH2. Энергия, переносимая на таких молекулах- переносчиках активированными атомами водорода, используется в реакциях окислительного фосфорилирования; для осуществления последних (они будут подробно рассмотрены ниже) необходим молекулярный кислород атмосферы. Дополнительные атомы кислорода, необходимые для образования СО2 из включающейся в цикл лимонной кислоты ацетильной группы, поставляются не молекулярным кислородом, а молекулой воды. В каждом цикле расщепляются три молекулы воды, атомы кислорода которых используются для образования СО2. Некоторые из атомов водорода молекул воды связываются с молекулами субстрата, переходя в более высокое энергетическое состояние, и затем переносятся (вместе с атомами водорода ацетогруппы) к таким молекулам-переносчикам, как NADH. В эукариотических клетках митохондрия - это центр, к которому ведут все катаболические пути независимо от того, что служит для них первоначальным субстратом-сахара, жиры или белки. Объясняется это тем, что не только пируват, но и жирные кислоты, равно как и некоторые аминокислоты, тоже поступают из цитозоля в митохондрии, где они превращаются в ацетил-СоА или в один из промежуточных продуктов цикла лимонной кислоты. Митохондрия служит также отправной точкой биосинтетических реакций, поскольку в ней образуются такие жизненно важные углеродсодержащие промежуточные продукты, как оксалоацетат и 2-оксоглутарат. Эти соединения переносятся из митохондрии обратно в цитозоль, где они используются в качестве предшественников таких важнейших молекул клетки, как, например, аминокислоты.
а) 1 молекула NADH образуется в реакции изоцитрат-кетоглутарат;
б) 1 молекула NADH образуется в реакции -кетоглутарат сукцинил-СоА;
в) 1 молекула NADH образуется в реакции L-малат оксалоацетат;
г) 1 молекула FADH2 образуется в реакции сукцинат фумарат;
д) 1 молекула GTP образуется в реакции сукцинил-СоА сукцинат, затем она отдает свою фосфатную группу на образование молекулы АТР.
