Вычисления.

Расчёт параметров PCR

Программа помогает оценить сбалансированность PCR реакции (по нуклеотидам и праймерам) и необходимое число циклов. Рассчитывается общее количество и концентрация полученного продукта. Оценивается, с какого цикла амплификация перестаёт быть экспоненциальной. Программа сама выбирает наиболее удобные единицы измерения для представления результатов ("µg/µl", "ng/µl" или "pg/µl"). Можно выбрать единицу измерения самому, программа спорить не станет и пересчитает.

Спектрофотометрическое измерение концентрации нукл. кислот

Расчёт концентрации нуклеиновых кислот по оптической плотности (ДНК, РНК, олигонуклеотиды). Можно обсчитывать как одиночные измерения, так и серии измерений. Результат выводится для концентрации образца в исходной пробирке (так как учитывается разведение). Кроме того, программа разберётся, какая единица измерения будет самой удобной: "µg/µl", "ng/µl" или "pg/µl". Можно выбрать единицу измерения самому, программа пересчитает. Имеется help.

Пересчёт скорости вращения в ускорение

Пересчёт скорости вращения [rpm] центрифуги в ускорение [kg] и обратно. Для расчёта надо измерить (или посмотреть в описании центрифуги) радиус ротора.

Вычисление времени роста бактерий

"Прогнозирование" роста бактерий. Это важно при приготовлении химически компетентных и электрокомпетентных клеток, экспрессии белков. Программу можно использовать и для других организмов на логарифмической стадии роста. Кроме того, оценивается точность прогноза. Имеется help.

Связь биологического количества dNTP’s с радиоактивностью

Пересчёт активности меченных дидезоксинуклеотидов в массу и молярное количество. Это бывает полезно при оценке того, сколько матрицы следует брать для меченья ДНК или РНК.

Конверсия

Конверсия: масса - моли (для белков).

Пересчёт для белка с известным молекулярным весом массы (или весовой концентрации) в моли (или молярную концентрацию) и обратно. Программа разберётся, какая единица измерения будет самой удобной, например "mol", "mmol", "µmol", "nmol", "pmol", "fmol" или "amol". Можно выбрать единицу измерения самому, программа спорить не станет и пересчитает. Имеется help.

Конверсия: масса - моли (для нукл. кислот)

Пересчёт для нукл. кислот (ДНК, РНК, олигонуклеотид) массы (или весовой концентрации) в моли (или молярную концентрацию) и обратно. Программа разберётся, какая единица измерения будет самой удобной, например "mol", "mmol", "µmol", "nmol", "pmol", "fmol" или "amol". Можно выбрать единицу измерения самому, программа спорить не станет и пересчитает. Имеется help.

Конверсия ДНК/белок

Простенькая оценка, какого размера требуется ген для синтеза белка данного молекулярного веса и наоборот, какого размера получится белок для ORF данного размера.

Пересчёт молярного количества в молярную концентрацию

Пересчёт молярного количества [mol] в молярную концентрацию [M]. Нужно задать объём раствора и всё. Программа разберётся, какая единица измерения будет самой удобной, например "mol", "mmol", "µmol", "nmol", "pmol", "fmol" или "amol". Можно выбрать единицу измерения самому, программа спорить не станет и пересчитает. Имеется help.

Конверсия единиц измерения

Пересчёт единиц измерения. Например: сколько миллиметров в дюйме. Пересчёты для длины; площади; объёма; угла; времени; скорости; ускорения; силы; давления; энергии; мощности; массы; температуры и радиоактивности. Кратные и дольные приставки. Практически все физические величины. Если чего то не хватает, пишите, добавим. Имеется help.

Прописи растворов

Таблицы с прописями приготовления растворов позволяют рассчитывать количество реактивов для произвольных объёмов. Таблицы работают следующим образом: в крайнюю правую верхнюю позицию таблицы нужно ввести финальный объем раствора в. После нажатия на кнопку "Расчёт" (или клика вне этогй позиции) будут вычисленны веса/объёмы всех компонентов раствора для указанного объёма.

Прописи для обычно используемых растворов можно найти в главе "Приготовление растворов". Кроме того, в протоколах имеются собственные списки реактивов. Они тоже обеспечивают пересчёт (например, пропись для приготовления белкового геля).

Инструкция по работе с прописями растворов откроется в новом окне при нажатии на эту кнопку:

MolBiol.ru: http://molbiol.ru

e-mail: redactor@molbiol.ru

просмотров: 97713

Смотри также:

/ссылки на сетевые ресурсы/

"Laboratory Calculators" компании LabVelocity. Особенно понравились "Centrifugation Calculator" - за то, что сделан добротно; "Molar Mass Calculator" - иногда действительно полезная штука; "Periodic Table of the Elements" - тоже красиво. /ссылку прислал Сергей Губанов; компания "Bioline"/

BioMath на сайте компании Promega.

Oligo Analyzer 2.5 - онлайн анализ свойств олигонуклеотидов (в том числе и с модифицированными основаниями) - молекулярный вес, коэффициент экстинкции, шпильки, димеры и т.п. на сайте Integrated DNA Technologies.

"Primer Design page"; "Oligonucleotide Properties Calculator" и "Peptide Property Calculator" на сайте Northwestern University Medical School /ссылку прислал Дмитрий Замяткин/.

"Biotinylation Reagent Selection Guide" и "Cross-Linkers Selection Guide" - две программы с сайта компании Pierce Biotechnology. Нужно задать ряд параметров, и будет выведен список подходящих реактивов. /ссылку прислал Midgardsormen/

--- страница форума с комментариями --

>> полная картинка и описание >>

-- как прислать био-картинку --

Дополнения, комментарии, вопросы

Люди знающие! Здесь недостаёт того, что знаете вы, но не знал или забыл автор. Этой страницей пользуются ваши коллеги. Пожалуйста, поделитесь с ними опытом. Пригодится всё, что поможет в работе.

pilgrim /30.10.2006 13:31/

Предлагаю пользователям molbiol на рассмотрение созданную мною утилиту для рассчета параметров олигонуклеотидов.

Утилиту можно найти здесь - OligoCalculator v1.0 ( http://andrew3d.net/index.php?page_id=3005 ).

Приветствуются комментарии и замечания по улучшению утилиты.