До основних функцій структурних підрозділів податкової міліції віднесеняться насупні:

1. Організація реєстрації інформації про злочини і правопорушення, віднесені до компетенції податкової міліції;

2. Запобігання злочинам та іншим правопорушенням, віднесених законом до компетенції податкової міліції, їх виявлення, розкриття та припинення;

3. Організація провадження оперативно-розшукової діяльності;

4. Організація, координація та здійснення оперативно-технічних заходів;

5. Організація, координація та здійснення контролю за оперативно-службовою діяльністю підрозділів оперативного документування податкової міліції;

6. Організація викриття злочинів, що вчинені посадовими особами великих платників податків та інших підприємств, які входять до складу фінансово-промислових груп;

7. Організація виявлення, перевірки і розслідування злочинів, пов’язаних з відмиванням, легалізацією, розкраданням коштів та іншими незаконними фінансовими операціями;

8. Протидія незаконному відшкодуванню ПДВ;

9. Організація боротьби з незаконним обігом підакцизних та інших товарів;

10. Боротьба з фіктивним підприємництвом та конвертаційними центрами, мінімізаторами податкових зобов’язань;

11. Розшук платників податків, які ухиляються від сплати податків, інших платежів, встановлення місцезнаходження платника податків;

12. Організація оперативних заходів із погашення податкового боргу;

13. Оперативний аналіз;

У той же час, кожна вищезазначена функція містить у собі властиві лише їй процедури. Наприклад, функція «Організація провадження оперативно-розшукової діяльності» містить наступні процедури:

1. організація роботи з негласним апаратом; 2. ведення справ оперативного обліку; 3. організація, координація та здійснення оперативно-технічних заходів та заходів з оперативного документування; 4. забезпечення контролю за використанням коштів за спеціальним кодом кошторису ДПС України; 5. виконання письмових доручень слідчих, вказівок прокурора, ухвал суду про проведення оперативно-розшукових заходів; 6. організація оперативно-розшукової діяльності та контроль за її станом у підвідомчих підрозділах податкової міліції; 7. підготовка і внесення керівництву податкової міліції пропозицій щодо оцінки ефективності та удосконалення оперативно-розшукової роботи підвідомчих підрозділів податкової міліції; 8. надання методичної допомоги підвідомчим підрозділам податкової міліції з питань провадження оперативно-розшукової діяльності; 9. організація взаємодії зі слідчими підрозділами податкової міліції, іншими правоохоронними органами при провадженні оперативно-розшукової діяльності.

Завданням податкової міліції є:

• запобігання злочинам та іншим правопорушенням у сфері оподаткування, їх розкриття, розслідування та провадження у справах про адміністративні правопорушення;

• розшук платників, які ухиляються від сплати податків та інших платежів;

• запобігання корупції в органах державної податкової служби та виявлення її фактів;

• забезпечення безпеки діяльності працівників органів державної податкової служби, захисту їх від протиправних посягань, пов'язаних з виконанням службових обов'язків.

Структурні оперативні підрозділи податкової міліції працюють переважно по галузевому (об’єктовому) принципу роботи: тобто працівники закріплюються за галузями господарювання, напрямами економічної діяльності, а також видами податків.

До першочергових завдань оперативних підрозділів податкової міліції у даний час відносяться: боротьба зі злочинами у фінансово-кредитній системі, паливно-енергетичному та агропромисловому комплексах, у сфері зовнішньоекономічної діяльності, сфері обігу підакцизних товарів, протидії легалізації коштів одержаних злочинним шляхом, боротьбі з фіктивними суб’єктами підприємницької діяльності, незаконному відшкодуваннжю ПДВ та боротьбі з корупцією в ДПС.

В якості пріоритетів у діяльності ПМ є виявлення фактів скоєння податкових злочинів з використанням фіктивних суб’єктів підприємницької діяльності тощо.

Відомчими і міжвідомчими нормативними актами перед підрозділами ПМ можуть ставиться задачі по посиленню боротьби з окремими видами злочинів або зі злочинами на окремих територіях.

Виходячи з правового положення оперативних підрозділів ПМ щодо їх компетенції при здійсненні боротьби з податковими злочинами (злочинами у сфері господарської діяльності) можна виділити три напрями:

1) адміністративно-правова діяльність  являючись представниками влади, працівники цих підрозділів користуються наданими міліції правами − можуть затримувати осіб, які чинять адміністративні правопорушення та готувати відповідні документи до суду про притягнення останніх до адміністративної відповідальності, оформляти відповідні протоколи, витребувати у посадових осіб необхідні документи і т.д.;

2) оперативно-розшукова діяльність  оперативні підрозділи наділені правом у повному обсязі здійснювати оперативно-розшукову діяльність із метою виявлення, попередження і розкриття злочинів, віднесених до їхньої компетенції: заводити на осіб, обгрунтовано підозрюваних у вчиненні злочинів, оперативно-розшукові справи, застосовувати спеціальні технічні засоби, використовувати можливості інших оперативних підрозділів, залучати до конфіденційного співробітництва громадян, проводити різноманітні оперативно-розшукові заходи і виконувати інші функції, передбачені законом України “Про оперативно-пошукову діяльність”.

3) кримінально-процесуальна діяльність  виступаючи як орган дізнання, працівники оперативних підрозділів ПМ мають право порушувати кримінальні справи по злочинах, віднесеним до їхньої компетенції, здійснювати певні слідчі дії по кримінальних справах до передачі матеріалів у суд, а по злочинах, по котрим обов'язкове проведення досудового слідства,  самостійно проводити початкові слідчі дії, а згодом  виконувати доручення слідчого процесуального характеру (ст. 19 −21 закону України „Про ДПС”; ст. 5 − 8 Закону України „Про ОРД” тощо)