Гетьман Докладніше: Чорна рада 1663
Іван Брюховецький на українській марці. Ліворуч — Чорна рада 1663 року
Іван Брюховецький, будучи вмілим оратором, висунувши соціальні лозунги (зменшити податки, обмежити старшинське землеволодіння), став кандидатом на гетьманство. У червні 1663 р. у Ніжині на Чорній раді, участь у якій брали не тільки козаки, але й усі інші стани держави, під тиском московського війська на чолі з Д. Великоганіним Івана Брюховецького було обрано гетьманом Лівобережної України. За іншим викладом — Григорія Грабянки, Золотаренко пересварився з Сомком, оббріхуючи останнього доносами царю, внаслідок чого вони обоє втратили його довіру. Вирішальними ж на Чорній раді стали активні діїзапорожців, котрі, забивши чимало сомківців і пограбувавши старшин та московських посланців, відібрали регалії у Сомка, настановивши гетьманом Брюховецького. Інших претендентів на гетьманську булаву (Яким Сомко, Василь Золотаренко) та їхніх прихильників — полковників Іоаникія Силича, Стефана Шамрицького, Опанаса Щуровського — було заарештовано на місці й невдовзі страчено у Борзні. До Сибіру потрапили генеральний писар Михайло Вуяхевич, полковники Семен Третяк, Матяш Папкевич, Дмитро Чернявський та інша старшина.
Після обрання Брюховецький створив чотири нові полки: Стародубський, Сосницький, Зіньківський та Глухівський. Столицею лівобережного гетьманату стало місто Гадяч.
Три роки Іван Брюховецький провів у війнах з поляками та правобережним гетьманом Павлом Тетерею, проводячи відверто промосковську політику. У 1663–1664 рр. козаки відбили останню спробу поляків захопити Лівобережжя. Король Ян II Казимир із великими силами оточив Глухів, але зазнав поразки від козаків і московських військ. Спроби Брюховецького скорити собі Правобережжя зазнали невдачі, хоча він на якийсь час захопив Канів, Черкаси й Білу Церкву. Іван Брюховецький спустошував й інші міста, але взяти Чигирин йому не вдалося, і під натиском козаків Тетері та поляків він відступив за Дніпро.
Московські статті Докладніше: Московські статті 1665
Тим часом Іван Брюховецький не виправдав сподівань українського народу в проведенні внутрішньої політики, розв'язанні соціальних питань. Відразу після обрання гетьманом, Брюховецький уклав з Московською державоюБатуринські статті 1663 р., які надавали Москві більше влади, ніж це було встановлено Переяславськими статтями.
Нова старшина в жадобі збагачення й утисках народу перевершувала своїх попередників. Отже, у боротьбі за булаву Іван Брюховецький тільки прикривався народними інтересами й прагненнями. Ставши гетьманом, він одразу ж забув про все. Тепер свою булаву він намагався втримати за допомогою страху та жорстокості. Найменший протест закінчувався конфіскацією майна, ув'язненням або й масовою стратою. Він жорстоко покарав міста, які мусили здатися королеві Яну Казимиру. У зв'язку з цим популярність гетьмана швидко падала й він бачив свій кінець з боку собі подібної старшини. Щоб захиститися від народного гніву, Брюховецький задумав зміцнити свою владу за допомогою царя. У вересні 1665 р. разом із багатьма іншими полковниками він прибув до Москви (вперше для українських гетьманів), де їх шанобливо зустріли.
У грудні 1665 р. Іван Брюховецький підписав Московські статті 1665, які значно обмеживши державні права Гетьманщини, посилили її адміністративну і фінансову залежність від Московського царства.
Там же гетьман одружився з дочкою московського боярина, сам одержав боярське звання, як і полковники, що його супроводжували. Тепер він підписувався так: «Вашего царского пресвитлого величества благодетеля мого милостивого боярин й гетман верного войска вашего царского вирньїй холоп й найнижший подножок пресвитлого престола, пресвитлого величества запорозкого Ивашка Брюховецкий». У володіння Брюховецькому було переданоШептаківську волость на Чернігівщині.
На початку 1666 р. Брюховецький повернувся в Україну, де за допомогою генерального підскарбія Романа Ракушки-Романовського реформував фінансові справи держави.
Дуже скоро промосковська політика Івана Брюховецького принесла важкі наслідки для України. Майже у всіх великих українських містах розмістилися московські гарнізони, значно розширилися права царських воєвод, які зосередили в своїх руках ряд військових і фінансових функцій (наприклад збирання податків в царську казну, заготівля хліба для утримання московських військ, грошові збори з українських купців тощо).
У 1666 р. було проведено майновий перепис населення Лівобережної України для визначення розмірів оподаткування. Все це викликало величезне незадоволення українського населення московською адміністрацією і особливо гетьманом, який призвів до її появи в Україні. Навіть та частина православного духовенства, яка підтримувала раніше промосковську орієнтацію гетьманів, відкрито запротестувала проти зростання московського впливу. Становище Брюховецького та його прибічників ставало небезпечним