Ферменти з багатьма сайтами розпізнавання.

AccI AcyI AftIII AhaI AraI CfrI

GT↓AGAC GT↓ATAC GT↓CGAC GT↓CTAC GA↓CGCC GA↓CGTC GG↓CGCC GG↓CGTC A↓CATGT A↓CGTGT A↓CACGT A↓CGCGT GG↓CGCC GG↓CGTC GA↓CGCC GA↓CGTC C↓CCGAG C↓CCGGG C↓TCGAG C↓TCGGG C↓GGCCG C↓GGCCA

GdiII HaeI HaeII HgiAI HgiCI HgiJII

T↓GGCCG T↓GGCCA C↓GGCCG T↓GGCCG AGG↓CCA AGG↓CCT TGG↓CCA TGG↓CCT AGCGC↓C AGCGC↓T GGCGC↓C GGCGC↓T GAGCA↓C GAGCT↓C GTGCA↓C GTGCT↓C G↓GCACC G↓GCGCC G↓GTACC G↓GTGCC GAGCC↓C

HindII NspBII NspCI XhoII

GAGCT↓C GGGCC↓C GGGCT↓C GTC↓AAC GTC↓GAC GTT↓AAC GTT↓GAC CAG↓CTG CCG↓CTG CCG↓CGG CAG↓CGG ACATG↓C ACATG↓T GCATG↓C GCATG↓T A↓GATCC A↓GATCT G↓GATCC G↓GATCT

Ферменти, для яких положення сайта розщеплення невідомо:

AvaIII ATGCAT

EcoDXI ATCA(N), ATTC

HgiEII ACCNNNNNNGCT

HinfIII CGAAT(25)*

G C

SduI G(A)GC(A)C

T T

SnaI GTATAC

*Число 25 означає, що розщеплення відбувається приблизно на відстані 25 нуклеотидів від сайта розпізнавання в 3′-напрямку.

Ферменти, які розпізнають розірвані паліндроми:

BglI GCCNNNN↓NGGC

BstEII G↓GTNACC

MstII CC↓TNAGG

SauI CC↓TNAGG

TthlllI GACN↓NNGTC

XmnI GAANN↓NNTTC

Ферменти, які розпізнають октануклеотидні послідовності:

NotI GC↓GGCCGC

SfiI GGCCNNNN↓NGGCC

Ферменти, які розпізнають непалендромні послідовності*:

BbvI GCAGC(N)8

CGTCG(N)12

BinI GGATC(N)4

CCTAG(N)5

FokI GCATG(N)9

CCTAC(N)13

HgaI GACG(N)5

CTGCG(N)10

HpbI GGTG(N)8

CCACT(N)7

MboII GAAGA(N)8

CTTCT(N)7

MnlI CCTC(N)7

GGAG(N)7

SfaNI GCATC(N)5

CGTAG(N)9

Tth111I CAAACA(N)11

GTTTGT(N)9

* Наведені послідовності двох ланцюжків ДНК, причому верхня відповідає 5′ → 3′-напрямку.