Добавил:
Upload Опубликованный материал нарушает ваши авторские права? Сообщите нам.
Вуз: Предмет: Файл:
Rozdil_28.doc
Скачиваний:
0
Добавлен:
01.05.2025
Размер:
794.62 Кб
Скачать

Біохімія в мережі Інтернет

12. ТАТА зв’язуючий протеїн і ТАТА рамка Для виявлення взаємодій між транскрипційними факторами і ДНК зайдіть в Протеїновий Банк Даних (Protein Data Bank, www.rcsb.org/pdb) і завантажте PDB файл 1TGH. Цей файл моделює взаємодії між людським ТАТА-зв’язуючим протеїном і сегментом подвійної спіралі ДНК. Використайте Noncovalent Bond Finder на сторінці Chime Resources (www.umass.edu/microbio/chime/) для виявлення ролі водневих зв’язків і гідрофобних взаємодій залучених у механізмі приєднання цього транскрипційного фактору до ТАТА рамки.

(а) Які з основ ДНК формуватимуть водневі зв’язки із протеїном? Які з них долучаться до специфічної ідентифікації ТАТА рамки цим протеїном? (Довжина водневого зв’язку між донором і акцептором водню становить від 25 до 33 нм).

(б ) Які із залишків амінокислот протеїну взаємодіятимуть із цими парами основ? Чому Ви так думаєте? Чи ці спостереження узгоджуються із інформацією представленою в тексті?

(в) Якою є послідовність нуклеотидів в цій моделі і яка ділянка ДНК розпізнається ТЗП?

(г) Чи змогли б Ви ідентифікувати будь-які гідрофобні взаємодії в цьому комплексі? (Гідрофобні взаємодії мають місце у випадку дистанції між атомами від 33 до 40 нм).

56

Соседние файлы в предмете [НЕСОРТИРОВАННОЕ]