1. Ковалентті дисульфидтік байланыс – s – s – .

Бұл байланыс белок молекуласындағы әр түрлі екі полипептидті жалғастырады, немесе бір полипептидтің екі бөлігін жалғастырып, цистин қалдығын түзеді.

2. Сутектік байланыс. Егер теріс электр зарядты екі атомның біреуі сутегінің атомымен байланысқан болса, сол екі атомның арасында сутектік байланыс қалыптасады. Мысалы, сутегінің атомы оттегінің немесе азоттың атомымен байланысқан болса, онда оттегі (азот) атомының теріс электр зарядының күштілігі салдарынан байланыс электрондары оттегі атомына немесе азот атомына ығысады. Осыған байланысты сутегі атомында біршама оң заряд (δ⁺), электр терістілігі басым атомда біршама теріс заряд (δ^-) пайда болады. Оң зарядталған сутегі атомы теріс зарядталған басқа атомға тартылады. Осылайша химиялық емес байланыс – сутектік байланыс – қалыптасады. Бұл байланыс коваленттік байланыспен салыстырғанда әлсіздеу, бірақ ол белгілі белок құрылымын қалыптастыруда үлкен қызмет атқарады.

Екі пептид тобының арасында сутектік байланыстың пайда болуы.

3. Өзара гидрофобтық әрекеттесу. Мұндай өзара әрекеттесу амин қышқылдарындағы полярсыз бүйірлік топтарының өзара тартылысынан болады. Ондай топтар полипептидтік тізбектер арасындағы суды ығыстырып шығару нәтижесінде қалыптасады. Мұндай учаскелерге су ерітінділері ене алмайды. Осы жағдайға қатысты аса маңызды лейцин, изолейцин, валин, фенилаланин, триптофан сияқты амин қышқылдары жатады. Фенилаланиннің екі қалдығының және валин қалдығының өзара гидрофобты әрекеттесуі.

4. Иондық немесе тұз тәріздес байланыстар. Мұндай байланыстар әр түрлі зарядталған екі ион өте жақындасқан кезде (0,3 нм) пайда болады. Бұл – аспарагин, глутамин қышқылдары мен аргинин, гистидиннің қышқылдық және негізгі топтардың арасындағы өзара электростатикалық әрекеттесу күші.

Белок молекуласында n-және c-соңғы амин қышқылдарын анықтау.

Белок молекуласындағы N-және C-соңғы амин қышқылдарын білудің маңызы зор. N-және C-соңғы амин қышқылдары мольінің саны бойынша оның молекуласындағы полипептидтердің санын анықтауға болады. N-соңғы амин қышқылдарын анықтау үшін мына әдістердің біреуің қолданады:

1. 1 фтор -2,4 динитробензолдың қатысуымен (Ф. Сенгер); Зерттелетін белокты (пептидті) сілтілік ортадағы жұмсақ жағдайда ФДНБ затымен қосып қыздырады. Бұл кезде белоктың сары түсті динитрофенил туындысы пайда болады.

Динитрофенилбелокты қышқылмен гидролиздейді (6Н. НСl қосылысында), бұл кезде ол N-соңғы амин қышқылының ДНФ-туындысына және бос амин қышқылдарына бөлініп жіктеледі:

Осыдан кейін стандартты ДНФ амин қышқылдары мен салыстыра отырып, N-соңғы амин қышқылының ДНФ-туындысын хромотография әдісі бойынша ұқсастығын анықтайды (идентификациялайды). Біз қарастырып отырған мысалдағы N-соңғы амин қышқылы глицин болып табылады.

2. Фенилизотиоцианаттың қатысуымен жүретін реакция. Бұл реакцияны әдетте Эдманның әдісі бойынша деградациялау деп атайды. Беоктаға полипептидтік тізбекте амин қышқылдарының орналасу ретін тікелей анықтауға осы әдіс қана мүмкіндік береді және ол тізбекті N-соңынан бастап сатылап, бөледі, ажыратып жіктейді:

Модификацияланған полипептидті сусыз қышқылмен тез өңдейді. Бұл кезде тек N-соңғы амин қышқылы фенилтиогидантон (ФТГ) туындысы түрінде бөлініп шығады. Сөйтіп алғашқы полипептид бір амин қышқылына қысқарады. Бұл әдістің ерекшілігі – полипептидтің басқа бөлігі амин қышқылдарына бөлініп ажырамайды.

N-соңғы амин қышқылы ФТГ-туындысының хроматография әдістерінің біреуімен ұқсастығын анықтайды.

3. Дансилхлоридтің (диметиламинонафталин-5-сульфохлоридтің) қатысуымен жүретін реакция. Мұндай реакцияны іске асыру үшін полипептидті дансилхлоридпен өңдейді, бұл кезде соңғы амин қышқылындағы амин тобы мен реактивтік сульфотобы арасында байланыс түзіледі.

Осыдан кейін дансилденген полипептидті тұз қышқылында (6Н. НСl) гидролиздейді. Бұл қосылыста сульфамид байланысы тұрақты болғандықтан, тек қана амин қышқылының N-соңғы дистильденген туындысы бөлініп шығады. Ол туындының күшті флуоресценциялаушы қасиеті болады және бос амин қышқылдары бөлініп шығады. Осы әдісті қолдана отырып және флуоресценцияның жәрдеміммен N-соңғы амин қышқылының өте төменгі концентрациясын анықтауға болады.

4. Поилипептидтердегі (белоктардағы) С-соңғы амин қышқылды анықтау көпшілік карбоксипептидаза ферментініғң көмегімен жүргізіледі. Бұл фермент ұйқы безінде (қарын астындағы безі) түзіледі және ол полипептидтің бос карбоксил тобы бар соңынан бір-бірден амин қышқылдарын бөліп шығара алады. Бұл үшін полипептидке фермент қосып инкубациялайды, бөлініп шыққан С-соңғы амин қышқылын экстракциядан кейін хроматография әдісімен анықьтайды; стандарт амин қышқылдарымен салыстырылады.