Флора і фауна заповідника
Чаткальського заповіднка багата і різноманітна, багато видів рослин і тварин занесені до "Червоної книги". Умовно територія заповідника поділяється на три рослинних пояси: гірничо-степовий (1000-1600 м над рівнем моря), деревно-чагарниковий (1600-2400 м над рівнем моря) і субальпійський (понад 2400 м над р.м.) . І скрізь рослинність і тваринний світ проявляє себе по-різному: кожному поясу відповідають свої види, свій клімат, своя різноманітність. Рослинність заповідника різноманітна, і за пройдені десятиліття з моменту створення заповідника, на рослинний світ не чинилося сильного антропогенного впливу, в результаті чого зовнішній рослинний покрив досить сильно відрізняється від рослинності за межами заповідника. Перш за все, можна говорити про його густоту та розмаїття.
Всього вивчено близько 800 видів рослин. Тут зустрічаються такі види деревно-чагарникових форм як: природні зарості арчі і березові гаї а також тополя, клен, верба, каркас, яблуня, алича, грецький горіх, абрикос, жимолость, кизильник, вишня магалебська, глід, горобина, фісташка справжня, чорна смородина, шипшина. Трав'янистий покрив складають такі види як: ферула, прангос, борщівник, типчак, аканталімон алатавскій, остролодочнік арасанскій, звіробій, зизифора, алцея, таран, вика, материнка, деревій, і більше рідкісні, наприклад такі як - тюльпани Грейга і Кауфмана, бересклет компмана, аллохруза, кпальніца алтайська.
З тваринного світу зустрічаються: центрально-азіатський козел, кабан, козуля, дикобраз, борсук, кам'яна куниця, ведмідь, туркестанська рись, бабак Мензбира, реліктовий ховрашок, сніжний барс (ірбіс). З птахів на території Чаткальського заповідника поширені кеклик, улар, сіра куріпка, звичайний ремез, бухарська синиця, сіра мухоловка, золотиста щурка, сивоголовий щиголь, гірська славка, деряба, чорний гриф, білоголовий сип, бородань-ягнятник, беркут і багато інших. Побачити багатьох з тварин в світлий час доби неозброєним оком практично неможливо. Тут потрібна особлива вправність, знання і необхідний інвентар.
Історична пам'ятника людської діяльності заповідника можна віднести петрогліфи - наскельні малюнки стародавніх людей (мисливці кам'яного віку та інших періодів старанно працювали над висічених їх у твердій скелястій породі) Петрогліфи знайдені також в Шавазсае (Башкизилсайскій ділянка), Терексае (урочище Карабузук), у верхів'ях Ташкескена та ін місцях. Петрогліфи зображують окремих тварин, таких як козли і олені, а також сцени полювання на них. наскальні малюнки оповідають нам, про те, що в ті далекі часи людина вже проникав в ці віддалені райони з метою полювання на диких тварин.
Зараз заповіднику присвоєно статус "біосферного", і він включений до списку всесвітньої спадщини UNESCO, що особливо охороняється. Співробітники заповідника ведуть велику наукову роботу, за його охорони і вивчення. Ведеться щорічна так звана "Літопис природи", де відображаються всі природні процеси, що відбуваються в заповіднику. За минулі роки, з початку заснування заповідника, опубліковані в наукових колах різні матеріали, випущені в світ п'ять випусків "Праць Чаткальского заповідника". Ведеться всебічна робота з популяризації ідей охорони природи.