
- •Лекция 1 Становление геномики как самостоятельного раздела молекулярной генетики
- •Лекция 2 Геномика вирусов и фагов. Вирусы как объект молекулярной генетики.
- •4. Взаимодействие вируса и клетки
- •5. Размножение вирусов и фагов. Лизогенный и литический путь
- •6. Устойчивость вирусов к факторам окружающей среды
- •Репликация генома и экспрессия генов вирусов
- •Вирусы I группы Балтимора (двухцепочечная днк)
- •Вирусы II группы Балтимора (одноцепочечная днк)
- •Вирусы III группы Балтимора (Двуцепочечная рнк)
- •Вирусы V группы Балтимора (одноцепочечная (-) рнк)
- •Вирусы VII группы Балтимора (двухцепочечная днк)
- •Характеристика вирусных геномов
- •1. Фаг (колифаг) λ лямбда
- •2. Фаг φХ174 (фи-десять 174)
- •4. Вирус sv-40
- •5. Аденовирусы
- •6. Герпесвирусы
- •7. Поксвирусы
- •8. Ретровирусы
- •9. Вирусоподобные инфекционные агенты
- •Сателлиты (вирусы-сателлиты)
- •Вироиды
- •Заключение
- •Лекция 3 Геномика прокариот
- •Прокариоты как объект молекулярно-генетических исследований
- •Структурная геномика прокариот
- •1. Размеры, нуклеотидный состав геномов и оперонная организация генов прокариот
- •2. Структуры репликации, выявление orf, интроны и интеины
- •3. Паралогичные и ортологичные гены. Сравнение геномов. Минимальный размер генома прокариот
- •Геномы прокариот в процессе функционирования и эволюции
- •1. Амплификация участков генома
- •2. Перестройки генома
- •3. Консервативная и оперативная части генома
- •4. Горизонтальный перенос генов (гпг)
- •5. Попытки установления филогенетического древа
- •Характеристика геномов прокариот
- •1. Haemophilus influenzae (возбудитель менингита, пневмонии)
- •2. Кишечная палочка Escherichia coli
- •3. Сенная палочка Bacillus subtilis
- •4. Актиномицеты рода Streptomyces
- •Заключение
- •Лекция 4 Геномика эукариот
- •Геном пекарских дрожжей Saccharomyces cerevisiae
- •Геном нематоды Caenorhabditis elegans
- •Геном плодовой мухи Drosophila melanogaster
- •Особенности исследований геномов высших растений
- •Геном резуховидки (арабидопсиса) Arabidopsis thalianа
- •Геном риса посевного Oryza sativa l.
- •Геном домовой мыши Mus musculus l.
- •Лекция 5 Геном человека
- •Программа «Геном человека»: цели и методы
- •Создание генетической карты генома
- •Создание физической карты генома
- •Секвенирование полного генома человека
- •«Черновой» (первый) вариант генома человека
- •Лекция 6 Разделы геномики
- •1. Структурная (описательная) геномика
- •Функциональная геномика и биоинформатика
- •Сравнительная (эволюционная) геномика
- •4. Экологическая геномика
- •5. Метагеномика
9. Вирусоподобные инфекционные агенты
К этой группе относятся неканонические инфекционные агенты, или обладающие геномом небольшого размера (сателлиты, вироиды), или им полностью не обладающие (прионы).
Сателлиты (вирусы-сателлиты)
Это небольшие молекулы РНК, которым для своего размножения необходимо присутствие в клетке специального вируса-помощника. Большинство из них ассоциированы с вирусами растений, но некоторые с бактериофагами или с вирусами животных. К последним относятся аденоассоциированные сателлиты, сопутствующие аденовирусам.
Можно отметить типичные свойства сателлитов:
геном состоит из одноцепочечной РНК размером 500-2000 нуклеотидов;
первичная структура генома не сходна с геномами вирусов-помощников;
они вызывают специфические заболевания у растений, но при инфицировании растений только вирусом-помощником болезнь не обнаруживается.
Вироиды
Другими неканоническими инфекционными патогенами являются вироиды, возбудители 35 инфекционных болезней растений (вероятно, и животных). Прототипной вироидной инфекцией является веретеновидность клубней картофеля. Геном представляет собой молекулу односпиральной, ковалентно замкнутой РНК, с участками из двухспиральных сегментов. Размер молекулы 200-400 нуклеотидов, Молекулярная масса 120-170 кДа. По ряду характеристик вироиды отличаются от сателлитов.
Вироиды не кодируют никаких белков и реплицируются при помощи РНК-полимеразы клетки-хозяина. Предположительно, процесс протекает по механизму «катящегося кольца» с последующим аутокаталитическим расщеплением и лигированием.
