Основные термины и понятия, используемые в октс
Ассоциированные последовательности ДНК – внесенные в клетку нуклеотидные последовательности, непосредственно не влияющие на экспрессию клонированных генов, но важные для создания ГМО и обеспечения его целевых свойств.
Генно-инженерно-модифицированные организмы - одноклеточные или многоклеточные образования, способные к воспроизводству или передаче наследственного генетического материала, отличные от природных организмов, полученные с применением методов генной инженерии и содержащие генно-инженерный материал, в том числе гены, их фрагменты или комбинации генов (далее – ГМО).
Генно-инженерно-модифицированные микроорганизмы – микроорганизмы (включая, культуры клеток животных и растений), генетический материал которых изменен с использованием методологии генетической инженерии.
Клонируемая ДНК – ДНК, включаемая в геном организма - реципиента с целью его генетической модификации и изменения свойств.
Селективные гены – гены, отвечающие за устойчивость к антибиотикам (канамицину, тетрациклину, неомицину и др.), гербицидам (у растений) и другим селективным агентам (веществам), позволяющим избирательно ингибировать рост и деление только нетрансформированных клеток. При этом трансформированные клетки приобретают способность расти и делиться на питательной среде с селективными агентами.
Гены визуальной селекции – гены, позволяющие проводить селекцию трансформированных клеток путем их механического отделения от нетрансформированных клеток благодаря их цветовой визуализации при создании особых условий, не приводящих к потере жизнеспособности клеток (например, при облучении длинноволновым УФ в случае генов зеленого флюоресцирующего белка или его аналогов).
Трансформационное событие – генетическая модификация свойств живого организма путем переноса в геном методами генетической инженерии рекомбинантного/ых фрагмента/ов ДНК чужеродного происхождения, приводящий к созданию живого организма с новыми признаками.
Организм - реципиент – организм, в который в условиях in vitro вносится ДНК для изменения его свойств.
Структура кода трансформационного события
Код, сформированный при помощи ОКТС, состоит из пяти фасет:
1) Категория ГМО (1 знак);
2) Характеристики клонируемой ДНК (11 знаков);
3) Характеристики организма-реципиента (1 знак);
4) Характеристики ГМО (4 знака);
5) Изменяемые признаки (вариабельно - от 1 до 9 знаков)
Фасеты 1-4 содержат фиксированное число цифровых десятичных знаков. Пятая фасета - вариабельная, количество цифровых десятичных знаков в ней зависит от числа изменяемых генной модификацией признаков. Схематично общая структура кода трансформационного события (генетической модификации) приведена на рисунке 1.
Х |
. |
Х |
Х |
Х |
Х |
Х |
Х |
Х |
Х |
X |
Х |
Х |
. |
Х |
. |
Х |
Х |
Х |
Х |
. |
Х |
… |
Рисунок 1 – Структура кода трансформационного события.
ФАСЕТА 1. Категория ГМО
Формула кодового обозначения в фасете 1 имеет вид:
(1) |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Х |
. |
Х |
Х |
Х |
Х |
Х |
Х |
Х |
Х |
X |
Х |
Х |
|
Х |
. |
Х |
Х |
Х |
Х |
. |
Х |
… |
Коды фасеты приведены в таблице 1.
Таблица 1
Знак |
Код |
Значение |
1 |
1 |
микроорганизмы |
2 |
растения |
|
3 |
животные |
ФАСЕТА 2. Характеристика клонируемой ДНК
Формула кодового обозначения в фасете 2 имеет вид:
|
|
(1) |
(2) |
(3) |
(4) |
(5) |
(6) |
(7) |
(8) |
(9) |
(10) |
(11) |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Х |
. |
Х |
Х |
Х |
Х |
Х |
Х |
Х |
Х |
X |
Х |
Х |
. |
Х |
. |
Х |
Х |
Х |
Х |
. |
Х |
… |
Коды фасеты приведены в таблице 2.
Таблица 2
Знак |
Растения и микроорганизмы |
|
Код |
Значение |
|
Источник клонированной ДНК |
||
1 |
1 |
клонированная ДНК содержит ДНК из растений |
2 |
клонированная ДНК не содержит ДНК из растений |
|
2 |
1 |
клонированная ДНК содержит ДНК из животных и/или человека |
2 |
клонированная ДНК не содержит ДНК из животных и/или человека |
|
3 |
1 |
клонированная ДНК содержит ДНК из микроорганизмов |
2 |
клонированная ДНК не содержит ДНК из микроорганизмов |
|
4 |
1 |
клонированная ДНК содержит синтетическую ДНК, не имеющую природных гомологов |
2 |
клонированная ДНК не содержит синтетическую ДНК, не имеющую природных гомологов |
|
Состав клонированной ДНК |
||
5 |
1 |
кодируется синтез только целевого(ых) продукта(ов) |
2 |
кодируется синтез нецелевого(ых) продукта(ов) |
|
6 |
1 |
присутствуют только регуляторные элементы, нужные для регуляции целевых генов |
2 |
присутствуют иные регуляторные элементы |
|
7 |
1 |
присутствуют только необходимые ассоциированные нуклеотидные последовательности |
2 |
присутствуют иные ассоциированные нуклеотидные последовательности |
|
Охарактеризованность клонируемой ДНК |
||
8 |
1 |
нуклеотидная последовательность клонированной ДНК и все кодируемые ею продукты известны |
2 |
нет полной информации о сиквенсе клонированной ДНК или о кодируемых ею продуктах |
|
9 |
1 |
имеется информация о функциях всех нуклеотидных последовательностей, которые используются в регуляции клонированных генов |
2 |
нет полной информации о функциях всех нуклеотидных последовательностей, используемых для регуляции клонированных генов |
|
10 |
1 |
имеется информация о функциях всех используемых ассоциированных последовательностей ДНК |
2 |
нет полной информации о функциях используемых ассоциированных последовательностей ДНК |
|
Наличие в составе клонируемой ДНК генов токсинов или других опасных продуктов (Приложение А) |
||
11 |
1 |
клонированная ДНК или реципиентный микроорганизм не содержат гены (или часть гена), контролирующих токсины, включая нейротоксины, змеиные яды, токсины, влияющие на клеточную мембрану, блокирование связывания кислорода, а также вызывающие ингибирование белкового синтеза |
2 |
клонированная ДНК или реципиентный микроорганизм содержат целый(ые) или часть(ти) гена(ов), способного(ых) контролировать синтез перечисленных выше продуктов. |
|