
- •1. Предмет и задачи биофизики
- •2. Термодинамика
- •3.Биоэнергетика.
- •Электронная схема жизни
- •Трансмембранный электрохимический потенциал – унифицированная форма энергии в клетке
- •Принцип энергетического сопряжения.
- •Законы биоэнергетики.
- •Третий закон биоэнергетики
- •Общая схема энергетических преобразований в клетке Молекулярные механизмы процессов энергетического сопряжения - хемиосмотическая теория Митчела
- •Химические свойства
- •[Править]Роль в организме
- •Пути синтеза
- •Энергетика фотосинтеза
- •Уникальность фотосинтеза как физико-химического процесса.
- •4. Кинетика биологических процессов Кинетическая классификация химических реакций. Типы реакций.
- •Кинетические признаки, лежащие в основе различий простой и сложной реакций
- •Типы простых мономолекулярных и бимолекулярных реакций
- •Особенности кинетики биологических процессов
- •Скорость реакции
- •Зависимость скорости реакции от температуры.
- •Уравнение Аррениуса
- •График Аррениуса для биологических процессов
- •2. Обменно-резонансный.
- •3. Экситонный механизм.
- •Индуктивно-резонансный перенос
- •Что такое свободные радикалы?
- •Классификация свободных радикалов, образующихся в нашем организме
- •Биологические последствия пероксидации липидов
- •9. Биофизика фотобиологических процессов Фотобиологические процессы. Классификация фотобиологических процессов.
- •Участие пигментов в преобразовании энергии квантов
- •Зрение: строение зрительной клетки. Родопсин, фотопревращение родопсина
- •Фотодеструктивные процессы. Их общая характеристика.
- •10. Молекулярная биофизика.
- •Уровни структурной организации белков:
- •Роль слабых взаимодействий ближнего и дальнего порядка в самоорганизации белковой молекулы
- •Структурные и энергетические факторы, определяющие динамическую подвижность белков, потенциал Леннард-Джонса.
- •Конформационные изменения в белке
- •Ферме́нты
- •Ферментативный катализ
- •Электронно-конформационные взаимодействия
- •11. Биофизика механохимических процессов.
- •12.Биофизика мембранных процессов.
- •Мембрана как универсальный компонент биологических систем.
- •Плазматическая мембрана, химический состав биологических мембран
- •Классификация, принципы построения и характеристика мембранных липидов
- •Модельные липидные системы: монослои, мицеллы, липосомы.
- •Фазовые переходы липидов, температура фазового перехода
- •Молекулярная подвижность липидов: сегментарная, вращательная, латеральная, флип-флоп переходы
- •13. Функции биомембран Барьерная функция биомембран
- •Транспорт веществ через биомембраны
- •Движущие силы мембранного транспорта
- •Классификация транспорта веществ через мембраны
- •Механизмы пассивного мембранного транспорта
- •Уравнение Фика
- •Электродиффузионное уравнение Нэрнста-Планка
- •Ионный транспорт через каналы
- •Ионофоры
- •Облегчённая диффузия
- •Транспорт глюкозы в эритроцит
- •Активный транспорт
- •14. Электрические явления в мембранах Ионные токи через возбудимую мембрану
- •Стационарный потенциал Гольдмана-Ходжкина-Катца
- •Изменение мембранного потенциала при возбуждении, потенциал действия.
- •Распространение потенциала действия по нервному волокну
- •Роль локальных токов в распространении пд
- •15. Молекулярные механизмы рецепторных процессов Общая ха-ка процессов передачи информации в клетке: первичные мессенджеры, взаимодействия эффектор-рецептор, пути трансдукции рецепторного сигнала
- •Виды внутриклеточной сигнализации: аденилатциклазный и фосфоинозитидный пути трансдукции рецепторного сигнала
- •Вторичные мессенджеры
2. Обменно-резонансный.
В этом случае происходит обмен электронами триплетных уровней. Для осуществления такого обмена необходимо частичное перекрывание электронных облаков донора и акцептора.
3. Экситонный механизм.
