
- •I. Огляд літератури
- •1. Дріжджі Saccharomyces cerevisiae – універсальний модельний організм.
- •1.1. Дріжджі Saccharomyces cerevisiae як експериментальна система молекулярної біології
- •1.2 Експериментальні підходи у молекулярній біології дріжджів
- •2.1 Структура Ту-елементів
- •2.2 Транспозиція Ту-елементів
- •3. Альтернативні системи мультикопійної інтеграції векторів у Saccharomyces cerevisiae
- •3.1 Альтернативна система мультикопійної інтеграції у Saccharomyces cerevisiae з використанням субтеломерних y’-елементів
- •2. Матеріали і методи досліджень
- •2.1. Матеріали досліджень
- •2.2. Організми
- •2.3. Поживні середовища та умови культивування
- •2.4. Визначення біомаси клітин
- •2.5. Методи досліджень
- •2.5.1. Рестрикційний аналіз днк
- •2.5.2. Дефосфорилювання
- •2.5.3. Елюція фрагментів днк з агарозного гелю
- •2.5.4. Лігування днк-вставки з днк-вектором
- •2.5.5. Електрофорез днк в агарозному гелі
- •2.5.6. Виділення плазмідної днк з клітин e.Coli
- •2.5.7. Електротрансформація клітин е. Сoli
- •2.5.8. Полімеразна ланцюгова реакція (плр)
- •2.5.9. Виділення хромосомної днк з клітин s. Сerevisiae
- •2.5.10. Довготривале зберігання бактерійних та дріжджових трансформантів
- •2.5.11. Трансформація дріжджів s. Сerevisiae Li-Ac методом (хімічна трансформація)
- •2.5.12. Визначення стабільності дріжджових трансформантів
- •2.5.13. Отримання безклітинного екстракту
- •2.5.14. Визначення концентрації білка у безклітинних екстрактах методом Лоурі
- •2.5.15. Визначення активності лужної фосфатази
- •3. Результати
- •3.1 Модифікація гена kanMx4, що забезпечує резистентність до антибіотика генетицину.
- •3.2. Конструювання рекомбінантних штамів s. Cerevisiae з надекспресією інтактної та вкороченої форми гена pho8.
2.5.10. Довготривале зберігання бактерійних та дріжджових трансформантів
Для довготривалого зберігання бактерійні трансформанти вирощують в пробірках (3 мл) селективного середовища при 37оС протягом ночі. Клітини осаджують центрифугуванням при 4000 об/хв протягом 5-10 хв. 0,5 мл клітин вносять у мікропробірку з 0,5 мл 70 % стерильного холодного гліцерину, заморожують та зберігають при -70 оС.
Дріжджові трансформанти вирощують в пробірках (3 мл) YPМ середовища при 30оС протягом ночі. Клітини осаджують центрифугуванням при 3000 об/хв протягом 5-10 хв. 0,5 мл клітин вносять у мікропробірку з 0,5 мл 70 % стерильного холодного гліцерину, заморожують та зберігають при -70оС.
2.5.11. Трансформація дріжджів s. Сerevisiae Li-Ac методом (хімічна трансформація)
В 200 мл (100 мл) YPМ інокулюють 1 мл (0,5 мл) нічної культури дріжджів та вирощують до ОД600 = 1.
Клітини осаджують, промивають стерильною водою, та ресуспендують у 1 мл LiAc/TE буферу (0.1М Літій ацетат , 10 mM Tris–HCl, 1 mM EDTA pH=7.5).
Інкубують протягом години при 30ºС, повторно осаджують клітини і ресуспендують у свіжому LiAc/TE буфері до концентрації 5×109 клітин/мл (OD600 ≈100).
Додають аліквоти клітин по 50 мкл
0,5 – 10 мкг ДНК (в ≤ 10 мкл об’ємі) та 250 мкл 50% поліетиленгліколю у суміші із трансформаційним буфером додають до суспензії. Інкубують при 30 оС протягом 30 хв.
Клітини переносять на водяну баню, витримують 15 хв при 42ºС, після чого переносять на лід на 1 хв.
Клітини осаджують 10 хв при 3000 об/хв і ресуспендовують в 1 мл YPМ. Інкубують 1,5-2 години та висівають на селективне середовище.
Інкубують протягом 3-5 днів при 30 ºС.
2.5.12. Визначення стабільності дріжджових трансформантів
Окремі клони трансформантів засівають у рідке неселективне поживне середовище (YРМ) та інкубують при 37°С протягом 15 генерацій (22,5 год. для S. сerevisiae). Клітинну суспензію розводять і засівають на чашки з неселективним агаризованим YРМ. Інкубують протягом 2 діб при 30°С та роблять відбитки колоній на чашки з селективним середовищем (YPD + зеоцин, YPD + генетицин, YNB + leu, ura, trp). Після інкубації протягом 3 діб, 30°С визначають кількість клітин, що зберегли потрібний фенотип.
2.5.13. Отримання безклітинного екстракту
Дріжджові клітини осаджували центрифугуванням на 3000 g протягом 3 хв при 40С в мікропробірках типу еппендорф. Супернатант відбирали, а клітини промивали 1 мл дистильованої води та двічі буфером для промивання за тих же умов центрифугування. Клітини, що залишилися, зберігали на -200С і використовували для приготування безклітинного екстракту.
До мікропробірок типу еппендорф із досліджуваними клітинами додавали „балотіні” (скляні кульки) рівного об’єму і такий же об’єм буферу для руйнування клітин. Руйнували на дезінтеграторі протягом 2 хв (6 разів з двохвилинним охолодженням). Гомогенат центрифугували на 14000g×20 хв при +40С. Отриманий екстракт використовували для визначення білка та активності фермента лужної фосфатази.
Буфер для руйнування клітин: 50 mM Tris-HCl pH 7,5; 2 mM EDTA.