Другий сьоґунат і період Муроматі

1338 року Асікаґа Такаудзі був призначений північною династією на посаду сьоґуна. Постав другий самурайський уряд, який отримав назву сьоґунат Муроматі, за іменем однойменного району столиці, де знаходилась сьоґунська резиденція. Час існування цього уряду називається періодом Муроматі (1338–1573). На відміну від попередніх режимів новий сьоґунат повів курс на децентралізацію. Він надав військовим губернаторам сюґо у провінціях право привласнювати половину податків з регіону, змусивши їх власноруч підтримувати місцевих малоземельних самураїв. Ці початкові реформи сприяли залученню японської знаті на бік уряду у війні двох династій, але перетворили військових губернаторів на могутніх провінційних володарів, які часто нехтували наказами центру.

У 1392 році за урядування 3-го сьоґуна Асікаґи Йосіміцу відбулося об'єднання двох гілок імператорського дому в одну, що ознаменувало кінець громадянської війни. За допомоги сьоґунських радників канреїв вдалося поставити під жорстокий контроль військових губернаторів. Сьоґунат перебрав на себе ряд політичних функцій Імператорського двору і став єдиним загально японським урядом. Для ефективного керування східними землями Йосіміцу виокремив Камакурську адміністрацію, а для активізації економіки країни розпочав торгівлю з китайською династією Мін і корейською династією Чосон. Він також вів боротьбу з контрабандистами і японськими піратами.

Після смерті Йосіміцу, сьоґунат почав поступово втрачати контроль над регіонами. Реальну владу у країні захопили сьоґунські радники і військові губернатори з провінцій. У 1467 році, через протистояння радників Хосокави і Ямани щодо призначення наступного голови сьоґунату, спалахнула війна, яка отримала назву смути Онін. Вона дала початок тривалим міжусобицям самурайства у столиці і регіонах, так званому періоду Сенґоку, «епосі воюючих країн» (1467–1615). Сьоґун остаточно втратив свою роль все японського лідера і гаранта стабільності. Для Японії нормою стали соціальні катаклізми: заколоти і повстання низів проти верхів. Так, у 1486 році, провінції Ямасіро місцеві самураї вигнали усіх урядовців і 8 років самостійно керували регіоном, а у 1488 році послідовники секти Дзьодо-сінсю захопили владу у провінції Каґа і утримувати її близько століття.

З початку 16 століття новими володарями у регіонах поступово стали голови місцевих самурайських родів, які скинули своїх учорашніх господарів — військових губернаторів. Ці голови, які називалися даймьо, порвали з центральною владою і розпочали формування власних родових «держав». Вони конфісковували приватні і державні землі на свою користь, переставали перераховувати податки до столиці і організовували великі родові армії з місцевої знаті. Резиденції володарів знаходилися у гірських замках, у підніжжя яких закладалися при замкові торговельно-ремісничі містечка. У ряді таких родових «держав» були встановлені оригінальні удільні закони, які виконували функції земельного і кримінального кодексів.

У той час як центральну Японію охопили міжусобиці, на півдні острови Рюкю об'єдналися під проводом династії Сьо, яка заснувала королівство Рюкю. Ця держава уклала договори з Японією та китайською Мін, і відігравала важливу роль посередника у азійській торгівлі 15 — першої половини 16 століття.