4. Экспедиция в Горную Шорию
С 1890 г. начинаются более длительные поездки с охватом обширной территории. В этом году Порфирий Никитич проехал долиной Томи; затем из Томска же пересек водораздел Томь-Обь до г. Колывани, углубившись далее в Барабинскую степь. Вернувшись обратно, П. Н. Крылов снова выехал в Кузнецкую степь и в предгорья Кузнецкого Алатау, где открыл и описал реликтовый липовый остров, сохранившийся там с третичного времени.
В 1892 г. на средства Петербургского ботанического сада и русского Географического общества учёный ботаник совершил большое путешествие в Урянхайскую Землю (ныне Тувинская автономная область). В этой, тогда ещё почти неизведанной стране, Порфирий Никитич собрал обширный научный материал, производил географические исследования, вёл маршрутную и барометрическую нивеллировку.
На Алтай, так давно привлекавший его своим величием, своей оригинальной красочной флорой, П. Н. Крылов совершил 5 путешествий (1891, 1901, 1903, 1911, 1915 гг.). Он прошёл его от западных предгорий - от Колыванского озера и завода до Телецкого озера и Чуйской степи.
В 1891 г. в г. Томске вышла его книга «Липа на предгорьях Кузнецкого Алатау», в которой был дан подробный анализ происхождения кузнецких липняков.
Десятки тысяч километров прошёл неутомимый исследователь Сибири от Урала и до Дальнего Востока, познавая растительный мир. Маршруты его путешествий охватили высочайшие горные хребты Урала, Алтая и Саян, необъятные сибирские степи от предгорий Урала до Даурии, широкие долины могучих сибирских рек Оби и Иртыша, тайгу и болота томского севера, пустынные степи, пески и горы Казахстана. П. Н. Крылов принадлежит к выдающимся учёным нашей страны. Без преувеличения можно сказать, что его исследовательская деятельность по изучению флоры и растительности Сибири составила, целую эпоху.
Во время многочисленных путешествий он исследует, познаёт, наблюдает растительный мир непосредственно в самой природе и в результате создаёт ряд классических произведений. Избрав для детального изучения флоры и растительности обширную территорию бывшей Томской губернии и Алтая, простирающуюся более чем на 1200 км в длину и на 900 км в ширину, П. Н. Крылов уже в 1898 г. публикует «Очерк растительности Томской губернии».
В этом очерке он даёт чёткую картину размещения растительности в пределах изученной обширной площади, описывая ботанико-географические области: лесную, степную, альпийскую и пустынно-степную.
В своём замечательном труде «Липа на предгорьях Кузнецкого Алатау» Порфирий Никитич установил, что сохранившийся на Кузнецком Алатау липовый лес является реликтом, оставшимся со времени третичного периода. Он обнаружил, что липа растёт в сопровождении целого комплекса травянистых растений, свойственных широколиственным лесам Европы и отсутствующих в Сибири. В числе непременных спутников липы он называет такие виды, как копытень, ясменник душистый, воронец черноплодный, чистец лесной, мужской папоротник и другие, всего их 17.
Привлекая данные по ископаемой флоре, Порфирий Никитич сделал вывод о широком распространении в Сибири широколиственных лесов в плиоценовую эпоху третичного периода.