Религиозные картины 1480-х годов
«Мадонна дель Магнификат»
«Поклонение волхвов» (1478-1482), «Мадонна с Младенцем на троне» (алтарь Барди) (1484), «Благовещение» (1485) – религиозные работы Боттичелли этого времени являются высшими творческими достижениями живописца.
В начале 1480-х годов Боттичелли создал «Мадонну дель Магнификат» (1481-1485), картину, прославленную уже при жизни художника, о чём свидетельствуют многочисленные копии. Она является одним из тондо Боттичелли. Подобные картины в форме круга были очень популярны во Флоренции XV века. Фоном картины является пейзаж, как и в «Мадонне дель Либро» (1480-1481), «Мадонне с Младенцем, шестью ангелами и Иоанном Крестителем» (около 1485), «Мадонне с Младенцем и пятью ангелами» (1485-1490).
В 1483 году вместе с Перуджино, Гирландайо и Филиппино Липпи он расписывает фрески на вилле Лоренцо Великолепного близ Вольтерры.
Около 1487 года Боттичелли пишет «Мадонну делла Мелаграна». Мадонна держит в руке гранат, являющийся христианским символом (в руке у Сикстинской Мадонны Рафаэля первоначально вместо книги тоже был гранат).
Поздние работы 1490-1497
«Юдифь, покидающая палатку Олоферна»
В 1490 году во Флоренции появляется доминиканский монах Джироламо Савонарола, в проповедях которого звучал призыв к покаянию и отказу от грешной жизни. Боттичелли был заворожён этими проповедями, и даже, согласно легенде, наблюдал, как жгут его картины на костре тщеславия. С этих пор стиль Боттичелли резко изменяется, он становится аскетичным, гамма красок теперь сдержанная, с преобладанием тёмных тонов.
Новый подход художника к созданию произведений хорошо виден в «Короновании Марии» (1488-1490), «Оплакивании Христа» (1490) и ряде изображений Мадонны с Младенцем. Портреты, созданные художником в это время, например, портрет Данте (около 1495), лишены пейзажных или интерьерных фонов.
Особенно заметны изменения стиля при сравнении «Юдифи, покидающей палатку Олоферна» (1485-1490) с созданной приблизительно за двадцать пять лет до этого картиной на тот же сюжет.
Последние работы 1498-1510
«Мистическое Рождество»
В 1498 году Савонарола был схвачен, обвинен в ереси и приговорён к смерти. Эти события глубоко потрясли Боттичелли.
В 1500 году он создает «Мистическое Рождество», единственное подписанное и датированное им произведение, где имеется сделанная по-гречески надпись: «Эту картину я, Алессандро, написал в конце 1500 года в неурядицах Италии в половине времени после времени, когда исполнится [сказанное в главе] одиннадцатой Иоанна, о втором горе Апокалипсиса, в то время, когда дьявол на три с половиной года был выпущен. Затем он был закован в кандалы в соответствии с двенадцатой, и мы увидим его [попранным на земле], как на этой картине».
Среди последних немногочисленных работ художника этого периода – сцены из историй римлянок Виргинии и Лукреции, а также сцены из жизни Св. Зиновия.