
- •1. Микробиология, ее роль и значение. Краткий исторический очерк развития мб. Место прокариот в эволюции. Отличительные признаки эукариот и прокариот.
- •2. Морфологические и тинкториальные свойства бактерий. Методы окраски. Методы микроскопии.
- •3. Ультраструктура и химический состав бактериальной клетки. Особенности строения грамположительных и грамотрицательных бактерий.
- •4. Подвижность бактерий. Методы определения подвижности. Споры и процесс спорообразования.
- •5. Размножение и рост бактерий. Кривая роста, основные фазы.
- •6. Морфология грибов. Классификация. Распространение и роль в природе.
- •7. Цианобактерии. Классификация. Распространение и роль в природе.
- •8. М/о и окружающая среда. Влажность, температура, кислотность среды, влияние кислорода, гидростатическое давление, хим. Факторы, радиация (излучение).
- •Влажность
- •Химические факторы
- •Биологические факторы
- •9. Потребности прокариот в пит.Веществах. Факторы роста микроорганизмов. Способы и типы питания. Поступление пит.Веществ в клетку. Обмен веществ между клеткой и средой.
- •10. Основные понятия культивирования бактерий. Искусственные питательные среды, их классификация. Требования, предъявляемые к питательным средам.
- •11. Принципы и методы выделения чистых культур бактерий. Идентификация бактерий, основные этапы.
- •12.Действие физических и химических факторов на микроорганизмы. Понятие о стерилизации, дезинфекции, асептике и антисептике. Способы стерилизации, аппаратура.
- •14. Универсальные формы энергии бактериальной клетки. Субстратное и мембранозависимое фосфорилирование.
- •15. Способы получения энергии бактериями (дыхание, брожение). Методы культивирования анаэробов.
- •16. Культивирование аэробов. Периодическое и непрерывное культивирование.
- •17. Энергетический и конструктивный метаболизм. Понятие о катаболизме и биосинтезе. Общая характеристика.
- •19. Фототрофные прокариотные и эукариотные микроорганизмы. Биосинтетические процессы, ассимиляция углекислоты. Значение цикла трикарбоновых кислот и глиоксилатного шунта.
- •20. Типы брожений: молочнокислое и спиртовое брожение. Роль в природе и значение в промышленности.
- •21. Маслянокислое брожение.
- •22. Пропионовокислое и муравьинокислое брожение.
- •23. Бактериологическое исследование различных объектов.
- •24. Генотип и фенотип микроорганизмов. Изменчивость микроорганизмов. Модификации, мутации, диссоциации бактерий.
- •25. Антибиотики: классификация по источнику получения, способу получения. Классификация по химической структуре, по механизму и спектру действий.
- •27. Методы культивирования вирусов.
- •28. Типы взаимодействия вируса с клеткой. Фазы репродукции вирусов.
- •29. Бактериофаги. Взаимодействие фага с бактериальной клеткой. Умеренные и вирулентные бактериофаги. Лизогения, применение фагов в медицине и биотехнологии.
- •30. Строение генома бактерий. Особенности репликации бактериальной хромосомы. Механизмы передачи генетического материала у бактерий.
- •31. Плазмиды бактерий, их функции и свойства. Использование плазмид в генной инженерии.
- •33. Роль микроорганизмов в круговороте углерода.
- •34. Роль микроорганизмов в круговороте азота.
- •35. Взаимоотношение микроорганизмов. Антагонизм, нейтрализм, симбиоз.
- •36. Симбиотическая и не симбиотическая азотфиксация.
- •37. Процессы нитрификации и денитрификации.
- •38. Роль микроорганизмов в циклах серы и железа.
- •39. Микрофлора воздуха.
- •40. Микрофлора воды.
- •41. Микрофлора почвы.
- •42. Систематика м/о. Группа 1. Спирохеты. Группа 2. Аэробные, вибриоидные, грамотрицательные бактерии.
- •43. Группа 3. Неподвижные грамотрицательные изогнутые бактерии.
- •44.Группа 4. Грамотрицательные аэробные палочки и кокки.
- •46.Группа 6. Анаэробные грамотрицательные прямые, изогнутые или спиралевидные палочки.
- •47.Группа 8. Анаэробные грамотрицательные кокки.
- •48. Группа 9. Риккетсии и хламидии.
- •49. Группа 10. Аноксигенные фототрофные бактерии.
- •50. Группа 12 Аэробные хемолитотрофные бактерии и близкие организмы
- •51. Группа 13. Почкующиеся и/или образующие выросты бактерии
- •52. Группа 14. Бактерии, имеющие чехлы
- •53. Группа 15. Нефотосинтезирующие скользящие бактерии, не образующие плодовых тел.
