§ 8. Эндогенные ретровирусы.

Установлено, что 2 % генома человека составляют ретровирусоподобные последовательности. Кроме того, в геноме клеток человека (в том числе и половых) обнаруживаются отдельные эндогенные ретровирусы.

Ретровирусы в настоящее время классифицируются как часть ретроидных элементов (в которые также входят короткие и длинные различные элементы) (табл. 2).

Таблица 2

Характеристика ретроидных элементов

Ретроидный элемент	Количество в геноме	Размер (нуклеотидов)	Компоненты
Короткие различные элементы	До 1 миллиона	100	Промотор, поли-А-последовательность
Длинные различные элементы	До 100000	1000	Промотор, полимераза, поли-А-последовательность
Ретровирусы	До 1000	1000	Промотор, gag, env, полимераза, LTR

В настоящее время эндогенные ретровирусы человека обозначают 4 буквами, например, HERV – human endogenous retrovirus, добавляя букву, характеризующую тип праймера тРНК. Семейство HERV-H содержит до 10000 членов. Некоторые элементы характерны как для людей, так и для приматов. Каждый эндогенный провирус способен нарушать исход вирусной инфекции хозяина сходными классами вирусов следующими способами: 1) программированием иммунного ответа хозяина; 2) создавая барьер суперинфекции блокадой рецепторов.

Предшественниками эндогенных вирусов были полностью функционирующие инфекционные экзогенные ретровирусы. Большинство существующих провирусов, однако, содержат неполные геномы, неспособные кодировать инфекционные вирионы. Следовательно, эволюция и двухфазный жизненный цикл функциональных эндогенных ретровирусов (инфекционное горизонтальное распространение и внутригеномная ретротранспозиция) отражены в современном круге хозяев, структуре и составе последовательностей семейств вирусов и их индивидуальных эндогенных элементах.

Когда появляется новый эндогенный ретровирус (новый в том смысле, что он использует клеточный рецептор, отличающийся от тех, которые используют существующие вирусы у конкретного хозяина), вирус имеет неограниченное количество мишеней. Во время начальных стадий колонизации вида, следовательно, типичная «экзогенная» форма вируса, включающая горизонтальную передачу инфекционного вируса, является доминирующим фактором в перестройке хозяина. Однако, с увеличением колонизации увеличивается количество хозяев, имеющих хотя бы одну вставку нового вируса в геном. Вирусная интерференция (неспособность ретровирусов суперинфицировать клетки, уже содержащие провирус данного семейства) начинает ограничивать эффективность горизонтального распространения. В результате этого внутригеномное распространение путем колонизации генома во время мейоза становится основным способом репликации вирусов. Факторы, ограничивающие внутригеномную экспансию ретровирусов, непонятны до сих пор. Параллельно с внутригеномной локализацией происходит уменьшение отбора полноты и способности продуцировать инфекционные частицы, и провирусные локусы накапливают дефекты в виде точечных мутаций и небольших делеций. В результате этого большинство провирусов являются дефективными.

Эндогенные ретровирусы часто прямо не связаны с развитием какого-либо заболевания.