Разделение фрагментов днк после рестрикции

Фрагменты, полученные под действием рестриктаз разделяют с помощью метода электрофореза в агарозном или полиакриламидном гелях. Метод электрофореза основан на разделении фрагментов ДНК, движущихся с различной скоростью в электрическом поле. Гель с фрагментами ДНК при этом помещают в раствор электролита и пропускают электрический ток. Электрофоретическая подвижность фрагментов линейна связана с логарифмом их относительной молекулярной массы. В растворе электролита ДНК приобретает отрицательный заряд, а её подвижность зависит от молекулярной массы. Выявление фрагмента ДНК происходит с помощью красителя бромистого этидия. Для разделения фрагментов ДНК среднего размера обычно применяют агарозный гель, в других случаях – полиакриламидный, результативность которого выше.

Лекция 5/15

Рестрикционные карты

Рестрикционные карты – физические карты молекулы ДНК, на которых нанесены сайты рестрикции для определённых рестриктаз. Рестрикционные карты строятся на основе данных гель-электрофореза.

Порядок построения рестрикционной карты:

1. Определить форму исходной молекулы ДНК

2. Определить длину исходной молекулы ДНК

3. Определить количество сайтов рестрикции, которые необходимо нанести на карту

4. Сопоставив размер рестрикционных фрагментов, полученных с помощью одной рестриктазой, с длиной рестрикционных фрагментов, полученных с помощью смеси рестриктаз, нанести сайты рестрикции на карту.

Килобаза – 1000 пар нуклеотидов.

Задача: молекула линейной ДНК была разрезана на фрагменты двумя рестриктазами (R1 и R2) и их смесью (R1+R2). Результаты электрофоретического анализа представлены на рисунке. В каком порядке полученные рестрикционные фрагменты расположены в исходной молекуле ДНК.

	R1		R2		R1 R2
10 kb
8 kb
7 kb
6 kb
3 kb
2 kb
1 kb
Число сайтов рестрикции	2		1

8	R1 R2 R1		6
	2	1
Длина молекулы ДНК = 17 kb