Разные формы вироидов различаются по первичной структуре, что может лежать в основе их разделения на отдельные виды. В то же время в центральной части вироидной РНК имеется общая последовательность нуклеотидов — центральный консервативный домен, важный для процесса репликации.
Показано сходство вирионов по первичной структуре с некоторыми нуклеотидными последовательностями генома эукариотической клетки-хозяина — с интроном, в локусе между 5,8S и 25S рРНК. Поэтому не исключается, что вироиды могут нарушать посттранскрипционный процессинг РНК инфицированной клетки.
Описан уникальный вирус гепатита дельта (ВГД), у которого РНК имеет свойства и вироида, и сателлита. Вирусом-помощником, обеспечивающим его репликацию, является вирус гепатита В (ВГВ). ВГД находят в клетках, инфицированных ВГВ. Он покрыт защитной оболочкой из липида и белка ВГВ. Из клеток, инфицированных ВГВ/ВГД, выделяют частицы — капсид ВГВ, содержащий ковалентно замкнутую кольцевую РНК ВГД. В отличие от других вироидов, РНК ВГД кодирует белок дельта-антиген, который является фосфопротеином. Как полагают, геном ВГД реплицируется путем РНК-зависимого синтеза РНК с использованием ДНК-зависимой РНК-полимеразы. ВГД усиливает патогенные эффекты ВГВ.
Прионы
Прионы представляют собой инфекционные агенты, вызывающие трансмиссионные спонгиоформные (от «спонги» — губка) энцефалопатии человека и животных. Среди них: скрепи овец (от англ. scrape — скоблить, тереть), губчатая энцефалопатия крупного рогатого скота (коровье бешенство), трансмиссивная энцефалопатия норок, куру человека и др. Сам термин «прион» — это слово-акроним, образованное по аналогии со словом вирион (от англ. proteinacous infection practicle). При всех прионовых заболеваниях в мозгу у больных накапливаются отложения белка амилоида (парамилоида), при этом ткань мозга принимает пористую форму наподобие губки.
Инфекционным агентом прионов является белок-конформер (изоформа) получивший название Рг РSc (от англ. Scrapie). Прузинер (1984) уставил, что в геноме млекопитающих имеется ген prp, кодирующий белок, по первичной структуре идентичный PrPSc. В нормальных клетках его обозначают РгРC. Прионовые гены картированы у человека (20-я хромосома) и у мыши (2-я хромосома).
Прионовый белок — это гидрофобный и термостабильный белок (инактивируется только при автокланировании в течение 30 мин при 135◦С) с длиной полипептидной цепи 253-254 а. о. и с Молекулярной массой 27-30 кДа. Мутанты, у которых ген prp отсутствует или поврежден, не восприимчивы к прионовой инфекции. Физиологические функции прионового белка сводятся к защите нейронов от оксидативного стресса.
Между РгРC и прионом не обнаружено никаких химических различий. Возникло предположение, что фундаментальное отличие между инфекционной изоформой (PrPsc) и непатогенной эндогенной изоформой (РrРС) заключается в конформации этих молекул. Считается доказанным, что пространственная конфигурация структуры РrРC представляет собой α-спираль, тогда как прион имеет складчатую β-структуру. Молекула РrРC при взаимодействии с прионом сама превращается в прион. Это приводит к амплификации прионов и исчезновению пула белка-предшественника. Процесс носит характер цепной реакции.
Конверсия изоформ прионного белка — это необратимое превращение PrPC PrPSc в ходе инфекции вследствие нарушения кинетически контролируемого равновесия между изоформами прионного белка, которое в норме регулируется как РrРC PrPSc. Медленный процесс конверсии значительно ускоряется в присутствии большого количества конвертируемой изоформы или экзогенного приона.
При межвидовом заражении наблюдается пониженная инфекционность чужого приона. Это обусловлено снижением способности белка РгРC передаватъ свою инфекционность белку РrРC. Первичная структура прионов высоко консервативна, с незначительными различиями у разных видов млекопитающих. Но межвидовые барьеры на пути передачи все же существуют. Получены данные о существовании прионов у пекарских дрожжей Saccharomyces cerevisiae, связанное с нехромосомно наследуемыми детерминантами у этого вида. В итоге можно сформулировать следующее определение:
Прионы — это белки, способные посредством взаимодействия друг с другом передавать свое конформационное состояние от одной молекулы к другой. В таком значении понятие «прионы» может быть распространено на белки дрожжей и аналогичные белки других эукариот.
В настоящее время изучение прионов приобретает не только теоретический, но и все более прикладной характер в связи со вспышками эпизоотий среди сельскохозяйственных животных в европейских странах. Изучается также возможность передачи этих болезней от животных к человеку.