15. Транскрипция днк в рнк

1. Экспрессия всех генов начинается с транскрипции их нуклеотидной последовательности, т.е. перевода ее на язык РНК. При этом определенный участок одной из двух цепей ДНК используется как матрица для синтеза РНК путем комплементарного спаривания оснований. В результате транскрипции генов, в которых закодирована структурная информация о белках, образуются молекулы мРНК; другие гены кодируют молекулы РНК, являющиеся частью аппарата, необходимого для трансляции мРНК с образованием белков. 2/У прокариот, например Е. coli, ДНК транскрибируется с помощью одного фермента - ДНК-зависимой РНК-полимеразы, который участвует в синтезе всех типов РНК. В отличие от прокариот эукариоты имеют три разные ДНК-зависимые РНК-полимеразы, каждая из которых ответственна за транскрипцию генов, кодирующих разные типы клеточных РНК. Несмотря на то, что механизмы синтеза РНК и матричного копирования для всех РНК-полимераз идентичны, каждый фермент узнает в матрице ДНК свои характерные особенности, определяющие сайты инициации, терминации и регуляции транскрипции.

16. Генетический код, строение гена.

Ген (др.-греч. γένος — род) — структурная и функциональная единица наследственности живых организмов. Ген представляет собой участок ДНК, задающий последовательность определённого полипептида либо функциональной РНК. Гены (точнее, аллелигенов) определяют наследственные признаки организмов, передающиеся от родителей потомству при размножении. При этом некоторые органеллы (митохондрии, пластиды) имеют собственную, определяющую их признаки, ДНК, не входящую в геноморганизма.

Свойства гена

1. дискретность — несмешиваемость генов;

2. стабильность — способность сохранять структуру;

3. лабильность — способность многократно мутировать;

4. множественный аллелизм — многие гены существуют в популяции во множестве молекулярных форм;

5. аллельность — в генотипе диплоидных организмов только две формы гена;

6. специфичность — каждый ген кодирует свой признак;

7. плейотропия — множественный эффект гена;

8. экспрессивность — степень выраженности гена в признаке;

9. пенетрантность — частота проявления гена в фенотипе;

10. амплификация — увеличение количества копий гена.

Классификация

1. Структурные гены — уникальные компоненты генома, представляющие единственную последовательность, кодирующую определённый белок или некоторые виды РНК. (См. также статью гены домашнего хозяйства).

2. Функциональные гены.

Генетический код и его свойства

Генетический код - это способ записи генетической информации о структуре белков (полипептидов) посредством последовательности нуклеотидов в нуклеиновых кислотах (ДНК или РНК).

Последовательность нуклеотидов ДНК однозначно определяет порядок расположения аминокислот в полипептидной цепи. В то же время химическая природа мономеров (нуклеотиды и аминокислоты) совершенно различна, так что они не могут непосредственно взаимодействовать друг с другом. К тому же в нуклеиновых кислотах содержится всего 4 нуклеотида, а в белке - 20 аминокислот. Поэтому белок можно рассматривать как линейный текст, записанный при помощи алфавита из 20 букв, роль которых играют аминокислоты, который определяется (кодируется) другим текстом, записанным при помощи алфавита из 4-х букв − нуклеотидов молекулы ДНК. Следовательно, для каждой аминокислоты имеется свой кодон.

Простые математические расчеты показывают, что каждая аминокислота кодируется более, чем одним нуклеотидом. Однако сочетаний по 2 нуклеотида 4² = 16 недостаточно для кодирования 20-ти аминокислот. При сочетании нуклеотидов по 3 получается 4³ = 64 кодона, что и реализуется в клетке. "Словарь", при помощи которого в мРНК записана информация о кодируемом ею белке, расшифрован полностью (таблица 2).

Генетический код имеет следующие особенности.

1. Код триплетный, то есть одну аминокислоту определяет тройка нуклеотидов.

2. Код однозначный (специфичный): каждый кодон обозначает только одну, "свою" аминокислоту.

