Принципи класифікації мікробів

Перші спроби класифікації мікробів за морфологічними ознаками відносяться до 18 ст. Але мінімальних знань, накопичених в той час, виявилось недостатньо, і ці істоти були віднесені Лінеєм до типу “Хаос”. Тільки коли наприкінці 19-го сторіччя стали вивчати фізіологічні ознаки мікробів, Виноградський та Бейеринк запропонували створити класифікацію, яка враховувала комбінацію двох груп ознак. Але всі створені таким чином класифікації мікросвіту є фенетичними (штучними). Вони призначені для вирішення практичних задач, тобто – для швидкої ідентифікації мікроорганізмів. Найкращою і загальноприйнятою є класифікація Бергі, яку періодично видає Товариство американських бактеріологів (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology). Перше видання вийшло з друку під редакцією Д.Х. Бергі в 1923 році, а над останнім (90-ті роки 20 ст.) працювало більше 100 авторів.

Система назв (тобто, номенклатура) в мікробіології формується згідно правилам Міжнародного кодексу номенклатури мікроорганізмів, останній варіант якого затверджено в 1980 році. Мікробіологічна номенклатура – бінарна: перше слово визначає назву роду, друге – виду.

Перше слово латинської назви – назва роду - характеризує або важливу морфологічну чи фізіологічну ознаку або є прізвищем вченого, який відкрив дану групу мікробів. Родові назви Pasterella, Brucella та Iersinia дані на честь Пастера, Брюса та Йерсена. Родові назві іншого типу – Streptococcus, Azotobacter та Bacillus – говорять про певні ознаки клітин:

• мікроорганізм кулястої форми, клітини якого з’єднані в ланцюг (Streptococcus);

• мікроорганізм паличковидної форми, здатний до засвоєння азоту повітря (Azotobacter);

• мікроорганізм, який утворює спору в несприятливих умовах (Bacillus).

Друге слово латинської назви – назва виду – може означати:

• місце існування мікроорганізма – E. Coli (кишечник);

• хворобу , яку він викликає – Bac.anthracis (сибірка);

• тварину, яка є його хазяїном – Myc.avium (птиця);

• назву патологічного процесу – Bruc.abortus (аборт);

• фізіологічну особливість мікроба (колір речовини, яка визначає забарвлення колонії або назва речовини, яку мікроб розщеплює або виділяє) – St. аureus (золотистий колір колонії),

Навіть в наш час ще неможливо скласти остаточну філогенетичну систематику, яка відображала б еволюційну спорідненість мікроорганізмів. В 60-ті роки 20 сторіччя сподівались, що аналіз нуклеотидного складу ДНК допоможе виявити генетичну спорідненість різних родів та видів. В останніх виданнях довідника Бергі наводиться коефіцієнт специфічності (процентне відношення суми Г+Ц до загальної суми всіх нуклеотидів – А+Т+Г+Ц – в молекулі ДНК). Але виявилось, що такий коефіцієнт може бути практично однаковим у мікробів, що належать до абсолютно різних таксонів. З останньої чверті 20 ст. вивчення еволюційної спорідненості мікроорганізмів стало можливим, і маркером спорідненості є молекули рибосомальної РНК (16S рРНК та 5S рРНК). Особливості складу цих молекул проаналізовано для декількох сотен видів. Узагальнення отриманих даних дозволить побудувати таку класифікацію мікроорганізмів, яка зможе враховувати етапи еволюції мікробів.

В складі кожного виду мікроорганізмів існують, так звані клітинні лінії, що позначаються термінами „штам” і „клон”

Представники одного виду мікробів
Штами – клітини, які існують в різних умовах навколишнього середовища		Клони – нащадки одної клітини.
Штам №1	Штам №2	Клон №1	Клон №2
Морфологія однакова, фізіологія та генетика – різні		Морфологія, фізіологія та генетика – абсолютно однакові

Рис. 3 Характеристика штамів і клонів

У мікробіології використовують додаткові терміни, синонімічні терміну “штам”, які підкреслюють особливу ознаку мікроорганізма (варіанту):