
- •Лекция 1 Становление геномики как самостоятельного раздела молекулярной генетики
- •Лекция 2 Геномика вирусов и фагов. Вирусы как объект молекулярной генетики.
- •4. Взаимодействие вируса и клетки
- •5. Размножение вирусов и фагов. Лизогенный и литический путь
- •6. Устойчивость вирусов к факторам окружающей среды
- •Репликация генома и экспрессия генов вирусов
- •Вирусы I группы Балтимора (двухцепочечная днк)
- •Вирусы II группы Балтимора (одноцепочечная днк)
- •Вирусы III группы Балтимора (Двуцепочечная рнк)
- •Вирусы V группы Балтимора (одноцепочечная (-) рнк)
- •Вирусы VII группы Балтимора (двухцепочечная днк)
- •Характеристика вирусных геномов
- •1. Фаг (колифаг) λ лямбда
- •2. Фаг φХ174 (фи-десять 174)
- •4. Вирус sv-40
- •5. Аденовирусы
- •6. Герпесвирусы
- •7. Поксвирусы
- •8. Ретровирусы
- •9. Вирусоподобные инфекционные агенты
- •Сателлиты (вирусы-сателлиты)
- •Вироиды
- •Заключение
- •Лекция 3 Геномика прокариот
- •Прокариоты как объект молекулярно-генетических исследований
- •Структурная геномика прокариот
- •1. Размеры, нуклеотидный состав геномов и оперонная организация генов прокариот
- •2. Структуры репликации, выявление orf, интроны и интеины
- •3. Паралогичные и ортологичные гены. Сравнение геномов. Минимальный размер генома прокариот
- •Геномы прокариот в процессе функционирования и эволюции
- •1. Амплификация участков генома
- •2. Перестройки генома
- •3. Консервативная и оперативная части генома
- •4. Горизонтальный перенос генов (гпг)
- •5. Попытки установления филогенетического древа
- •Характеристика геномов прокариот
- •1. Haemophilus influenzae (возбудитель менингита, пневмонии)
- •2. Кишечная палочка Escherichia coli
- •3. Сенная палочка Bacillus subtilis
- •4. Актиномицеты рода Streptomyces
- •Заключение
- •Лекция 4 Геномика эукариот
- •Геном пекарских дрожжей Saccharomyces cerevisiae
- •Геном нематоды Caenorhabditis elegans
- •Геном плодовой мухи Drosophila melanogaster
- •Особенности исследований геномов высших растений
- •Геном резуховидки (арабидопсиса) Arabidopsis thalianа
- •Геном риса посевного Oryza sativa l.
- •Геном домовой мыши Mus musculus l.
- •Лекция 5 Геном человека
- •Программа «Геном человека»: цели и методы
- •Создание генетической карты генома
- •Создание физической карты генома
- •Секвенирование полного генома человека
- •«Черновой» (первый) вариант генома человека
- •Лекция 6 Разделы геномики
- •1. Структурная (описательная) геномика
- •Функциональная геномика и биоинформатика
- •Сравнительная (эволюционная) геномика
- •4. Экологическая геномика
- •5. Метагеномика
8. Ретровирусы
Ретровирусы — это обширная группа самых разнообразных вирусов семейства Retroviridae, включающего 7 родов. В состав рода Lentivirus входят патогенны иммунодефицита человека 1 и 2. иммунодефицита обезьян, крупного рогатого скота и кошек (отдельные виды). Отнесение всех этих вирусов в единую классификационную группу основано на одинаковом способе репродукции. Геномы представителей этой группы имеют ряд общих черт:
а) вирусная частица содержит две идентичные геномные одноцепочечные молекулы РНК длиной от 3,5 до 9 т. н. (это редкий, если не уникальный, случай диплоидного вирусного генома);
б) РНК представляет собой (+) нить, при этом молекулы кэпированы на 5'-конце и полиаденилированы на 3'-конце;
в) в молекулах РНК имеются уникальные 5'-(RU5)-3'-(RU3)-геномныe концы избыточности длиной несколько десятков нуклеотидов.
В состав вирионов ретровирусов входят 5-8 полипептидов, в том числе 1-3 гликопротеина оболочки. Внутри капсида кроме геномных молекул РНК имеются несколько десятков молекул обратной транскриптазы и молекулы тРНК.
В цитоплазме клетки на геномной РНК ретровируса с участием ревертазы синтезируются двухцепочечная копия ДНК. Она интегрируется в геном клетки-хозяина и образует так называемый провирус. Синтез молекулы ДНК на вирусной РНК инициируется тРНК-праймерам на специфичном участке РВ(-) в 5'-концевой области вирусной РНК. На образовавшейся цепи (-)ДНК с участка РВ (+) синтезируется вторая комплементарная цепь (+)ДНК. На 5'- и 3'-концах образуются длинные концевые повторы LTR. Образовавшиеся молекулы ДНК находятся в ядре клетки в линейной или кольцевой форме. После интеграции вирусной ДНК в хромосому ее структура полностью соответствует схеме строения транспозонов.
В настоящее время расшифрована структура генома вируса иммунодефицита человека 1 (ВИЧ-1). Геном содержит 9 генов, но в ходе процессинга вирусными и клеточными ферментами синтезируется 14 белковых продуктов.
Ген gag кодирует большой белок-предшественник всех основных белков вириона, из него протеаза вырезает конкретные белки. Кодирующий участок pol детерминирует синтез обратной транскриптазы — полифункционального фермента, способного синтезировать ДНК на матрице РНК или ДНК. Этот же ген кодирует еще интегразу, которая осуществляет включение ДНК вируса в геном клетки-хозяина.
Ген env кодирует гликопротеины вирусной оболочки, которая способна захватывать часть цитоплазматической мембраны клетки.
Представлены также гены вспомогательных и регуляторных белков: белки Tat и Rev обеспечивают значительное увеличение синтеза вирусных белков при переходе провируса из латентной в активную форму.
Транскрипция ДНК провируса протекает после его интеграции в хромосому на 5'-концевом участке LTR, где находятся промотор и терминатор транскрипции. Синтезируются полноразмерные геномные молекулы РНК, претерпевающие затем сплайсинг. При этом из полноразмерной РНК выще- пляются последовательности генов gag и pol, а ген env сближается с 5'-концевой последовательностью вирусной РНК. Сплайсинг происходит в участках SD и SA.
Ретровирусы способны инфицировать эмбрионы и кроветворные клетки, макрофаги и Т-лимфоциты. Многие ретровирусы вызывают лейкозы, саркомы и опухоли молочных желез. Их небольшой геном позволяет вводить в его состав чужеродные гены и экзогенные фрагменты ДНК.