
- •Экология. Повреждение и репарация днк. Ирина Михайловна Спивак Предисловие
- •Введение
- •1. Изучение днк-метаболизма
- •1.1. Начало исследования репарации
- •1.2. Репликация днк
- •1.2.1. Репарация за счет проверки днк-полимеразой
- •1.2.2. Участие корректирующих автономных экзонуклеаз в репликации и репарации днк
- •2. Типы повреждений днк
- •3. Многообразие систем репарации днк
- •4. Прямая репарация днк
- •4.1. Фотореактивация
- •4.2. Репарация о6-алкилированного гуанина
- •4.3. Репарация однонитевых разрывов днк
- •4.4. Репарация ар-сайтов за счет прямой вставки пуринов
- •5. Эксцизионная репарация
- •5.1. Эксцизионная репарация оснований (base excision repair, ber)
- •5.1.1. Многочисленные возможности репарации 8-оксигуанина
- •5.1.2. Роль pcna в эксцизионной репарации оснований
- •5.1.3. Ber, спаренная с репликацией
- •5.2. Эксцизионная репарация неспаренных оснований (mismatch repair, mmr)
- •5.2.1. Функциональные гены-гомологи у про– и эукариот
- •5.3. Эксцизионная репарация нуклеотидов (ner, nucleotide excision repair)
- •5.3.1. Эксцизионная репарация нуклеотидов у эукариот
- •5.3.2.Ner, спаренная с транскрипцией: tcr (transcription coupled repair)
- •5.3.3. Болезни, связанные с нарушением системы ner
- •5.3.3.1. Пигментная ксеродерма (хр)
- •5.3.3.2. Тиотриходистрофия (ttd). Транскрипционная гипотеза
- •5.3.3.3. Синдром Коккейна. (cs)
- •5.3.3.4. Cиндромы повышенной чувствительности к уф-облучению (uvs-s)
- •6. Репарация, связанная с рекомбинацией
- •7. Рекомбинация
- •7.1. Сайт-специфическая рекомбинация
- •7.2. Случайная рекомбинация
- •7.3. Гомологичная рекомбинация
- •7.3.1. Генная конверсия
- •8.1. Низкопроцессивные днк-полимеразы эукариот
- •9. Репарация двунитевых разрывов
- •9.1. Репарация двунитевых разрывов днк путем негомологического воссоединения концов (nhej)
- •9.2. Однонитевой отжиг (ssa, single strand annealing)) по прямым повторам
- •9.3. Репарация путем гомологической рекомбинации (hrr)
- •9.3.1. Роль гистона н2ах в репарации dsBs
- •9.3.2. Механизмы, обеспечивающие стабильность хромосом при наличии повторов и системы гомологической рекомбинации
- •9.3.3. Болезни, связанные с дефектами генов, вовлеченных в репарацию двунитевых разрывов
- •9.3.3.1. Атаксия-телеангиэктазия. Белок атм
- •9.3.3.2. Белки brca1 и brca2
- •9.3.3.3. Геликазы семейства RecQ
- •9.3.3.4. Синдром Блюма
- •9.3.3.5. Синдром Вернера
- •9.3.3.6. Анемия Фанкони
- •10. Защитники генома
- •10.1. Защитники генома. Белок р53
- •10.2. Защитники генома. Роль parp в репарации
- •10.3. Белки, комплементирующие чувствительность клеток грызунов к ионизирующей радиации
- •11. V(d)j рекомбинация
- •12. Перемещение мобильного элемента Sleeping Beauty
- •13. Пострепликативная репарация
- •13.1. Пострепликативная, или рекомбинационная, репарация
- •13.2. Убиквитин и убиквитин-связывающие белки
- •13.3. Rad6-зависимая пострепликативная репарация
- •14. Репарации поврежденных вилок репликации и ресинтез
- •14.1. Модель прохода повреждения с переключением матрицы
- •14.2. Остановка репликации и ресинтез. Привлечение белков репарации
- •15. Современные представления и знания о механизмах активации чекпойнтов и белках, вовлеченных в разные стадии этого процесса
- •15.1. Генеральные концепции и основные игроки
- •15.2. Молекулярные механизмы g1-чекпойнта
- •15.2. Молекулярные механизмы s-чекпойнта
- •15.3. Молекулярные механизмы g2-чекпойнта
- •15.4. Чекпойнты, вызванные повреждениями днк и репарация двунитевых разрывов
- •Заключение
- •Приложения Приложение 1
- •Xpa, xpb, xpc, xpd, xpe, xpf, xpg – пигментная ксеродерма
- •Приложение 2
- •Cписок литературы
10.3. Белки, комплементирующие чувствительность клеток грызунов к ионизирующей радиации
Как и в случае чувствительности к УФ-облучению, так и при изучении ответа клетки на γ-облучение, были получены многочисленные мутанты клеток грызунов, чувствительные к действию данного повреждающего агента. Белки человека, способные комплементировать эту чувствительность, получили название XRCC (X-ray sensitivity cross complementing). Впоследствие многие из них (как и белки NER – ERCC) изменили свое название в связи с подробным описанием молекулярного дефекта в этих клеточных линиях. Сводные данные об их названиях и функциях приведены в табл. 6.