- •54. Группа 16. Скользящие бактерии, образующие плодовые тела
- •55. Группа 17. Грамположительные кокки
- •56. Группа 18. Образующие эндоспоры грамположительные палочки и кокки
- •57. Группа 19. Не образующие спор грамположительные палочки правильной формы.
- •58. Группа 20. Не образующие спор грамположительные палочки неправильной формы.
- •59. Группа 21. Почкующиеся и/или стебельковые бактерии.
- •60. Группы 22-29. Актиномицеты.
- •61. Группа 30. Микоплазмы.
14. Универсальные формы энергии бактериальной клетки. Субстратное и мембранозависимое фосфорилирование.
ВЫСОКОЭНЕРГЕТИЧЕСКИЕ СОЕДИНЕНИЯ. АТФ — УНИВЕРСАЛЬНАЯ ФОРМА ХИМИЧЕСКОЙ ЭНЕРГИИ В КЛЕТКЕ
У прокариот существует несколько типов богатых энергией химических соединений. Самую большую группу составляют соединения с высокоэнергетической фосфатной связью: ацилфосфаты, фосфорные эфиры енолов (фосфоенолпируват), нуклеотидди- и трифосфаты, аденозинфосфосульфат. Другая распространенная группа — соединения с высокоэнергетической тиоэфирной связью — ацилтиоэфиры.
Эти соединения характеризуются тем, что по крайней мере одна из входящих в состав молекулы групп имеет высокий энергетический потенциал. При переносе этой группы происходит разрыв связи, соединяющей ее с молекулой, что приводит к резкому уменьшению свободной энергии, заключенной в молекуле химического соединения. Такие связи называются высоко-энергетическими, или макроэргическими. Присоединение группы с высоким энергетическим потенциалом к молекуле-акцептору повышает уровень ее свободной энергии, переводя, таким образом молекулу в активированную форму, в которой это соединение может участвовать в биосинтетических реакциях.
Центральное место в процессах переноса химической энергии принадлежит системе АТФ. АТФ образуется в реакциях субстратного и мембранзависимого фосфорилирования. При субстратном фосфорилировании источником образования АТФ служат реакции двух типов:
I. Субстрат ~ Ф20 + АДФ « субстрат + АТФ;
II. Субстрат ~ X + АДФ + ФцН « субстрат + Х + АТФ.
20 Символ "~", введенный американским биохимиком Ф. Липманом (F. Lipmann), служит для обозначения макроэргической связи.
В реакциях первого типа осуществляется перенос высокоэнергетической фосфатной группы от молекулы-донора на АДФ катализируемый соответствующими киназами. Реакциями такого типа являются реакции субстратного фосфорилирования на пути анаэробного превращения Сахаров. У прокариот, имеющих ЦТК, реакция превращения сукцинил-КоА в янтарную кис лоту сопровождается запасанием энергии в фосфатной связь ГТФ, который затем отдает фосфатную группу АДФ. Эту реакцию можно рассматривать как реакцию субстратного фосфорилирования второго типа.
АТФ образуется также за счет энергии Dm в процессе мембранзависимого фосфорилирования. В общих чертах этот механизм фосфорилирования изложен в следующем разделе.
Молекула АТФ содержит две макроэргические фосфатные связи, при гидролизе которых высвобождается значительное количество свободной энергии:
АТФ + H2 ® АДФ + ФН; DG0' = –31,8 кДж/моль;
АДФ + H2 ® АМФ + ФН; DG0' = –31,8 кДж/моль;
Отщепление последней фосфатной группы от молекулы АМФ приводит к значительно меньшему высвобождению свободной энергии:
АМФ + H2 ® аденозин + ФН; DG0' = –14,3 кДж/моль;
Молекула АТФ обладает определенными свойствами, которые и привели к тому, что в процессе эволюции ей была отведена столь важная роль в энергетическом метаболизме клеток. Термодинамически молекула АТФ нестабильна, что вытекает из большой отрицательной величины DG ее гидролиза. В то же время скорость неферментативного гидролиза АТФ в нормальных условиях очень мала, т. е. химически молекула АТФ высокостабильна. Последнее свойство обеспечивает эффективное сохранение энергии в молекуле АТФ, поскольку химическая стабильность молекулы препятствует тому, чтобы запасенная в ней энергия бесполезно рассеивалась в виде тепла. Малые размеры молекулы АТФ позволяют ей легко диффундировать в различные участки клетки, где необходим подвод энергии извне для выполнения химической, осмотической, механической работы.
