
- •Революция в современной биологии
- •2. Глобальные проблемы, стоящие перед человечеством и Россией в 21 веке
- •3. Информационный взрыв в молекулярной биологии и генетике
- •4. Характеристики генома человека
- •5. Экспериментальные данные
- •6. Информатика - становой хребет современной науки и цивилизации
- •7. Возникновение информационной биологии
- •8. Актуальные задачи информационной биологии
- •9. Компьютерная система генэкспресс
- •Качественная схема процессов
- •10. База данных genenet: генная сеть
- •11. База данных genenet: классы элементарных структур и событий
- •12. База данных genenet: примеры графического представления
- •13. База данных genenet: формализованное описание элементарных событий
- •15. База данных genenet: основные типы генных сетей
- •16. База данных genenet: центральный фрагмент генной сети
- •17. База данных genenet: химико-кинетическое описание элементарных событий в генной сети
- •19. База данных genenet: примеры соответствия между рассчитанными и экспериментально наблюдаемыми характеристиками системы липидного метаболизма
- •20. База данных genenet: модель генной сети липидного метаболизма
- •21. База данных genenet: фрагмент генной сети активации макрофага
- •22. База данных genenet: моделирование влияния мутации на динамику синтеза no
- •23. База данных genenet: обязательные компоненты
- •24. База данных genenet: фрагмент генной сети дифференцировки и созревания эритроцитов
- •26. База данных genenet: фрагмент генной сети контролирующей процесс апоптоза
- •27. База данных genenet: теория генных сетей
- •28. База данных trrd (Transcription Regulatory Regions Database)
- •29. Моделирование влияния мутаций
- •30. Моделирование влияния мутаций: конформационные особенности
- •31. Моделирование влияния мутаций: конформационные коды двойной спирали
- •32. Моделирование влияния мутаций: полиморфизм по регуляторному району гена duffy
- •33. Моделирование влияния мутаций: сродство регуляторных белков к сайтам определяется конформационными свойствами днк
- •34. Моделирование влияния мутаций: мутации в гене триптофан-диоксигеназы человека
- •36. Описание экспериментальных данных в базе данных тррд
- •37. База данных trrd: описание сайта связывания транскрипционного фактора
- •38. Международное сотрудничество иЦиГ со ран в области информационной биологии
- •39. Международный интеграционный проект
- •Междисциплинарный интеграционный проект со ран n65 “моделирование фундаментальных генетических процессов и систем”
- •Проф. Н.А. Колчанов Член-корр. Ран с.С. Гончаров
- •40. Информационная биология Новосибирского научного центра
- •Член-корреспондент ан ссср Алексей Андреевич Ляпунов
- •41. Заключение
7. Возникновение информационной биологии
Современная биология стала производителем беспрецедентно огромных объемов экспериментальных данных, осмысливание которых невозможно без привлечения современных информационных технологий и эффективных математических методов анализа данных и моделирования биологических систем и процессов.
Прогресс человечества в 21 веке будет неразрывно связан с биологией и информатикой. Ответы на многие глобальные вызовы, стоящие перед современной цивилизацией, критическим образом зависят от развития этих наук, их взаимодействия и использования их достижений.
В ответ на эту острую потребность возникает новая наука - информационная биология. Объектами исследований информационной биологии являются генетические макромолекулы - ДНК, РНК, белки, фундаментальные генетические процессы - репликация, транскрипция, трансляция, генетические сети, функционирование которых обеспечивает выполнение всех функций организмов.
8. Актуальные задачи информационной биологии
Информационная биология относится к числу высоких технологий современной биологии и обеспечивает информационно-компьютерные и теоретические основы генетики и селекции, молекулярной генетики и биологии, генетической и белковой инженерии, биотехнологии, медицинской генетики, генодиагностики, генотерапии, экологии, словом, тех наук, благодаря выдающимся достижениям которых биология превратилась в одну из лидирующих наук грядущего столетия.
Информационная биология занимает в современной биологии ключевую и исключительно важную позицию. Предметом информационной биологии является исследование биологических систем на трех уровнях их организации: (i) молекулярно-генетическом; (ii) организменном и (iii) популяционном и экосистемном.
К числу наиболее актуальных задач информационной биологии относятся:
создание компьютерных баз данных для хранения экспериментальной информации о структуре и функции биологических объектов на всех уровнях их иерархии начиная с молекулярно-генетического, включая организменный и заканчивая популяционным;
разработка алгоритмов и пакетов программ для анализа информации, накапливаемой в перечисленных выше базах данных;
разработка теоретических и компьютерных методов анализа геномов и изучение их информационного содержания;
изучение механизмов хранения, реализации и передачи наследственной информации, закодированной в геномах;
создание компьютерных технологий моделирования молекулярно-генетических систем и процессов, в том числе фундаментальных: репликации, транскрипции и т.д.;
моделирование структурной организации и функции генетических макромолекул, молекулярных взаимодействий между ними;
изучение закономерностей эволюции генетических макромолекул и молекулярно-генетических систем;
разработка теоретических и информационно-компьютерных основ моделирования молекулярно-генетических систем-продуцентов с заданными свойствами;
создание математических моделей функционирования клеток и целых организмов на основе информации, записанной в их геномах;
создание математических моделей воспроизведения, функционирования и эволюции популяций и экосистем;
разработка теоретических основ фармакологии, биотехнологии и агробиологии нового поколения.