Этот механизм имеет место при больших энергиях взаимодействия. При этом возбуждение передаётся с донора на акцептор раньше релаксации самого донора. При этом может произойти передача сразу на несколько молекул-доноров. Эта область передачи возбуждения называется экситон.
Перенос электрона между взаимодействующими группами происходит по туннельному механизму и сопряжён с изменением конформации молекул.
Индуктивно-резонансный перенос
Индуктивно-резонансный механизм осуществляется при условии слабого взаимодействия между молекулами порядка 10-3 эВ. Время переноса, или время миграции, энергии в этом случае намного превышает время колебательной релаксации. Перенос осуществляется с возбуждением колебательных подуровней, а колебательная релаксация успевает пройти намного быстрее, чем может осуществиться обратный перенос энергии возбуждения. Иными словами, здесь можно пренебречь заселенностью уровня конечного состояния и рассматривать обратный перенос, если он возможен энергетически, как не зависимый от прямого. В этом случае деградация энергии возбуждения в доноре и акцепторе происходит также независимо друг от друга. Возбужденная молекула акцептора релаксирует на нижний колебательный подуровень синглетного ( S1*) возбужденного состояния, откуда излучается свет флуоресценции. За время средней длительности состояния (S1*) донора энергии возбуждение за счет диполь-дипольного взаимодействия передается на акцептор с переводом его на один из верхних колебательных подуровней состояния S1 с последующей релаксацией за время 10-12-10-13 с и переходом на нижние колебательные уровни того же состояния S1. Вероятность переноса энергии для диполь-дипольного межмолекулярного взаимодействия имеет вид:
Wk =
ε(V) f(V) dV,
где
k - коэффициент, зависящий от свойств среды (от показателя преломления); f(φ, θ) - фактор взаимного расположения переходных диполей донора и акцептора; τ0 = 1/p - излучательное время жизни донора в состоянии; p - вероятность флуоресценции; R - расстояние между взаимодействующими молекулами; ε(V) - нормированный к единичной площади спектр излучения донора; см-1; f(V) - нормированный к единичной площади спектр поглощения акцептора, см-1.
Глава 4. Обменно-резонансный перенос энергии. Исследование специфических взаимодействий основных компонентов металлоценовых каталитических систем Понятие “межмолекулярный перенос энергии” относится к безызлучательному, происходящему в один акт переносу энергии электронного возбуждения от молекулы донора D* к молекуле акцептора A. Обменно- резонансный механизм переноса энергии реализуется в том случае, когда излучательные переходы в доноре и акцепторе энергии запрещены правилами отбора. Обменно-резонансный механизм требует перекрывания электронных оболочек взаимодействующих молекул, которое также необходимо и при образовании химических связей, так что можно ожидать корреляции параметров триплет–триплетного (Т–Т) переноса энергии (если он осуществляется по обменно-резонансному механизму) с межмолекулярными (в том числе химическими) взаимодействиями в растворе. Олефины и диены являются субстратами многих каталитических систем, поэтому представляет особый интерес исследование физическими методами их межмолекулярных взаимодействий в многокомпонентных системах. В настоящей работе методом Т–Т переноса энергии от ароматических аминов в стеклообразных растворах определены ранее неизвестные энергии T1-уровня серии олефинов и диенов; продемонстрировано выполнение перреновских зависимостей эффективности тушения фосфоресценции аминов от концентрации непредельного акцептора энергии в растворах при 77 К и определены критические радиусы сферы обменно- резонансного переноса энергии на олефины (см., например, табл. 2) и диены.
ЭКСИТОННЫЙ МЕХАНИЗМ
Экситонный механизм - это бездиссипативный процесс переноса энергии в кристаллах, где возможно возбуждение коллективных состояний. Тогда возбуждением одновременно охватывается несколько сотен молекул. Время колебательной релаксации по подуровням состояния S1 (~10-12 с) существенно больше, чем время переноса (10-13-10-14с). Возбуждение как бы "бежит" по верхним колебательным подуровням взаимодействующих молекул, не успевая локализоваться на каждой из них в отдельности. Область возбуждения, охватывающая одновременно большое число молекул называется экситоном.