И наконец, еще одно свойство молекулы АТФ, обеспечившее ей центральное место в энергетическом метаболизме клетки. Изменение свободной энергии при гидролизе АТФ составляет — 31,8 кДж/моль. Если сравнить эту величину с аналогичными величинами для ряда других фосфорилированных соединений, то мы получим определенную шкалу. На одном из ее полюсов будут расположены фосфорилированные соединения, гидролиз которых приводит к высвобождению значительного количества свободной энергии (высокие отрицательные значения DG). Это так называемые "высокоэнергетические соединения". На другом полюсе будут располагаться фосфорилированные соединения, DG гидролиза которых имеет невысокое отрицательное значение ("низкоэнергетические" соединения). Пример высокоэнергетического соединения — фосфоенолпировиноградная кислота (DG0' = –58,2 кДж/моль), низкоэнергетического — глицеро-1-фосфат (DG0' =—9,2 кДж/моль). АТФ на этой шкале занимает промежуточное положение, что и дает ему возможность наилучшим образом выполнять энергетические функции: переносить энергию от высокоэнергетических к низкоэнергетическим соединениям.
Если часто АТФ называют "энергетической валютой клетки, то, продолжая эту аналогию, можно сказать, что "валютная единица" выбрана клеткой в процессе эволюции весьма рационально. Порция свободной энергии в макроэргической фосфатной связи АТФ — это как раз та энергетическая порция, использование которой в биохимических реакциях делает клетку высокоэффективным энергетическим механизмом.
DmH+ — ВТОРАЯ УНИВЕРСАЛЬНАЯ ФОРМА КЛЕТОЧНОЙ ЭНЕРГИИ
В течение длительного времени считали, что АТФ и другие высокоэнергетические соединения, находящиеся в равновесии с ним, представляют собой единственную форму энергии, которая может использоваться живыми клетками во всех энергозависимых процессах. Вопрос о характере связи между транспортом электронов, с одной стороны, и превращением фосфорных соединений, с другой, долгое время оставался неясным. Было установлено, что использование энергетических ресурсов (органических или неорганических соединений при дыхании, света при фотосинтезе) связано с переносом электронов по цепи, состоящей из белковых и небелковых компонентов, способных к обратимому окислению — восстановлению. В результате этого переноса освобождающаяся на отдельных участках дыхательной или фотосинтетической цепи энергия трансформируется в химическую энергию фосфатных связей АТФ. Молекулярный механизм фосфорилирования, сопряженный с электронным транспортом, был неизвестен.
Позднее были получены экспериментальные данные о существовании еще одной формы энергии, также используемой клеткой для совершения разного рода работы. Открытие этой формы энергии принадлежит английскому биохимику Питеру Митчеллу (Р. Mitchell), разработавшему в 60-х гг. хемиосмотическую теорию энергетического сопряжения, объясняющую превращение (трансформацию) энергии, освобождающейся при электронном транспорте, в энергию фосфатной связи АТФ. П. Митчелл постулировал, что при переносе электронов по окислительно-восстановительной цепи, локализованной в мембранах определенного типа, называемых энергопреобразующими, или сопрягающими, происходит неравномерное распределение H+ в пространстве по обе стороны мембран. Предложенная им модель предусматривает определенное расположение переносчиков электронов в сопрягающей мембране, например ЦПМ, которые могут быть погружены в глубь мембраны или локализованы у наружной и внутренней ее поверхностей так, что образуют "петли" в цепи переноса электронов. В каждой "петле" (у прокариот электронтранспортные цепи в сопрягающих мембранах могут формировать разное число "петель") два атома водорода движутся от внутренней стороны ЦПМ к наружной с помощью переносчика водорода (например. хинона). Затем два электрона возвращаются к внутренней стороне мембраны с помощью соответствующего электронного переносчика (например, цитохрома), а два протона освобождаются во внешнюю среду.
Молекулы, имеющие отрицательный заряд (глюконат, глутамат, H2PO4–), котранспортируются с H+ в электронейтральной форме за счет только DpH. Положительно заряженные молекулы и ионы переносятся через мембрану в цитоплазму по механизму унипорта с использованием в качестве движущей силы электрического компонента DmH+. Таким путем осуществляется перенос в клетку, например, ионов К+ или лизина. Примером антипортной системы может служить откачивание из цитоплазмы ионов Na+, происходящее в обмен на поступление в нее ионов H+. Движущей силой процесса является DpH.