3. Код не имеет “запятых”, то есть отсутствуют сигналы, показывающие конец одного кодона и начало следующего. Поэтому в начале прочтения мРНК должна быть правильно установлена “рамка считывания”. Если в результате воздействия мутагенов произойдет выпадение или встраивание одного нуклеотида, то рамка считывания "сбивается" на один нуклеотид, и все последующие кодоны выйдут из правильной рамки, что приведет к образованию белка с искаженной аминокислотной последовательностью (мутации со сдвигом рамки считывания).

Таблица 2

Генетический код мРНК (подчеркнуты кодоны-терминаторы)

	ВТОРАЯ БУКВА
П Е Р В А Я Б У К В А		У		Ц		А		Г			Т Р Е Т Ь Я Б У К В А
	У	УУУ УУЦ УУА УУГ	Фен Лей	УЦУ УЦЦ УЦА УЦГ	Сер	УАУ УАЦ УАА УАГ	Тир	УГУ УГЦ УГА УГГ	Цис Три	У Ц А Г
	Ц	ЦЦУ ЦУЦ ЦУА ЦУГ	Лей	ЦЦУ ЦЦЦ ЦЦА ЦЦГ	Про	ЦАУ ЦАЦ ЦАА ЦАГ	Гис Глн	ЦГУ ЦГЦ ЦГА ЦГГ	Арг	У Ц А Г
	А	АУУ АУЦ АУА АУГ	Иле Мет	АЦУ АЦЦ АЦА АЦГ	Тре	ААУ ААЦ ААА ААГ	Асн Лиз	АГУ АГЦ АГА АГГ	Сер Арг	У Ц А Г
	Г	ГУУ ГУЦ ГУА ГУГ	Вал	ГЦУ ГЦЦ ГЦА ГЦГ	Ала	ГАУ ГАЦ ГАА ГАГ	Асп Глу	ГГУ ГГЦ ГГА ГГГ	Гли	У Ц А Г

4. Генетический код вырожден, то есть одной аминокислоте может соответствовать более, чем один кодон. Только две аминокислоты – метионин и триптофан имеют по одному кодону. Лейцину и серину соответствует по 6 кодонов, глицину и аланину - по 4, а глутаминовой кислоте, тирозину и гистидину - по 2. Если аминокислота кодируется несколькими кодонами, то в большинстве случаев они различаются по третьей букве, то есть по нуклеотиду на их 3'- конце. Таким образом, специфичность каждого кодона определяется главным образом его первыми двумя нуклеотидами, третий же имеет меньшую специфичность.

5. Генетический код содержит триплеты, обозначающие начало и окончание синтеза белка. АУГ - инициирующий кодон (но во внутреннем положении он кодирует аминокислоту метионин). Терминирующие кодоны - УАГ, УАА, УГА (нонсенс-кодоны) не кодируют ни одну из известных аминокислот, сигнализируют об окончании синтеза белка.

6 . Важным свойством генетического кода является его неперекрываемость, то есть независимость отдельных триплетов. Вследствие этого отсутствуют ограничения в последовательности аминокислот в белках.

Неперекрывающийся код

Перекрывакищйся код

1, 2, 3-номера триплетов

Исключение из правила неперекрываемости обнаружено лишь в геномах некоторых вирусов. Это обусловлено малыми размерами их ДНК и в связи с этим экономным использованием ее, так как она должна кодировать несколько белков, обеспечивающих жизнеспособность и размножение вирусных частиц. У этих вирусов используются разные рамки считывания для биосинтеза нескольких белков на одной и той же последовательности нуклеотидов ДНК.

7. Удивительное свойство кода это его универсальность. Кодовые слова одинаковы у человека, животных, растений, многих бактерий. Это служит еще одним доказательством в пользу того, что все живые организмы произошли от единого предка, имевшего генетический код, сохранившйся на протяжении всей биологической эволюции. Благодаря универсальности кода возможна генная инженерия.