Различают когерентный и некогерентный экситоны. Когерентность - это согласованное протекание во времени и пространстве нескольких колебательных или волновых процессов. Когерентный экситон возникает, когда время переноса возбуждения намного меньше времени внутримолекулярной колебательной релаксации. Именно большая величина времени релаксации обеспечивает сохранение фазы возбуждения соседних молекул и образование когерентного экситона. Распространение когерентных экситонов можно представить в виде диффузии экситонного возбуждения по кристаллу:
L =
,
где
L - длина диффузионного смещения; D - коэффициент диффузии; τ0 - время жизни экситона.
Если учитывать экситон-фононные взаимодействия, приводящие к деформации молекул, то оказывается, что появляющаяся при перераспределении энергии по колебательным подуровням локальная деформация перемещается вместе с возбуждением по кристаллу. Такой экситон называется "локализованным" или некогерентным. Движение некогерентного экситона носит характер случайных скачков. Перенос некогерентного экситона носит активационный характер, процесс переноса в основном зависит от деформационных смещений:
D~
,
где
Ea - энергия активации перескока некогерентного экситона.
Наоборот, для когерентного экситона коэффициент диффузии падает с ростом температуры:
D~
.
Таким образом, отличие механизмов переноса возбуждения когерентными и некогерентными экситонами проявляется в температурной зависимости коэффициента диффузии. Понижение температуры наряду с замедлением миграции некогерентного экситона может сильно замедлить деформационные изменения в молекулах. Иными словами при понижении температуры некогерентный экситон может превратиться в когерентный.
Обратимся теперь к миграции энергии в фотосинтетической системе. В работах Дейзенса [76] и других авторов было показано, что миграция энергии в этой системе действительно существует и происходит по резонансному механизму. В принципе возможны четыре различных механизма миграции [75]. При полупроводниковом механизме возбуждение молекулы светом переводит электрон в зону проводимости, после чего образовавшаяся пара разноименных зарядов (электрон и дырка) перемещается в упорядоченной молекулярной системе, в молекулярном кристалле. Однако в хлоропластах молекулярных кристаллов нет, строгий порядок присущ лишь относительно малым ансамблям молекул хлорофилла. Поэтому полупроводниковый механизм маловероятен [75]. Вместе с тем измерения фотопроводимости слоев Chl а и СЫ Ъ показали, что в максимуме фоточувствительности 7050 А свободные носители тока появляются через короткое время после освещения (не более чем через Ю-8 с) [77]. Хлорофилл образует в этих слоях кристаллоподоб-ные упорядоченные структуры.
Упорядоченность молекул пигментов в хлоропластах достаточна для миграции энергии по другим механизмам [78, 79]. Возможна миграция энергии триддетных возбужденных состояний [16] или резонансная миграция энергии экситонного или индуктивного типа. В двух последних случаях диполь-диполь-ное взаимодействие приводит к переносу энергии синглетного возбужденного состояния на невозбужденную молекулу [16, 75, 80]. При экситонной миграции она происходит за времена, сравнимые с периодами колебаний (т.е. за 10~12—10~15 с), на расстояния до 15—18А. Это наиболее быстрый механизм. При миграции индуктивного типа ей предшествует установление термического равновесия возбужденной молекулы со средой, и скорость миграции сильно ЗАВИСИТ от температуры
Свободные радикалы - это молекулярные частицы, имеющие непарный электрон на внешней электронной оболочке и обладающие высокой реакционной способностью. Их изучение ведется методом ЭПР (спиновые ловушки), хемилюминесценции и путем применения ингибиторов реакций, в которых участвуют радикалы определенного типа. Основные радикалы, образующиеся в клетках - это радикалы кислорода (супероксид и гидроксильный радикал), монооксид азота, радикалы ненасыщенных жирных кислот, радикалы, образующиеся в окислительно-восстановительных реакциях (например, убихинол). Радикалы образуются также при действии ультрафиолетовых лучей и в ходе метаболизма некоторых чужеродных соединений (ксенобиотиков), в том числе некоторых препаратов, одно время применявшихся в качестве лекарств.