Все это позволяет рассматривать энергию в форме DmH+ (наряду с АТФ) как широко используемую внутри клетки. Преобразование энергии в клетке прокариот схематически изображено на. Как видно из этой схемы, АТФ и DmH+ можно считать двумя взаимопревращаемыми "энергетическими валютами" клетки, каждая из которых способна служить источником энергии для выполнения химической, осмотической, механической работ.
ДЛЯ ЧЕГО КЛЕТКЕ НЕОБХОДИМЫ ДВЕ ФОРМЫ ЭНЕРГИИ?
АТФ участвует в реакциях, протекающих в цитоплазме, т е. в форме АТФ энергией обеспечиваются все процессы, протекающие в водной среде. К числу последних относится большинство биосинтетических реакций. Помимо этого АТФ служит источником энергии для протекания ряда мембранзависимых процессов.
Энергия протонного градиента связана исключительно с мембранами, которые являются н необходимым компонентом Для его образования. Поэтому энергией в форме DmH+ могут обеспечиваться только процессы, локализованные на мембране. Таким образом, у DmH+ более узкая область приложения. В то же время использование клеткой энергии в форме DmH+ имеет определенные преимущества: DmH+ в форме его электрической составляющей — более удобная форма энергии для внутри- и межклеточной транспортировки. Скорость переноса энергии посредством диффузии АТФ в цитоплазме значительно медленнее, чем скорость передачи Dy по мембранам. Диффузия АТФ может быть сильно затруднена в клетках с развитой системой внутрицитоплазматических мембран. Наконец, перенос энергии посредством диффузии АТФ совсем неэффективен, если речь идет о межклеточном транспорте энергии, что важно для многоклеточных организмов. В этом случае эффективность передачи энергии по мембранам наиболее очевидна. Энергия в форме DmH+ не содержится в виде определенных порций, как это имеет место в молекуле АТФ. При гидролизе макроэргической фосфатной связи АТФ освобождается определенное количество энергии (DG0'=–31,8 кДж/моль). Если для сопряженного эндергонического процесса требуется меньшее количество энергии, остальная часть рассеивается в виде тепла. При использовании энергии в форме трансмембранного потенциала потерь, обусловленных запасанием энергии в виде порций, не происходит. С этим связано и еще одно преимущество при использовании клеткой энергии в форме DmH+ не существует нижнего порога для его образования. Для синтеза АТФ необходима разность окислительно-восстановительных потенциалов порядка 200 мВ. Ниже этого порогового значения АТФ не может быть синтезирован. Для образования энергии в форме трансмембранного потенциала подобных ограничений нет. Поэтому энергия DmH+ может образовываться и потребляться клеткой в условиях, когда синтез АТФ невозможен.
Таким образом, хотя каждая форма клеточной энергии может быть использована для осуществление химической, механической и осмотической работы, между ними существует определенное "разделение труда", например, большинство биосинтезов обеспечивается энергией АТФ, активный транспорт — энергией DmH+. Из этого следует, что клетке необходимо всегда иметь определенное количество энергии в той и другой легко мобилизуемой форме. Это может быть одной из причин существования в клетке двух взаимосвязанных энергетических пулов (резервуаров), между которыми при необходимости легко может осуществляться перекачка энергии . Емкость обоих энергетических пулов невелика. Например, величина DmH+ поддерживается на уровне 200–250 мВ. Внутриклеточная концентрация АТФ составляет около 2 мМ. Это также указывает на каталитическую роль АТФ в клетке. Подсчитано, что для удвоения клеточной массы молекула АТФ должна около 10000 раз участвовать в реакциях гидролиза и синтеза.
Реакции, в которых энергия, освобождающаяся на определенных окислительных этапах брожения запасается в молекулах АТФ , получили название субстратного фосфорилирования . Их особенностью является катализирование растворимыми ферментами. Образующийся в восстановительной части окислительно-восстановительных преобразований сбраживаемого субстрата восстановитель ( НАД*Н2 , восстановленный ферредоксин ) переносит электроны на подходящий эндогенный акцептор электрона (пируват , ацетальдегид , ацетон и др.) или освобождается в виде газообразного водорода (Н2).
Согласно распространенным представлениям, наиболее древние формы жизни, источником энергии для которых служили реакции субстратного фосфорилирования, использовали органические соединения внешней среды одновременно по двум каналам: в качестве источника энергии и источника углерода. Постепенное исчерпание таких соединений из окружающей среды поставило организмы перед двумя проблемами: поиском новых источников энергии и новых источников углерода. В первом случае это привело к использованию энергии света, во втором - к использованию углекислоты.