
- •Лекция 1 Становление геномики как самостоятельного раздела молекулярной генетики
- •Лекция 2 Геномика вирусов и фагов. Вирусы как объект молекулярной генетики.
- •4. Взаимодействие вируса и клетки
- •5. Размножение вирусов и фагов. Лизогенный и литический путь
- •6. Устойчивость вирусов к факторам окружающей среды
- •Репликация генома и экспрессия генов вирусов
- •Вирусы I группы Балтимора (двухцепочечная днк)
- •Вирусы II группы Балтимора (одноцепочечная днк)
- •Вирусы III группы Балтимора (Двуцепочечная рнк)
- •Вирусы V группы Балтимора (одноцепочечная (-) рнк)
- •Вирусы VII группы Балтимора (двухцепочечная днк)
- •Характеристика вирусных геномов
- •1. Фаг (колифаг) λ лямбда
- •2. Фаг φХ174 (фи-десять 174)
- •4. Вирус sv-40
- •5. Аденовирусы
- •6. Герпесвирусы
- •7. Поксвирусы
- •8. Ретровирусы
- •9. Вирусоподобные инфекционные агенты
- •Сателлиты (вирусы-сателлиты)
- •Вироиды
- •Заключение
- •Лекция 3 Геномика прокариот
- •Прокариоты как объект молекулярно-генетических исследований
- •Структурная геномика прокариот
- •1. Размеры, нуклеотидный состав геномов и оперонная организация генов прокариот
- •2. Структуры репликации, выявление orf, интроны и интеины
- •3. Паралогичные и ортологичные гены. Сравнение геномов. Минимальный размер генома прокариот
- •Геномы прокариот в процессе функционирования и эволюции
- •1. Амплификация участков генома
- •2. Перестройки генома
- •3. Консервативная и оперативная части генома
- •4. Горизонтальный перенос генов (гпг)
- •5. Попытки установления филогенетического древа
- •Характеристика геномов прокариот
- •1. Haemophilus influenzae (возбудитель менингита, пневмонии)
- •2. Кишечная палочка Escherichia coli
- •3. Сенная палочка Bacillus subtilis
- •4. Актиномицеты рода Streptomyces
- •Заключение
- •Лекция 4 Геномика эукариот
- •Геном пекарских дрожжей Saccharomyces cerevisiae
- •Геном нематоды Caenorhabditis elegans
- •Геном плодовой мухи Drosophila melanogaster
- •Особенности исследований геномов высших растений
- •Геном резуховидки (арабидопсиса) Arabidopsis thalianа
- •Геном риса посевного Oryza sativa l.
- •Геном домовой мыши Mus musculus l.
- •Лекция 5 Геном человека
- •Программа «Геном человека»: цели и методы
- •Создание генетической карты генома
- •Создание физической карты генома
- •Секвенирование полного генома человека
- •«Черновой» (первый) вариант генома человека
- •Лекция 6 Разделы геномики
- •1. Структурная (описательная) геномика
- •Функциональная геномика и биоинформатика
- •Сравнительная (эволюционная) геномика
- •4. Экологическая геномика
- •5. Метагеномика
4. Взаимодействие вируса и клетки
Различают три основные формы таких взаимодействий:
а) продуктивная инфекция — при этом нуклеиновая кислота вириона индуцирует в зараженной клетке вирусспецифичные синтезы, приводящие к формированию нового поколения вирусных частиц;
б) абортивная инфекция — потомство не образуется, так как цикл репродукции прерывается на промежуточной стадии;
в) вирогения — нуклеиновая кислота вируса (фага) встраивается в геном клетки-хозяина, а вирус находится в состоянии провируса (профага). Автономной репродукции вируса не происходит, а его нуклеиновая кислота реплицируется совместно с ДНК клетки-хозяина. Такие вирусы называются умеренными, к которым относятся онкогенные вирусы и фаги, вызывающие лизогению клеток. При лизогении наблюдается симбиоз бактерий с профагами. Лизогенные клетки с определенной частотой могут продуцировать фаговые частицы и подвергаться лизису (разрушение и растворение клеток).
5. Размножение вирусов и фагов. Лизогенный и литический путь
Проникновение вирусной частицы в клетку начинается с ее адсорбции на клеточной поверхности благодаря взаимодействию клеточных и вирусных рецепторов. При этом капсид приобретает чувствительность к клеточным протеазам, разрушается освобождая нуклеиновую кислоту. Многие вирусы животных проникают в клетку путем пиноцитоза, а у некоторых бактериофагов в клетку проникает свободная нуклеиновая кислота.
Размножение вирусов можно проследить на примере широко используемых в экспериментах специфических для Е. Coli Т-фагах и фаге λ (лямбда). Отросток фага прикрепляется к специфическому рецептору клетки, его специфический фермент лизоцим образует отверстие в клеточной оболочке, а ДНК фага из его головки инъецируется в клетку. Внутри фаговой частицы ДНК находится в линейной форме с «липкими концами», которые взаимно комплементарны и могут спариваться друг с другом. При попадании в клетки Е. Coli геном фага λ замыкается в кольцо и сшивается с помощью бактериального фермента ДНК-лигазы.
После проникновения ДНК фага в клетку описано два альтернативных пути инфекции — литический путь или лизогенный путь.
В течение латентного периода при литическом пути инфекции геном фага заставляет синтезировать фаговую ДНК и белковую оболочку фага, они соединяются и образуют фаговые частицы. Через определенное время после прикрепления фага к поверхности клетки оболочка бактерии разрывается (клетка лизируется), вновь образованные частицы освобождаются начинается новый цикл их развития.
При лизогенном пути замкнутые в кольцо молекулы ДНК фага интегрируют в кольцевую хромосому клетки-хозяина. Такие клетки называются лизогенными, а встроенная ДНК фага — профагом. ДНК профага ведет себя как нормальная составная часть клетки, в ходе клеточных делений образуются новые копии фаговой ДНК.
ДНК-вирусы в животных клетках могут размножаться литическим путем (пермиссивные клетки). В непермиссивных клетках размножение вирусов блокируется, а вирусная ДНК размножается: один способ — интеграция в геном клетки-хозяина и репликация вместе с ним, а при другом способе ДНК вируса образует плазмиду — реплицирующуюся кольцевую молекулу ДНК.