
- •Список использованных сокращений
- •Содержание
- •Введение
- •1. Взаимодействие тетрамеров гемоглобина с отрицательно заряженными эффекторами: молекулярный докинг (аналитический обзор)
- •1.1 Структура гемоглобина
- •1.2 Физиологические и биохимические функции диаденозин-5′,5′′′-р1,р4-тетрафосфата
- •1.3 Молекулярный докинг
- •2. Материалы и методы
- •2.1. Моделирование в программе gramm
- •2.2 Визуализация и преобразование координат
- •3. Результаты и обсуждение
- •3.1. Базовые операции проводимые в программе gramm
- •3.2. Моделирование взаимодействия Ар4а с дезоксигемоглобином в программе gramm
- •3.3 Моделирование взаимодействия Ар4а с оксигемоглобином в программе gramm
- •Заключение
- •Список литературы
Заключение
В курсовой работе были рассмотрены:
путем системного поиска выявлены оптимальные параметры и условия молекулярного докинга, позволяющие охарактеризовать комплексы тетрамеров гемоглобина с Ар4А.
одним из центров связывания Ар4А с гемоглобином в T- и R-формах гемоглобина человека является DPG-связующий регуляторный сайт.
молекулярное моделирование гемоглобина с Ар4А позволило обнаружить ряд дополнительных центров связывания Ар4А в поверхностных областях гемоглобина.
Список литературы
Perutz M.F. Mechanisms regulating the reactions of human hemoglobin with oxygen and carbon monoxide. // Annu. Rev. Physiol.- 1990.- V.52.- P.1-25.
Dickerson R.E., Geis I. Hemoglobin: Structure, Function, Evolution and Pathology. - Benjamin / Cummings, Menlo Park, CA., 1983
Perutz M.F., Wilkinson A.J., Paoli M., Dodson G.G. The stereochemical mechanism of the cooperative effects in hemoglobin revisited. // Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct.- 1998.- V.27.- P.1–34
Pomponi M., Bertonati C., Fuglei E., Wiig O., Derocher E.A. 2,3-DPG-Hb complex: a hypothesis for an asymmetric binding // Biophys. Chem.- 2000.- V.84.- P.253-260
Zamecnik PC, Stephenson ML, Janeway CM, Randerath K. Enzymatic synthesis of diadenosine tetraphosphate and diadenosine triphosphate with a purified lysyl-sRNA synthetase. Biochem Biophys Res Commun 1966;24:91–97.
Baxi V.D., Vishwanata J.K. // J. Pharmacol. Toxicol. Meth. 1995. Vol. 33. N. 1. P. 121-128
Jankowski J, Jankowski V, Laufer U, et al. Identification and quantification of diadenosine polyphosphate concentrations in human plasma. Arterioscler Thromb Vasc Biol 2003; 23: 1231-1238.
Ogilvie A: Extracellular functions for ApnA. In Ap4A and other dinucleoside polyphosphates, McLennan AG (ed). Boca Raton, Florida: CRC Press, 1992, pp 229-273.
Reiss J.R., Moffatt J.C. Dismutation of nucleotide polyphosphates III. The synthesis of αω-dinucleotide 5/-polyphosphates // J. Org. Chem., – 1965 – Vol. 30. – P. 3381-3387.
Kisselev LL, Justesen J, Wolfson AD, Frolova LY. Diadenosine oligophosphates (ApnA), a novel class of signaling molecules? FEBS Lett 1998; 427:157–163.
Schlesinger, M. J., Ashburner, M., and Tissieres, A. (eds) (1982) Heat Shock From Bacteria to Man, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY
Bochner, B. R., Lee, P. C., Wilson, S. W., Cutler, C. W., and Ames, B. N. (1984) Cell 37,225-232
Ripoll, C., Martin, F., Rovira, J. M., Pintor, J., Miras-Portugal, M. T., and Soria, B. (1996) Diadenosine polyphosphates: a novel class of glucose-induced intracellular messengers in the pancreatic β-cell. Diabetes 45:1431–1434.
Martin, F., Pintor, J., Rovira, J. M., Ripoll, C., Miras-Portugal, M. T., and Soria, B. (1998) Intracellular diadenosine polyphosphates: a novel second messenger in stimulus-secretion coupling. FASEB J. 12:1499–1506.
Jovanovic, A. and Terzic, A. (1995) Diadenosine-hexaphosphate is an inhibitory ligand of myocardial ATP-sensitive K+ channels. Eur. J. Pharmacol. 286:R1–R2.
Hilderman, R. H., Martin, M., Zimmerman, J. K., and Pivomn, E. B.
(1991) J. Biol. Chem. 266,6915-6918
Analogues of diadenosine 5',5'''-P1,P4-tetraphosphate (Ap4A) as potential anti-platelet-aggregation agents / P. C. Zamecnik [et al] // Proc. Natl Acad. Sci. USA. – 1992. – Vol. 89, № 6. – P. 2370–2373.
Mesenteric and renal vascular effects of diadenosine polyphosphates (APnA) / G. Gabriels [et al] // Cardiovasc. Res. –2002. –Vol. 56, № 1. – P. 22–32
Vartanian A., Prudovsky I., Suzuki H., Dal Pra I., Kisselev L. Opposite effects of cell differentiation and apoptosis on Ap3A/Ap4A ratio in human cell cultures // FEBS Lett. 1997. Vol. 415, N 2. P. 160–162.
Jesús P., Díaz-Hernández M., Gualix J., Gómez-Villafuertes R., Hernando F., Miras-Portugal M.T. Diadenosine polyphosphate receptors: from rat and guinea-pig brain to human nervous system // Pharmacol. Ther. 2000. Vol. 87. P. 103–115.
Zamecnik P., Kim B., Gao M.J., Taylor G., Blackburn M. Analogues of diadenosine 5',5'''-P1,P4-tetraphosphate (Ap4A) as potential anti-platelet-aggregation agents // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992. Vol. 89, N 6. P. 2370–2373.
Ahmet I, Sawa Y, Nishimura M, Ichikawa H, Matsuda H (2000) Diadenosine tetraphosphate (AP4A) mimics cardioprotective effect of ischemic preconditioning in the rat heart: contribution of KATP channel and PKC. Basic Res Cardiol 95:235–242.
Kitchen D.B., Decornez H., Furr J.R., Bajorath J. Docking and scoring in virtual screening for drug discovery: methods and applications. Nat. Rev. Drug. Discov. (2004) 3, 935-949
Jain A.N. Scoring functions for protein-ligand docking. Curr. Protein Pept. Sci. (2006) 7, 407420.
Kontoyianni M., McClellan L.M., Sokol G.S. Evaluation of docking performance: Comparative data on docking algorithms. J. Med. Chem. (2004) 47,558-565.
Wang R., Fang X., Lu Y., Yang C.Y., Wang S. The PDBbind database: methodology and updates. J. Med. Chem. (2005) 48,4111-4119