1. Отдел Cyanophyta

Cине-зеленые водоросли — старейшая группа среди автотрофных организмов и среди организмов вообще. Они встречаются во всевозможных и почти невозможных для существования местообитаниях, по всем континентам и водоемам Земли. Клетки имеют довольно толстые стенки. В сущности, протопласт окружен четырьмя оболочковыми слоями: двухслойная клеточная оболочка покрыта сверху внешней волнистой мембраной, а между протопластом и оболочкой находится еще и внутренняя клеточная мембрана. В клеточной оболочке хотя и содержится целлюлоза, но основную роль играют пектиновые вещества и слизевые полисахариды. У одних видов клеточные оболочки хорошо ослизняются и содержат пигменты; у других вокруг клеток образуется специальный слизистый чехол, иногда самостоятельный вокруг каждой клетки, но чаще сливающийся в общий чехол, окружающий группу или весь ряд клеток. Протопласт сине-зеленых водорослей лишен оформленного ядра. Протоплазма сине-зеленых водорослей более густая, чем у других групп растений; она неподвижна и очень редко содержит вакуоли, наполненные клеточным соком. Вакуоли появляются только в старых клетках, и возникновение их всегда приводит к гибели клетки. Зато в клетках сине-зеленых водорослей часто встречаются газовые вакуоли. Немногие сине-зеленые водоросли растут в виде отдельных клеток, большинству свойственно образование колоний или многоклеточных нитей. Самым обычным типом размножения у сине-зеленых водорослей является деление клеток надвое. Для одноклеточных форм этот способ единственный; в колониях и нитях он приводит к росту нити или колонии. Довольно распространенными органами размножения являются споры, они покрыты толстой, двухслойной оболочкой, внутренний слой которой называют эндоспорием, а наружный — экзоспорием. Половое размножение у сине-зеленых водорослей полностью отсутствует.

2. Класс Chroococcophyceae

класс одноклеточных и колониальных сине-зелёных водорослей. Клетки разнообразной формы, обычно не дифференцированные на основание и вершину; расположение в колониях беспорядочное либо более или менее правильное, редко нитевидное. У некоторых Хроококковые клетки и колонии образуют слизистые слоевища, плотно прикрепленные к субстрату. Размножаются, как правило, обычным делением клеток. Эндоспоры, экзоспоры и гетероцисты отсутствуют. Хроококковые включают 3 порядка: хроококковые, энтофизалиевые, тубиелловые. Свыше 35 родов. Распространены преимущественно в пресных водоёмах, а также на наземных субстратах и в почве. Некоторые Хроококковые участвуют в образовании лечебной грязи.

3. Класс Гормогониевые

Класс синезелёных водорослей, объединяющий виды многоклеточных водорослей с однорядными, реже многорядными, нитевидными слоевищами. Клетки Г. соединяются друг с другом плазмодесмами. Нити простые, очень редко разветвленные, одиночные или собраны пучками либо в шаровидные колонии. Иногда нити Г. способны медленно скользить в воде и совершать плавные колебательные движения. У многих Г. в нитях есть так называемые гетероцисты — клетки с толстой оболочкой, лишённые содержимого. Размножение посредством гормогониев — многоклеточных участков нити, реже спорами, которые возникают из вегетативных клеток, увеличивающихся в объёме, по одной из каждой клетки. Г. распространены повсеместно, обитают в почве, толще воды и на дне пресных и морских водоёмов. Среди них есть виды, вызывающие «цветение» воды, обрастание гидротехнических сооружений, а также фиксаторы.