Своеобразные "диалекты" генетического кода найдены у митохондрий, хлоропластов, мельчайших бактерий, реснитчатых простейших. У них найдены минорные отклонения в генетическом коде. Например, в ДНК митохондрий человека имеется 4 измененных кодона, а у дрожжевых клеток к этим четырем добавляется еще один. Это позволяет предполагать, что эволюционировали не только живые организмы в целом, но и их генетический код.

17. Клетки про- и эукариот обладают способностью к дифференциальной регуляции экспрессии генов. Так, при определенных условиях многие гены вообще не экспрессируются, а степень экспрессии других различается на несколько порядков. Изменение условий может привести к активации «молчавших» ранее генов и репрессии активно работавших. Подобная способность позволяет клеткам приспособить свои фенотипы к самым разнообразным условиям окружающей среды и физиологическим воздействиям. Дифференцированная экспрессия одного генома у многоклеточных организмов обусловливает развитие огромного множества типов клеток, имеющих специфические функции, из одной или нескольких зародышевых клеток.

Экспрессия генов, как правило, регулируется на уровне образования РНК. Обычно регулируемым этапом является инициация транскрипции, при этом регуляция осуществляется либо с помощью репрессорных белков, предотвращающих транскрипцию, либо с помощью активаторных, необходимых для ее начала. В первом случае транскрипция начинается только после того, как инактивируется репрессорный белок. Во втором ген транскрибируется лишь тогда, когда белок-активатор находится в соответствующем функциональном состоянии. В регуляции транскрипции генов участвуют не только репрессорные и активаторные белки. В некоторых случаях сами белки - продукты генной экспрессии - оказываются регуляторами транскрипции собственных генов. Эффективность транскрипции зависит также от конформационного состояния ДНК или РНК. Кроме того, регуляция синтеза РНК может осуществляться путем контроля скорости ее элонгации или с помощью «стоп-сигнала» в транскрибируемой последовательности, который может остановить транскрипцию гена. Модификация и / или процессинг, которые могут предшествовать образованию зрелой функциональной РНК, также регулируются.

Экспрессия генов может регулироваться и на уровне трансляции мРНК с образованием белков. И в этом случае специфическая регуляция, как правило, осуществляется на начальном этапе декодирования. Однако контроль может осуществляться и на разных этапах сборки полипептидной цепи. Более того, синтез тех белков, которые претерпевают посттрансляционные модификации или транспортируются к местам своего назначения внутри клетки, может регулироваться на каждом из этих этапов.

Позднее, когда мы проанализируем эти процессы подробнее, мы увидим, что механизмы регуляции экспрессии генов весьма разнообразны, многочисленны и очень сложны. И хотя многим из них присущи общие черты, тонкие механизмы регуляции всегда уникальны для данного гена, определенного физиологического состояния организма и условий окружающей среды. Анализ регуляторных механизмов бактериальных систем позволил выявить широкий спектр способов регуляции и координации экспрессии генов. Однако исследование механизма контроля экспрессии генов в клетках эукариот только начинается, а процессы, ответственные за дифференцировку многоклеточных организмов, пока остаются невыясненными.

18. Некодирующие РНК и их функции.

Некодирующие РНК— это молекулы РНК, которые не транслируются в белки. Ранее использовавшийся синоним, малые РНК (smRNA, small RNA), в настоящее время не используется, так как некоторые некодирующие РНК могут быть очень большими, например, Xist.

Последовательность ДНК, на которой транскрибируются некодирующие РНК, часто называют РНК-геном.

Некодирующие РНК включают в себя молекулы РНК, которые выполняют очень важные функции в клетке — транспортные РНК (тРНК), рибосомные РНК (рРНК), такие малые РНК, как малые ядрышковые РНК (snoRNA), микроРНК, siRNA, piRNA, а также длинные некодирующие РНК — Xist, Evf, Air, CTN, PINK.

Последние транскриптомные технологии и методы microarray предполагают наличие более 30000 длинных некодирующих РНК. Примерно такое же количество малых регуляторных РНК содержится в геноме мыши.

Известны>50 лет. Функции: регуляция экспрессии генов, защита генома, генетические переключатели, факторы транскрипции, операторы, энхансеры. 26-30 нукл.