- •«Химия» нуклеиновых оснований и днк.
- •Общее строение и функция аминокислот и белков
- •Глюкоза — это:
- •4. Сравнительный анализ строения основных классов органических веществ клетки (нуклеионовых кислот, аминокислот, липидов и сахаров).
- •Глюкоза — это:
- •5. Сравнительный анализ функций основных классов органических веществ клетки (нуклеиновых кислот, аминокислот, липидов и сахаров).
- •7. Функции семи основных функциональных групп органических соединений.
- •9. Схема основных реакций, приводящих к синтезу функционального белка ("от гена к белку").
- •10. Первичная, вторичная, третичная и четвертичная структура белка.
- •11. Транскрипция
- •12. Общая схема реакций трансляции белков и ее регуляция.
- •13. Транскрипция: передача информации о нуклеотидной последовательности днк на уровень рнк
- •15. Транскрипция днк в рнк
- •16. Генетический код, строение гена.
- •Генетический код и его свойства
- •19. Малые рнк (микро-рнк и др.), явление рнк-интерференции и его функциональная роль.
- •20. Принципы и методы выделения рнк и днк.
- •21. Нозерн-блот и гибридизация с днк-зондами.
- •22. Требования к выделению нуклеиновых кислот.
- •23. Разница в методических подходах для выделения различных типов полинуклеотидов.
- •24. Задачи и методы очистки нуклеиновых кислот.
- •25. Методика гель-электрофореза: принцип, анализ результатов и практическое применение.
- •26. Принцип и применение полимеразной цепной реакции (пцр).
- •27. Компоненты полимеразной цепной реакции (пцр). Компоненты реакции
- •28. Дизайн праймеров для пцр.
- •29. Выбор температуры ренатурации (отжига) для пцр. Отжиг
- •30. Предотвращение загрязнения и выбор числа циклов в пцр. Денатурация
- •31. Значение концентрации магния и выбор полимеразы.
- •Клонирование генов
- •33. Пцр при помощи обратной транскриптазы (rt-pcr).
- •Применение
- •34. Оптимизирование пцр (горячий старт, гнездовой, ступенчатый пцр и др.)
- •35. Количественный анализ нуклеиновых кислот при помощи пцр.
- •Спектрофотометрический анализ
- •Кюветы для анализа
- •Кюветы малого объема
- •36. Типы хозяев (хостов) для экспрессии и клонирования генов.
- •37. Генетические вектора: организация, типы и функции.
- •46. Основные методы генетической трансформации.
- •47. Принципы конструирования генов для их экспрессии в других видах.
- •48. Химеры.
- •49. Генетические кассеты.
- •50. Использование селективных маркеров, их типы.
- •51. Особенности трансформации клеток растений.
- •52. Химическая трансформация бактерий (не уверена, что это то, что надо)
- •53. Использование Ti-плазмид.
- •54. Принципы анализа протеома, протеомика.
- •55. Основные биоинфорационные "порталы" и принципы биоинформационного анализа.
- •56. Двухмерный электрофорез и масс-спектрофотометрия при анализе белков.
- •57. Принцип и применение maldi и esi для анализа белков.
- •58. Структурный анализ белков, принципы кристаллографии и наномагнитного резонанса.
- •59. Рекомбинантные белки и белковая инженерия растений.
- •60. Основы биоинформационного анализа. Алгоритм blast. Моделирование трехмерной структуры белков.
- •61. Гибридизация нуклеиновых кислот. Детекционные методы в молекулярной биологии.
- •Традиционное окрашивание геля:
- •Радиоактивная маркировкаи детекция
- •3. Флуоресценция на основе маркировки и детекции
- •62. Визуализация нуклеиновых кислот.
- •63. Перспективы прикладного использования генно-модифицированных растений.
- •65. Секвенирование днк.
- •66. Устройство геномов растений.
49. Генетические кассеты.
Генная кассета – фрагмент ДНК, содержащий все необходимые генетические элементы для экспрессии внедренного в него гена. Генные кассеты используются для клонирования и трансформации. При каждой успешной трансформации генная кассета ведет к созданию клеткой РНК и белка. Некоторые генные кассеты устроены для модульного клонирования белок- кодирующих последовательностей так, что одна и та же кассета может создавать различные белки. Генная кассета состоит из одного или нескольких генов и последовательностей контролирующих их экспрессию. Три компонента генной кассеты: последовательность промотора, открытая рамка считывания, 3’- нетранслируемый участок. (Демидчик говорил, что тут что-то не точно у меня с этими компонентами). Различные генные кассеты могут быть преобразованы в различные организмы включая бактерии, дрожжи, растения и клетки млекопитающих, пока используется подходящая регуляторная последовательность.
50. Использование селективных маркеров, их типы.
Селективные маркеры—гены, кодирующие устойчивость к антибиотикам, токсическим веществам (напр., тяжелым металлам) или другим агентам, экспрессия которых легко обнаруживается в организме благодаря приобретению им нового фенотипа. У микроорганизмов селективные маркеры служат в основном гены, которые определяют их устойчивость к антибиотикам или неспособность расти на питательной среде без какой-либо пищевой добавки. При экспериментальной работе с клетками животных часто в качестве селективных маркеров используют гены устойчивости к неомицину и гигромицину, ген тимидинкиназы вируса герпеса, а при работе с растительными клетками — гены устойчивости к гербицидам, ген маннозо-6-фосфат изомеразы, ген β-глюкуронидазы и др. Селективные маркеры используют, напр., для отбора трансфектантов микроорганизмов и эукариотических клеток экзогенной рекомбинантной ДНК.
В связи с наличием селективного маркера, плазмида становится полезной для клетки. Под селективных условиях, только клетки, содержащие плазмиды с соответствующей селективного маркера может выжить. Как правило, гены, которые придают устойчивость к различным антибиотикам используется в качестве селективного маркера в клонировании векторов.
Типы:
1)Неомицинфосфотрансфераза-II (NPT-II) ген, является маркерный ген, который является основой для устойчивости к антибиотикам, неомицин и канамицин.
2)Гербицидный ген-маркер- придать черту терпимости к применению конкретного гербицида. Например, ген, придающий устойчивость к гербицидам аммония глуфосинат часто используется в качестве селективного маркера в биотехнологии растений. Те клетки, которые пережили воздействия гербицида выбраны и регенерировать в целые организмы.
3)Метаболический / ауксотрофный маркерный ген
4)Скрининг маркер, являются гены, которые кодируют белки, которые могут быть идентифицированы с помощью различных оценок лаборатории.Присутствие белка подтверждает, что трансформация произошла. Скрининг маркеров обычно не используется, потому что их использование является очень трудоемким, дорогим оборудованием и расходные материалы.