В настоящее время функциональный анализ генов XRCC продолжает вносить свой вклад в понимание процессов репарации двунитевых разрывов ДНК у человека и механизмов генетической нестабильности, приводящей к раку. Новые данные позволяют ответить на давно существующие вопросы о том, как разрешаются промежуточные структуры при гомологической рекомбинации и как замедляется репликация ДНК при наличии повреждений, то есть как осуществляется чекпойнт S-фазы. Проверка функций XRCC генов в процессе негомологического воссоединения концов показала их парадоксальную роль в точности репарации и поддержании теломер. Так, XRCC-5-7 (теперь эти белки обычно называют Ku70, Ku80, DNA-PKcs) зависимое негомологическое воссоединение концов обычно происходит с высокой точностью, так как концы аккуратно выравниваются при отсутствии микрогомологии в последовательностях. В тоже время активность, связанная с негомологическим воссоединением концов вовлечена и в уменьшение и в опосредование слияния теломер. Таким образом нарушение негомолгического воссоединения концов может приводить к удлинению теломер, а нарушение гомологической рекомбинации к их укорочению.
Таблица 6. Гены XRCC.
Правильное функционирование XRCC генов, вовлеченных в оба процесса необходимо для генетической стабильности, но потеря этих путей приводит к разным последствиям, причем дополнительные дефекты гомологической рекомбинации более серьезны – они вызывают нарушение митоза и анеуплоидию. Это приводит к возникновению рака иили усилению опухолевой прогрессии, но с некоторыми различиями – при нарушениях негомологического воссоединения концов преимущественно возникают опухоли лимфоидной ткани, а при нарушениях в процессах гомологической рекомбинации – опухоли груди и яичников.
В организме человека существует множество процессов, в которых участвуют белки репарации двунитевызх разрывов. Приведем два примера:
11. V(d)j рекомбинация
V(D)J рекомбинация опосредуется специальным белковым комплексом, который называется V(D)J-рекомбиназой. В него входят ряд белков, одновременно вовлеченных в репарацию двунитевых разрывов ДНК и два специфических белка Rag1 и Rag2, которые вносят двунитевые разрывы в ДНК и остаются связанными с этими концами вплоть до их воссоединения, которое опосредуется как самими белками Rag, так и другими белками репарационного комплекса. В этом процессе теряется часть последовательностей, а несколько нуклеотидов, напротив, может быть случайно вставлено. Это приводит к тому, что обычно два из трех вновь образованных гена непродуктивны, но это вполне разумная плата за повышенную вариабельность. В-клетки, которые производят антитела прочно связавшиеся с антигеном способны в костном мозге пройти еще один раунд активации Rag-генов и V(D)J рекомбинации, что меняет рецептор на поверхности клетки и приводит к процессу, называемому «редактированием рецепторов».
В и Т лимфоциты распознают антигены благодаря специальной системе рецепторов (иммуноглобулины и рецепторы Т-клеток соответственно), которые имеют распознающие антиген районы, состоящие из variable (V), diversity (D) b joining (J) сегментов генов, образующихся в процессе V(D)J-рекомбинации. Собственно само объединение V,D,J сегментов требует участия белков Rag и факторов, участвующих негомологическом воссоединении концов (NHEJ): DNA-PK, XRCC4, ligIV, Artemis.