Монастырь Новый Иерусалим в нём патриарх Никон провёл несколько лет до патриаршего суда, на котором был низложен

Престол патриарха остался пустым. Владыка полагал, что государь испугается, но тот в Новом Иерусалиме не появился. Наоборот, Алексей Михайлович попытался добиться от своенравного владыки окончательного отказа от патриаршей власти и возвращения всех регалий, чтобы можно было на законном основании избрать нового духовного лидера. А Никон всем говорил, что может вернуться на патриарший престол в любой момент. Продолжалось это противостояние несколько лет.

Положение было абсолютно неприемлемым, и Алексей Михайлович обратился к вселенским патриархам. Однако их приезд пришлось ждать долго. Лишь в 1666 году в первопрестольную прибыли двое из четырёх патриархов. Это александрийский и антиохийский, но они имели полномочия от двух других своих коллег.

Никону очень не хотелось представать перед патриаршим судом. Но всё же его заставили это сделать. В результате своенравного владыку лишили высокого сана. Но длительный конфликт не изменил ситуацию с расколом русской православной церкви. Тот же собор 1666-1667 годов официально утвердил все церковные реформы, которые осуществлялись под руководством Никона. Правда, сам он превратился в простого монаха. Сослали его в далёкий северный монастырь, откуда божий человек и наблюдал за торжеством своей политики.