- •«Химия» нуклеиновых оснований и днк.
- •Общее строение и функция аминокислот и белков
- •Глюкоза — это:
- •4. Сравнительный анализ строения основных классов органических веществ клетки (нуклеионовых кислот, аминокислот, липидов и сахаров).
- •Глюкоза — это:
- •5. Сравнительный анализ функций основных классов органических веществ клетки (нуклеиновых кислот, аминокислот, липидов и сахаров).
- •7. Функции семи основных функциональных групп органических соединений.
- •9. Схема основных реакций, приводящих к синтезу функционального белка ("от гена к белку").
- •10. Первичная, вторичная, третичная и четвертичная структура белка.
- •11. Транскрипция
- •12. Общая схема реакций трансляции белков и ее регуляция.
- •13. Транскрипция: передача информации о нуклеотидной последовательности днк на уровень рнк
- •15. Транскрипция днк в рнк
- •16. Генетический код, строение гена.
- •Генетический код и его свойства
- •19. Малые рнк (микро-рнк и др.), явление рнк-интерференции и его функциональная роль.
- •20. Принципы и методы выделения рнк и днк.
- •21. Нозерн-блот и гибридизация с днк-зондами.
- •22. Требования к выделению нуклеиновых кислот.
- •23. Разница в методических подходах для выделения различных типов полинуклеотидов.
- •24. Задачи и методы очистки нуклеиновых кислот.
- •25. Методика гель-электрофореза: принцип, анализ результатов и практическое применение.
- •26. Принцип и применение полимеразной цепной реакции (пцр).
- •27. Компоненты полимеразной цепной реакции (пцр). Компоненты реакции
- •28. Дизайн праймеров для пцр.
- •29. Выбор температуры ренатурации (отжига) для пцр. Отжиг
- •30. Предотвращение загрязнения и выбор числа циклов в пцр. Денатурация
- •31. Значение концентрации магния и выбор полимеразы.
- •Клонирование генов
- •33. Пцр при помощи обратной транскриптазы (rt-pcr).
- •Применение
- •34. Оптимизирование пцр (горячий старт, гнездовой, ступенчатый пцр и др.)
- •35. Количественный анализ нуклеиновых кислот при помощи пцр.
- •Спектрофотометрический анализ
- •Кюветы для анализа
- •Кюветы малого объема
- •36. Типы хозяев (хостов) для экспрессии и клонирования генов.
- •37. Генетические вектора: организация, типы и функции.
- •46. Основные методы генетической трансформации.
- •47. Принципы конструирования генов для их экспрессии в других видах.
- •48. Химеры.
- •49. Генетические кассеты.
- •50. Использование селективных маркеров, их типы.
- •51. Особенности трансформации клеток растений.
- •52. Химическая трансформация бактерий (не уверена, что это то, что надо)
- •53. Использование Ti-плазмид.
- •54. Принципы анализа протеома, протеомика.
- •55. Основные биоинфорационные "порталы" и принципы биоинформационного анализа.
- •56. Двухмерный электрофорез и масс-спектрофотометрия при анализе белков.
- •57. Принцип и применение maldi и esi для анализа белков.
- •58. Структурный анализ белков, принципы кристаллографии и наномагнитного резонанса.
- •59. Рекомбинантные белки и белковая инженерия растений.
- •60. Основы биоинформационного анализа. Алгоритм blast. Моделирование трехмерной структуры белков.
- •61. Гибридизация нуклеиновых кислот. Детекционные методы в молекулярной биологии.
- •Традиционное окрашивание геля:
- •Радиоактивная маркировкаи детекция
- •3. Флуоресценция на основе маркировки и детекции
- •62. Визуализация нуклеиновых кислот.
- •63. Перспективы прикладного использования генно-модифицированных растений.
- •65. Секвенирование днк.
- •66. Устройство геномов растений.
19. Малые рнк (микро-рнк и др.), явление рнк-интерференции и его функциональная роль.
21-24 нукл.
Микро-РНК – один из типов РНК,которые синтезируются в клетках. Маленькие некодирующие РНК выполняют главнейшие функции: регуляция работы генов, активное участие в дифференциации клеток и тканей, участие в делении и гибели клеток, выполняют важную роль в опухолевых процессах. Основной способ действия – блокирование процесса биосинтеза белка. Могут комплементарно связываться с мРНК.
Интерферирующие РНК. 21-28 нукл. Впервые обнаружены у нематоды. 2006 год описан мех-м действия. РНК-интерференция – феномен ингибирования экспрессии генов молекулами РНК. У животных – часто прикрепл в начале мРНК, 1 микроРНК для десятков генов. У растений – в большинстве случаев треб-ся точнейшее «попадание» - если отличие в 1 или неск. Нукл, то будет отсутствовать трансляция.
Перспективы использования интерферир.РНК(si-РНК):с целью лечения онкологических заболеваний; для борьбы с вирусными инфекциями; в сою вводят siРНК блокирующую ген, продукт которого вызывает аллергические реакции.
20. Принципы и методы выделения рнк и днк.
Методы выделения нуклеиновых кислот можно разделить по основным физическим и биохимическим признакам на следующие классы:
– жидкофазные методы;
– твердофазные методы.
Жидкофазные методы:
1.Классические методы выделения.
Стандартная методика получения чистого препарата основана на том, что ДНК является полярной молекулой и не растворяется в органических растворителях. Традиционно для выделения ДНК используется фенол-хлороформная экстракция. При перемешивании клеточного лизата и фенола формируются две фазы. ДНК находится в верхней (водной) фазе, а денатурированные белки — в нижней (органической) фазе.
2. Методы, позволяющие выделить ДНК и РНК одновременно.
При этом используются сильные хаотропные агенты, такие как гуанидин тиоцианат и цезия трифлуороацетат для одновременного разрушения клеточных мембран и инактивации внутриклеточных рибонуклеаз (РНКаз). Лимитирующими факторами таких методик являются необходимость ультрацентрифугирования и большое время анализа (16–44 ч). Твердофазные системы, адсорбирующие нуклеиновые кислоты, — это частицы на основе кварца, стеклянные волокна, анионообменные носители, которые используются в хроматографических сепарационных колонках. Эти носители применяются для выделения или очистки нуклеиновых кислот с высококонцентрированными растворами хаотропных солей (йодид натрия,перхлорат натрия, гуанидин тиоцианата).
Твердофазные методы:
3.Метод выделения нуклеиновых кислот на стекле
Этот метод включает в себя стадию лизиса клеток сильным хаотропным агентом, который разрушает клеточные мембраны и инактивирует внутриклеточные РНКазы, и последующую сорбцию нуклеиновой кислоты на носителе (стеклянные бусы, и т.д.). Нуклеиновая кислота обратимо связывается со стеклом в присутствии высокой концентрации хаотропных солей (например, гуанидин хлорида,гуанидин тиоцианата).
4. Метод на основе магнитной сепарации
Таким способом можно отделять компоненты клеточного лизата, которые ингибируют ДНК-полимеразу и ПЦР-реакцию, например полисахариды,фенольные компоненты, гумус. Для автоматического выделения нуклеиновых кислот используются магнитные частицы со стеклянным покрытием. Метод удобен, технологичен и пригоден для подготовки образца к амплификации. Однако возможны потери продукта вследствие необратимой сорбции на носителе, а также в процессе многочисленных отмывок.